HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • robertherczeg: Hello! Tanulságos történet :) (2017.10.17. 21:10) Első nap
  • grungi: KJK rulez! :) (2017.07.03. 22:47) Kalandod itt véget ér...
  • Anakin Solo (a.k.a. Ape): Jó öreg Winamp... mai napig azt használom, persza a 2.95 verziót :D Az még szinte tökéletes volt. (2016.11.09. 15:54) Túlprogramozás
  • Szedlák Ádám: Ha nem is egy hirdetést, de egy jó keresztrejtvényt! www.telegraph.co.uk/history/world-war-two/111... (2016.10.20. 11:34) Rejtett bioinformatikusok
  • Kalle: @Travis.CG: Jogos a felvetés, itt egy undorító c-szerű saját nyelven fejlesztenek, aminek köszönhe... (2016.08.05. 10:40) Ez itt a reklám helye

Túlprogramozás

2016.11.07. 00:47 Travis.CG

Egyszer volt, hol nem volt, valahol a CRT monitorok idején, de még a tapicskolós mobiltelefonok megjelenése előtt, a Napster fénykorában, volt egy zenelejátszó program, a WinAmp. Manapság, amikor gigabájtos tárak csücsülnek a zsebünkben, megmosolyogtató, hogy számítógépen tároltuk a zenéket, sőt még ott is játszottuk le őket (a prolik még CD-re is kiírták!), de nem volt más választásunk.

A WinAmp nagyszerű kis program volt, népszerűségben a Total Commanderrel (akkoriban Win Commander) vetekedett. Aztán történt valami rettenetes. Felütötte a fejét a túlprogramozás. A funkciók úgy potyogtak a kis szoftverbe, mint esőcseppek zápor idején. Kettőt pislogott a felhasználó és a program már filmeket is lejátszott, a külalak testre szabása pedig fontosabbá vált, mint maga a funkció. Az eszköz megszűnt az lenni, ami a célja volt és amiért szerették.

Ugyan ezt veszem észre az SRA Toolkit-el kapcsolatban is. A tárhely éhség csillapítására tömörítéseket vezettek be az NCBI-nál és elkészítették a kicsomagoló alkalmazást is. Kezdetben csak a Fastq konverzió volt a feladata, de mostanra egy felhő alapú, eloszott rendszer lett, ami a legegyszerűbb funkcióját is nyakatekert módon hajtja végre. A dokumentáció szerint a letöltött 180 MB nem müködöképes, szükséges hozzá a szerveren tárolt másik kódrészlet. Az, hogy milyen porton kommunikál, hogy esetleg megoldjuk a lehetséges hálózati problémákat, nem derül ki. A hibaüzenetek kriptikusak, nem szólnak semmit az aktuális problémáról, csak a virtuális adatbázis bejegyzésekről, amit valami hálózati alrendszeren keresztül akar végrehajtani. Ilyen szöveget manager meetingen mondanak, nem hibaüzenetekben.

A neten a legelterjedtebb megoldási forma: ne használd a programot, töltsd le a fastq-t az ENA-ról. Nekem nem volt szerencsém, a kérdéses szekvencia nem volt elérhető az említett formátumban. Kénytelen voltam megküzdeni az alkalmazással.

Habár elméletileg elég a szekvencia azonosítóját használni (az sra kiterjesztés nélkül megadott nevet azonosítónak tekinti a program és megpróbálja letölteni azt a szerverről), a gyakorlatban úgy tűnik a fastq-dump az egyetlen, amiből ez a funkció kimaradt. Miután letöltöttem mindent, folyamatosan időtúllépésre panaszkodott, mintha le akarna valamit tölteni. De ha már úgyis le akar valamit tölteni, letölthetné a szekvenciát is, nem? Mindegy, nem kell értelmet keresni egy túlprogramozott szoftverben.

Valami megmagyarázhatatlan csoda folytán a laptopomon működött minden. Csupán tárhely nem volt a szekvenciáknak. Ezért sshfs-el felcsatoltam a számítógép farm egyik gépét, majd oda mentettem mindent.

Később egy kolléga az NCBI embereit is bevonva kiderítette, hogy be kellett volna állítani a proxyt a vdb-config paranccsal. Csak azt nem értettem, máshol (git, wget, R, pip) miért nem kellett ilyesmit beállítani? Azok miért működnek nélküle? Bocsánat, megint értelmet keresek egy túlprogramozott szoftverben.

1 komment

Címkék: filozofálás bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

http://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr4211928871

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben.

Anakin Solo (a.k.a. Ape) 2016.11.09. 15:54:11

Jó öreg Winamp... mai napig azt használom, persza a 2.95 verziót :D Az még szinte tökéletes volt.