Az élet kódjai

Bár egyre kevesebb szükség van a tudásomra, azért néha akkor is segítek, ha nem kérik. Legutóbb arra kértek, hogy egy R szkriptet futtassak a szerveren, mert a PC-n ahol eddig futott, túl lassú. Fél óráig dolgozott fel egy JSON fájlt. Eddig simán kivárták a fél órát, de amikor tíz fájlt kellett…

Az itt leírtak egy erősen szubjektív véleményen alapulnak, sok anekdotával, kevés tényanyaggal. Szívesen látnék ellenvéleményt vagy erősebb bizonyítékokat. Amíg ilyen nincs, kérem a fentiek figyelembevételével értelmezni a következőket. Az észrevételem, hogy a dedikált bioinformatikusok szerepe…

Megrendezték a szokásos évi bioinformatikai konferenciát. Idén egyáltalán nem volt AphaFold, nem voltak rendezetlen fehérjék, viszont tanulóalgoritmusok dögivel. Most kevesebb csoportvezető adott elő, úgyhogy nem voltak töltelék előadások, hanem valódi munkákat mutattak be. Érdekes módon több céges…

A korábbi híreszteléseknek megfelelően megjelent a Magyar Tudományos Akadémia parazita kiadványokkal kapcsolatos állásfoglalása. A 91 oldalas dokumentum összefoglalása egy mondatban: Az MDPI rossz, oda ne publikálj. Természetesen ez egy eléggé sarkított kijelentés, de a lényeg, hogy megindult…

Az év első magyar bioinformatika tematikájú konferenciája nagyon furcsa volt számomra. Annyi előadót zsúfoltak az egyes szekciókbat, hogy mindenkire csak 10 perc jutott. Nyolc perc jutott az előadásrai, amit valamennyi előadó be is tartott. A fennmaradó két perc a kérdésekre jutott. Ketten…

A fejlődés nem áll meg. Míg az első egysejtes elemzésemnél a jól bevált genomikai módszereket gyúrták át az egysejtes világ igényeinek megfelelően, addigra mára sokkal kiforrottabb céleszközök segítik a kutatók életét. Az egyik ilyen eszköz a CellRanger, amit a 10x Genomics ajánl a mintáik…

Mikor elkezdtem tanulni a Go-t, egyszerű kis progikkal kezdtem, amik megkönnyítették valamely munkafolyamat egy lépését. Az idők során összefogtam őket BUG néven, utalva rá, hogy a tanulás korai szakaszában még nem ment minden zökkenő mentesen. Ahogy gyarapodtak a programok, úgy elkezdett érlelődni…

Bevallom, ezen a konferencián meglepődtem. Nem hallottam semmit az előkészületekről, egyszer csak lett. Ráadásul nem is Budapesten. Szerencsére teljesen online volt, így könnyű volt követni. Még az sem volt olyan zavaró, hogy a szervezők nagy része egyben előadó is volt. Katalin Gombos: Synthesis…

Eljött az első bioinformatikai konferencia is, amit élőben tartottak meg. Egy régi ismerőssel azon viccelődtünk, hogy annak idején a konferenciákon az ember kapott egy kis tatyót füzettel, tollal. Most meg láttam embereket, akik a délutáni szekció első szünetében reménykedve rázták meg az üdítős…

Kevés a nagy teljesítményű számítógép? Utálod a rendszeradminisztrációt? Gőzöd sincs, hogyan kell parancssorban dolgozni? Nem tudsz programozni? Bioinformatikát akarsz csinálni? Lehet, azt hiszed, ezek a feltételek kizárják egymást, de tévedsz! Ott a Galaxy! Még telepítened sem kell. Ha van…

Nem szoktam túl kritikus lenni a PhD dolgozatokkal. Egyrészt, mert az én PhD dolgozatom sem túl kiváló, ráadásul elég élénken él még bennem, milyen a PhD-sok élete. Ezért is volt nehéz számomra, hogyan is bíráljam el a most bemutatásra kerülő PhD dolgozatot. A dolgozat röviden abból állt, hogy…

Az adatok megosztása elég fontos része a jelenlegi tudományos életnek. Ez nem volt mindig így. Még egyetem alatt emlékszem, amikor az Állatökológia Tanszéken dolgoztam, egy cikk írása közben a témavezető nagyon törte a fejét, hogyan írja le úgy az eredményeket, hogy közben minél kevesebbet áruljon…

