Az adatbázis telepítése viszonylag egyszerű volt, ráadásul a rutin is segített. Most viszont egy új kihívással állok szembe. A teljes weboldalt telepíteni akarom egy Amazonos gépre.
Mindjárt az elején közlöm, hogy a dokumentáció nem sokat ér. Sok olyan lépés van, ami vagy hibás, vagy elfelejtették leírni, ezért most röviden összegzem ezeket.
Mindjárt az elején a Perl modulok listája hiányos. Szükség van az
- LWP::Parallel::UserAgent
- JSON
- GD::Text
modulokra is. Ráadásul az előbbi modulnak van egy elavult függősége, csak a tesztelés kihagyásával lehetett feltenni, ami nem egy életbiztosítás.
Az Apache telepítésről szóló rész rossz. A helyes konfigurálási opció: ./configure --enable-deflate --enable-headers --enable-expires --prefix=xxxx
A dokumentáció elfelejti, hogy miután konfiguráltuk, make és make install is kell.
Nem úgy csomagoljuk ki a mod_perl csomagot, hogy tar zxf mod_perl-2.0.3.tar.gz | tar xvf - Ennek semmi értelme.
CVS segítségével nem lehetett leszedni a BioPerl-t, de ezt korábban már telepítettem, ezért nem foglalkoztam vele.
Az Apache és a mod_perl installálását nem bízhatjuk sajnos az apt-get-re Ubuntu alatt, mert olyan beállításokat tartalmaznak, amely miatt az ensEMBL nem fog elindulni. Bizony célszerű kézzel lefordítani. Persze, aki ezt meg tudta oldani, az kommentben nyugodtan leírhatja, hogyan kell.
A sors fintora, hogy miközben eddig eljutottam, észrevettem, hogy nem kapcsolódik a weboldal az adatbázishoz. Az ok egyszerű. Megjelent az legújabb adatbázis, és nekem eggyel régebbi verzióm volt, miközben a weboldal pedig a legújabb. De ez már csak egy ilyen munka.
Frissítés: Közben ráakadtam a neten erre a cikkre. Úgy látszik másoknak is meggyűlt a baja az ensEMBL-el.
