HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

Kevin és a Nyomicson

2012.11.21. 20:36 Travis.CG

Kevin egyszerű kutató volt. Bioinformatikusként dolgozott, de nem értette meg a munka mélységeit, megelégedett egyszerű programok futtatásával és azok felületes kiértékelésével. Ahogy telt-múlt az idő, hiányos ismeretei egyre jobban akadályozták a munkában, ezért, mint minden rendes kutató, segítséget keresett.

A segítséget a Nyomicson nevű cég személyében lelte meg. A cégnek ugyanis divatos honlapja volt (Flash nélkül, ahogy az akkori irányzatok megkövetelték), szép, iStockPhotoról lopott képek díszítették és mentes volt minden eredeti ötlettől. Hangzatos, hatásvadász szövegekbe botlott az idelátogató, mint amilyen: Megtalálunk minden SNP-t, még amiről nem tud a világ, azt is.

Maga a cég is furcsa volt, bár igaz, Kevin erről mit sem tudott. A cég teljes állományában ugyanis nem volt egyetlen épkézláb bioinformatikus sem. Volt olyan, aki azt tartotta magáról, hogy az, de inkább férfi klimaxban, skizofréniában szenvedő programozók, pályát tévesztett vegyészek, zoológusok alkották. A marketinget egy orvos vezette, mert még a tesztbábukat is reanimálni kellett, ha ő hozzájuk nyúlt. Vezetőjük egy álmodozó volt, aki képtelen volt bevételt termelő megoldásokat kitalálni és inkább befektetői pénzekből tartotta fenn kis céget.

Kevin, mivel ő volt az első vevő-szerű lény, azonnal megkapta a cég teljes erőforrását. Ez egy agyondícsért illesztő program és néhány bonyolult kiértékelő szkriptben ki is merült. Ennek annyira megörült Kevin, hogy elhatározta, egy publikáció formájában mond köszönetet a kedveskedésért. Mi másról írhatott volna, mint az illesztőprogramok összehasonlításáról, mint lerágott csontról? Összeszedett minden illesztőprogramot, amit csak talált, majd elkezdett illeszteni. Mit is? Természetesen a cég saját szimulált adatait. Az illesztés után SNP-ket és indeleket keresett a GATK nevű programmal. Gyakran nem boldogult ezeknek az eszközöknek a futtatásával, ilyenkor a cég egy-egy alkalmazottja besegített neki.

Az eredményeket mindenki nagy reményekkel várta. A Nyomicson azt remélte, most végre mindenki megtapasztalja az ő felsöbbrendűségüket, piacvezetővé válnak és elhozzák a fényt a bioinformatika sötét korába. Kevin arra számított, hogy lesz egy cikke, ami talán hozzásegíti, hogy doktorija is legyen. A valóság sokként hatott: Az ingyenes, lesajnált illesztőprogramok állva hagyták a cég üdvöskéjét. Semmit baj! A programozók nekiestek és addig tekerték a kódot, amíg pár százalék javulást el nem értek. Miután a programon nem tudtak többet javítani, a paramétereket állítgatták vadul, mindenféle logika nélkül, és csak a fals pozitív arányt nézték. Miután teljesen a tesztadatokhoz igazították a programot (a többit szigorúan alapértelmezetten hagyták, hiszen objektívek akartak lenni), el is érték, hogy a 3. legjobbak lettek a listán.

Kevin meg is írta a cikket, csak egy kicsit kellett neki segíteni. Aki tüzetesen megnézte a Nyomicson honlapját, kínos egyezéseket talált a cikkel. Azért, hogy elkerüljék az öntömjénezés vádját, a szerzők között csak Kevin szerepelt. Elküldték egy online lapba, mert sem a cégnek, sem Kevinnek nem volt elég pénze, hogy értelmes újságba megjelentesse, és várták a csodát.

A csoda meg is érkezett, méghozzá három bíráló formájában. Kettő elfogadta a cikket, annak ellenére, hogy pár helyen a táblázat fejléce és magyarázó szövege nem volt összhangban. A harmadik, Zalzburg viszont vette a fáradságot és végigolvasta a kéziratot. Nagyjából 1500 szóban össze is foglalta az összes fellelhető hibát, a vizsgálat tervezésétől egészen a programok paraméterezéséig.

A cikk ugyanis a megtalált variációkkal akarta igazolni, hogy melyik a legjobb illesztőprogram. A célkitűzésben a klinikai diagnosztika szerepelt, de szimulált adatokat használtak, minden szimulált adat pontosan 12 indelt és 10 SNP-t tartalmazott, valamint csupán 67 adatot generáltak egy sajnálatos szkript hiba miatt, amit lusták voltak kijavítani. Zalzburg konyított valamicskét a statisztikához is, ezért külön kiemelte, hogy ennyi adat kevés, vélhetően az eloszlások semmilyen kapcsolatban nincsenek azzal, amit Gaussról neveztek el. Írás közben a vérnyomása megemelkedett és az udvariasság határait egy-egy megjegyzésével átlépte. Az már csak hab volt a tortán, hogy az egyik illesztőt, amit valami csoda folytán a Nyomicson megvert, éppen ő írta.

A cég, mikor meglátta, hogy milyen bírálatot kapott Kevin cikke, paprikás hangulatba került. Zalzburg édesanyja, édesapja és kutyája felváltva csuklottak, néha egy időben. A düh hatására meg is született a döntés, hogy Zalzburgot le kell járatni az internetes fórumokon. Be kell mocskolni, hiszen ő is mocskolódó hangvételű kritikát fogalmazott meg. Az senkinek a fejében nem fogalmazódott meg, hogy a kritika akár jogos elemeket is tartalmazhat.

Szerencsére pár nap elteltével némileg józanabbul döntöttek, de Zalzburg kritikáját annak tudták be, hogy féltékeny, mert a programjánál jobbnak bizonyult a Nyomicson illesztő. Sajnos Kevin képességei nem tették lehetővé, hogy a kritikáknak megfelelően kijavítsa a saját cikkét, azt a cég alkalmazottjai voltak kénytelenek megcsinálni. A javítások után a cikk színvonala sokat emelkedett, bár a Nyomicson illesztő nem jutott Olümposzi magasságokba és Kevin sem volt képes megcsinálni a doktoriját.

A történet tanúsága, hogy nehéz objektívnek lenni, különösen, ha szubjektív az ember. Az igazság független a mi személyes vágyainktól és csak azért, mert valakit szubjektív indokok vezérelnek, képes objektív érveket hangoztatni. Ha pedig az objektív igazság a cél - márpedig egy tudományosnak tűnő publikáció esetén ez kellene, hogy legyen - próbáljunk meg a kritikához is objektíven állni.

Szólj hozzá!

Címkék: irodalom

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr944910958

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.
süti beállítások módosítása