HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • grungi: KJK rulez! :) (2017.07.03. 22:47) Kalandod itt véget ér...
  • Anakin Solo (a.k.a. Ape): Jó öreg Winamp... mai napig azt használom, persza a 2.95 verziót :D Az még szinte tökéletes volt. (2016.11.09. 15:54) Túlprogramozás
  • Szedlák Ádám: Ha nem is egy hirdetést, de egy jó keresztrejtvényt! www.telegraph.co.uk/history/world-war-two/111... (2016.10.20. 11:34) Rejtett bioinformatikusok
  • Kalle: @Travis.CG: Jogos a felvetés, itt egy undorító c-szerű saját nyelven fejlesztenek, aminek köszönhe... (2016.08.05. 10:40) Ez itt a reklám helye
  • Travis.CG: Ez egy teljesen kitalált történet. Bármi kapcsolata a Virgin Mediaval vagy a BT-vel csak a paranoi... (2015.11.23. 00:11) Internet

Lehet, de minek: CNV targetált szekvenálásból

2017.06.11. 22:15 Travis.CG

A kópiaszám változások azonosítása teljes genom szekvenálásból nem különösebben bonyolult. Rengeteg eszközt találni rá és elég jól működik. Többségében a lefedettség változását veszik alapul. Targetált szekvenálásnál (ide értve mindent, ami nem teljes genom szekvenálás) viszont a lefedettsége…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (5. rész)

2017.05.15. 00:28 Travis.CG

Nincs két egyforma szekvenálás. A kapott read mennyiség futásról-futásra változik. Ha csupán összeszámoljuk a vizsgált egységre (génre, transzkriptre, exonra) eső readeket, nem tudjuk összehasonlítani az expressziót más szekvenálásokkal. Szükség van olyan eljárásokra, ahol a szekvenálásból eredő,…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Genome Informatics 2016

2017.03.13. 01:25 Travis.CG

Jessica Chang: Transforming gene discovery by radically open data sharing A humán gének 51%-áról nem tudni, milyen hatással van a fenotípusra. Az újgenerációs szekvenálásoknak és a bioinformatika fejlődésének hála a felfedezések száma ugrasszerűen megnőtt. A következő 15 évben valószínűleg megugrik…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika nanopore machine learning

Tévedni kutatói dolog

2017.03.06. 00:15 Travis.CG

A Sangerben általában hatékonyan mennek a dolgok. Természetesen itt sokan panaszkodnak, hogy a rendelési rendszer bonyolult, az állatházban fintorognak, ha egyedi kérés van, stb, de összességében szerintem tervszerűen haladnak. De nem hiba nélkül. Ha pedig hibáznak, akkor az nagyot szól.…

Szólj hozzá!

Címkék: életmód bioinformatika

Érdekes beszélgetés egy fizikussal

2017.02.20. 00:59 Travis.CG

Itt a Sangerben hihetetlen figurákkal lehet összefutni. Az egyikük Tony, aki az EBI-nál a szekvenciák tárolásával foglalkozott. Előtte 15 évig a CERN-ben volt, hogy a részecske ütköztető által generált töménytelen adat tárolását megoldja. Elég jó rálátása van mindkét tudományterületre, a jelen poszt…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (4.rész)

2017.01.16. 00:58 Travis.CG

Az illesztést követően meg kell határozni, hogy a vizsgált régiókra mennyi read esik. A vizsgált régió lehet gén, transzkript, de akár exon is. Annak ellenére, hogy ez első látásra egy egyszerű feladat, hamar érdekes kérdésekre kell választ adnunk. A régiók ugyanis átfedhetnek. Antiszensz…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Jegyzeteljünk

2016.12.19. 01:10 Travis.CG

Mikor elkezdtem a PhD-t, témavezetőm adott egy hatalmas füzetet és elmagyarázta, hogyan kell jegyzőkönyvet vezetni: minden nap új oldalt kezdeni, dátum a jobb felső sarokban, oldalszámozás a jobb alsóban és az előző munkafázis oldalszámát feltűntetni. Spirálfüzetet elfelejteni, mert abból csak…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (3.rész)

2016.11.27. 21:55 Travis.CG

Elérkeztünk az RNA-seq legvitatottabb lépéséhez, az illesztéshez. Bárkivel beszéltem eddig RNA-seq-ről, mindenkinek megvolt a jól bejáratott véleménye arról, hogy melyik szoftvert kell használni és ebben a kérdésben nem ismert irgalmat. De én elárulom a nagy titkot. Csak nektek, ingyen. De aztán ne…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Túlprogramozás

2016.11.07. 00:47 Travis.CG

Egyszer volt, hol nem volt, valahol a CRT monitorok idején, de még a tapicskolós mobiltelefonok megjelenése előtt, a Napster fénykorában, volt egy zenelejátszó program, a WinAmp. Manapság, amikor gigabájtos tárak csücsülnek a zsebünkben, megmosolyogtató, hogy számítógépen tároltuk a zenéket, sőt még…

1 komment

Címkék: filozofálás bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (2.rész)

2016.11.04. 01:55 Travis.CG

A szekvenálás minőségének meghatározása szinte teljesen megegyezik a DNS szekvenálásnál alkalmazott módszerekkel. Ez nem is meglepő, hiszen miután a minta előkészítés során az RNS-t átírtuk DNS-é, a gép ugyan úgy hajtja végre a szekvenálást. A FastQC ugyan úgy használható. Az értékelés során…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (1. rész)

