HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

Modell függő valóság és a bioinformatika

2014.07.29. 23:35 Travis.CG

Nekünk embereknek elég korlátolt érzékszerveink vannak. Amennyiben olyan jelenségeket tanulmányozunk, amihez érzékszerveink kevésnek bizonyulnak, különböző eljárásokkal érzékelhetővé tesszük azt. Ez viszont együtt jár azzal, hogy az alkalmazott eljárások torzító hatását - amennyiben nem ismerjük azt - a tanulmányozott jelenség részének tekintsük.

Sokáig naívan azt gondoltam, ezzel a problémával csak az elméleti fizikusok találkoznak. Az elnevezést is ők vezették be. A biológiában mi élőlényekkel foglalkozunk és bármilyen kicsi alkotóelemet is vizsgálunk, a végén szó szerint élet-halál kérdés dönti el, hogy a hipotézisünk igaz-e.

Az első sokk egy előadáson ért. Ezen az előadáson arról beszéltek, hogy mikroRNSek második generációs szekvenálási eljárással történő meghatározása során a könyvtár készítés alatt a mikroRNS másodlagos szerkezetet alakít ki az adaptor szekvenciával. Ennek eredményeként egyes szekvenciák könnyebben amplifikálódnak. Eredményül azt kapjuk, hogy az egyes mikroRNS abundancia értékek nincsenek arányban a tényleges koncentrációkkal. Röviden: a szekvenálással nem a mikroRNS expressziót mérjük, hanem azt, hogy a mikroRNS mennyire szeret párosodni az adapterrel. A jelenséget itt közölték le.

A második sokk már kisebb volt, de épp elég lehangoló az is. Egy cikket olvastam, ahol különböző növényi mikroRNS target prediktáló programot hasonlítottak össze. Már eddig is tudtam, hogy legyen bármilyen fifikás is egy algoritmus, az csupán jóslás, nem a valóság. De a növényi mikroRNS-ek az eddigi publikációk alapján hálás témának bizonyultak, mert viszonylag kevés és egyszerű szabály alakalmazásával lehetett meghatározni a célpontjukat. A cikk viszont rávilágított, hogy a programok legtöbbjét Arabidopsis adatokon tesztelték. Azon remekül helyt is állnak, de még a viszonylag közel rokon fajokon is drámaian lecsökken a hatékonyságuk.

Ezek után felteszem a kérdést: mikroRNS elemzés címszó alatt mit is csinálok? Olyan szekvenciákat kapok, amelyek nem a növényt, hanem a könyvtár készítést jellemzik és utána olyan programokat futtatok rajtuk, amelyek hatékonysága az adott fajon kérdéses. Ugyan ezt teszi másik száz vagy ezer kutató. Írják a cikkeket, vitákat folytatnak, miközben pont az az információ veszik el, amit meg akarnak találni.

A kérdés az, hogy az újabb módszerek közelebb visznek-e a valósághoz, vagy csupán újabb délibábokat teremtenek, amelyek kergetésével egy újabb generáció töltheti az idejét?

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr186558209

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.
süti beállítások módosítása