Az adatelemzés mellett most több programot is meg kell írnom, amihez nem árt, ha folyamatos kontroll alatt áll a kód, hogy minden egyes módosítás után tudjam, nem szúrtam. Gondoltam, nincs is jobb, mint valódi adatokkal megetetni a programot és a fejlesztés alatt folyamatosan monitorozni a…

Pontosan nem emlékszem, hol hallottam, hogy a cikkek leírják, amit két évvel ezelőtt tudtunk. A könyv leírja, amit 5-10 évvel ezelőtt tudtunk, az egyetemi oktatásban pedig megjelenik, amit 20 évvel ezelőtt tudtunk. Habár az itt leírt számok változhatnak, az tény, hogy az oktatott anyagban mindig van…

Ami évekkel ezelőtt még április 1 ugratásnak indult, ma már valóság. Megvan a teljes humán genom minden egyes nukleotidja. Úgy is mondhatnánk, hogy idén az a poén, hogy volt régen egy poén, ami többé nem poén. A Science egy teljes számot szentelt a témának, de akit érdekel a dolgok háttere, annak a…

A tudományban nem sok helye van a berögzült szokásoknak. Már csak azért sem, mert jöhet egy olyan új vizsgálat, ami fenekestül felforgatja az eddigi ismereteinket. Például eddig sem rejtettem véka alá ellenszenvemet a Wilcoxon-teszttel szemben, ezért is ért meglepetésként, hogy az egyik cikk…

Bevallom, a teljesen egyszerű ötletek, amelyekre önmagukon jóval túlmutató dolgok épülhetnek, lenyűgöznek. Ettől olyan érzésem lesz, hogy a világban némi rend is uralkodik. Például vegyük a kmereket. A kmer egy hulla egyszerű ötlet. A DNS szekvenciát ugyan olyan hosszú darabokra vágjuk és…

Az utóbbi időben játszottam egy keveset az Illumina saját fejlesztésű programjaival. Ez idő alatt sokszor eszembe jutott a régi vicc, csak Szadlacsek helyett az Illumina nevével. Az Illumina a TSO 500 paneljéhez egy saját alkalmazást is fejlesztett, ami a felhős körnezetében, a BaseSpace-en fut. Ez…

A metagenomika sosem látott perspektívákat nyitott meg a környezeti mikrobiológiában. A tény, hogy egy kis környezeti mintából képet kaphatok az ott élő mikroszkópikus élőlényekről, fantasztikus. Készítettem is egy kisebb webszolgáltatást az intézetben dolgozóknak, hogy minél kevesebb…

Vannak jó bioinformatikai pipeline-ok. Vannak tűrhető bioinformatikai pipeline-ok. És van a FROGS. A FROGS rettenetes, de ez valami miatt senkit nem gátolt meg abban, hogy a Galaxyba integrálják, mert így el lehet fedni az összes hiányosságát. De kezdjük az elején. A FROGS-ban semmi egyedi ötlet…

A genom összeszerelések egyik legfontosabb hozzávalója a minél hosszabb szekvenciák felhasználása. Ebben a cikkben összeszedték a különböző összeszerelési stratégiákat, és az első ábrán is jól látszik, hogy a hosszú readek felhasználásával az N50 nem fog számottevően változni a rövid read-es…

Eheti meglepetésem az volt, hogy nem értek a Blasthoz. Egy homológ szekvenciát kellett volna megtalálni egy faj különböző módon összeépített genomjai között. Alapértelmezett módon futtattam mindent, majd megállapítottam, hogy az EnsEMBL-féle genomban nincs meg a kérdéses szekvencia. Az egyik…

Az ember diploid élőlény, ami azt jelenti, hogy a teljes kromoszóma készletéből kettő van. Egy anyai és egy apai eredetű. Ha csak a legegyszerűbb DNS változásokat, a nukleotid variációkat nézzük, akkor ez azt jelenti, hogy ha megnézzük egy egyén SNP-it, akkor azt jó eséllyel megtalálhatjuk legalább…

Habár előszeretettel hivatkoznak a DNS láncra, mint egy hosszú szalagra, ahol csak a nukleotidok sorrendje az egyedüli fontos ismertetőjegy, a valóságban a DNS egy komplex struktúra, ahol külön logisztikát igényel a sejttől, hogy ezt az információt valahogy tárolja. A DNS ezért nem egy összekuszált…

Ahogy a konferenciák legtöbbje, úgy a Magyar Bioinformatikai Társaság éves konferenciája is on-line került megrendezésre. Ennek egyik vitathatatlan előnye volt, hogy több külföldön dolgozó magyar kutató is beszélhetett munkájáról. Hátránya pedig (az ingyen kaja hiányán kívül) az informális…