A SAM a rövid szekvencia illesztések legelterjedtebb fájltípusa. Egyszerűségét az adja, hogy minden egyes sor egy szekvenciát jelent, valamint tabulátorral elválasztott oszlopai vannak. Akár egy egyszerű awk szkripttel is feldolgozhatjuk őket.
Hátrányuk, hogy szöveges fájlok…