Az élet kódjai

Elérkeztünk az RNA-seq legvitatottabb lépéséhez, az illesztéshez. Bárkivel beszéltem eddig RNA-seq-ről, mindenkinek megvolt a jól bejáratott véleménye arról, hogy melyik szoftvert kell használni és ebben a kérdésben nem ismert irgalmat. De én elárulom a nagy titkot. Csak nektek, ingyen. De aztán ne…

Toby mindig meglepődött, ha a hülyeség váratlan helyen bukkant fel. Nem kellett volna neki. Negyvenkét évesen épp elég tapasztalata lehetett volna, hogy ne lepődjön meg olyan elemi dolgokon, mint, hogy vannak ostoba emberek. Ez mégis csak a Broad Institute - gondolta magában. Ez egy…

Miután kiderült, hogy némi R szkripteléssel klikkelések ezreit tudom megspórolni, újabb búzás megbizatást kaptam. Maga a számítás nem volt bonyolult, hamar megvoltam vele. Utána viszont hosszú ideig nem történt semmi olyan, amihez a segítségem kellett volna. A publikálás itt is nehezen ment. Talán…

Egyszer volt, hol nem volt, valahol a CRT monitorok idején, de még a tapicskolós mobiltelefonok megjelenése előtt, a Napster fénykorában, volt egy zenelejátszó program, a WinAmp. Manapság, amikor gigabájtos tárak csücsülnek a zsebünkben, megmosolyogtató, hogy számítógépen tároltuk a zenéket, sőt még…

A szekvenálás minőségének meghatározása szinte teljesen megegyezik a DNS szekvenálásnál alkalmazott módszerekkel. Ez nem is meglepő, hiszen miután a minta előkészítés során az RNS-t átírtuk DNS-é, a gép ugyan úgy hajtja végre a szekvenálást. A FastQC ugyan úgy használható. Az értékelés során…