2016.10.24. 01:46 Travis.CG

Már annyi RNA-seq adatot dolgoztam fel, hogy lassan én is elhiszem, hogy értek hozzá. Ez, és túláradó magabiztosságom együtt ezt a poszt sorozatot eredményezte, eredményezi. Igyekszem valami rendszert felállítani, de annyi egymással összefüggő téma van, hogy akaratlanul lesznek átfedések. Azért…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Én megmondtam

2016.09.15. 00:18 Travis.CG

A blog lassan hat éve megy és eddig egyetlen konstans, mit sem változó üzenete van. Mégsem fogadjátok meg. Fogadjunk, hogy most is ott van a gépeteken. Megbújik, mint egy vírus, egy parazita. Talán azt gondoljátok, ezt, vagy azt a fájlt igazán megnyithatom vele, abból nem lesz baj. Tévedtek! Soha…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Mutáció keresés rákos mintákban

2016.09.10. 00:10 Travis.CG

SNP-k és más variációk keresése rákos szekvenciákban egy kicsit eltér a "hagyományos" variációk keresésétől. Először is, a ráksejtek genetikai anyaga más, mint a gazdaszervezeté, másrészt egyes ráktípusok, még ha fenotípusosan homogénnek tűnnek is, poliklonálisak lehetnek. Kicsit olyan, mintha egy…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Így elemeztek exomot Ti

2016.08.15. 01:18 Travis.CG

Legutolsó Titines kalandom után a főnökség úgy döntött, keresnek valakit, aki megtaníthat rendesen exomot elemezni. Patrickre esett a választás, mert az ő eredményeire még a nagyfőnök Peter Campbell is elismerően füttyent. Én az elején nem értettem, miért van erre az egészre szükség, különösen azt…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Ez itt a reklám helye

2016.06.26. 22:31 Travis.CG

Már eddig is voltak eszközök, hogy a megtalált SNP-khez, indelekhez biológiai hatást rendeljenek, de ezek legtöbbje kimerült a szinoním, nem-szinoním mutációk elkülönítésében. Más eszközök, mint amilyen az Annovar is, csak a modell organizmusokra koncentrálnak és tetemes energia befektetésre van…

3 komment

Címkék: bioinformatika

Csővezeték fektetés

2016.06.13. 00:36 Travis.CG

Bioinformatikai munkafolyamatok (szaknyelven pipeline-ok) fejlesztésére a legegyszerűbb módszer még mindig a parancssori szkriptek írása. Az irányítás végig a kezünkben van, minden lépést aprólékosan felépíthetünk. Az adatok sokszínűsége viszont olyan potenciális hibaforrásokat hordozhat, ami a…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Világítsunk a lényegre

2016.05.28. 00:35 Travis.CG

GPU? FPGA? Virtuális valóság? Kegyetlen nagy szerver, amivel 47 másodperc alatt összeraksz egy humán genomot? Azt hiszed már a spektrum teljes palettáját ismered, amivel a cégek a bioinformatikusokat vakítják? Gondolod semmi újat nem tudnak neked mutatni? Nem tudsz semmit! Csak sötétben…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

És ezért hiszik, hogy értek az RNA-seq-hez.

2016.05.13. 00:25 Travis.CG

Igazából nem értek hozzá. Illetve volt idő, amikor azt gondoltam, hogy értek hozzá, de aztán a Sangerben kezdtem dolgozni. Talán kezdjük az elejéről. Még a hírhedt benthamiana projekt idején érezhettem először testközelből a nyers RNA-seq adatot. Túl sokat nem töprengtem rajta, olvastam pár cikket,…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

SCB 2016 (2. rész)

2016.04.25. 00:51 Travis.CG

Dirk Busch: In vivo T-cell fate mapping at the single cell levelA CD8 T-sejtek száma fertőzés után megnő. Egy részük memória sejtté alakul, hogy egy újabb fertőzés esetén az immunrendszer gyorsabban reagálhasson. A jelenlegi ismereteink szerint a memória sejtek egy asszimmetrikus osztódás…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Catherine varázslatos genom böngészője

2016.04.22. 01:31 Travis.CG

Időm és energiám újból a kutatók megsegítésére fordítottam, amikor elfoglaltam helyemet a helpdesk irodában. Már nem egy kis lyukban kellett bámulni a DVI-s monitor képét, ahol csak a falaknak lehet köszönni, hanem egy világos irodában, ahonnan egyenesen rálátni a kis mesterséges tóra, ahol…

Szólj hozzá!

Címkék: életmód bioinformatika

SCB 2016 (1. rész)

2016.03.20. 15:45 Travis.CG

Ismét egy konferenciára mentem. A Single Cell Biology egy három napos konferencia volt, ahol az egy sejtes technikáké volt a főszerep. Igen megdöbbentő volt számomra látni, hol tart a biotechnológia és ezek miként formálják át tudásunkat. Immár nem csak az a kérdés, hogy tudunk-e szekvenálni egy…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Dragen, feltámad az FPGA

2016.02.29. 23:13 Travis.CG

Még 2008-körül az FPGA tűnt egy igen ígéretes megoldásnak a bioinformatikát uraló feldolgozási krízisnek. Senkinek nem volt elég a CPU adta teljesítmény. Egyre másra jelentek meg a Blastok, Bowtie-ok és más alkalmazások FPGA verziói. Később kiderült, hogy hiába a gyors feldolgozás, a I/O műveletek…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Amikor a p-érték arcon köp

2016.02.28. 00:42 Travis.CG

Egy bevezető kísérlet kapcsán egér oesophagus exome szekvenciákat kellett feldolgoznom. Meghatázotam a mutációkat, annotáltam mindegyiket, majd elkezdtem a mintákat különböző módszerekkel csoportosítani, hátha kirajzolódik valami szabályszerűség. Készítettem egy bináris mátrixot is, ahol a sorok a…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

MikroRNS elemzés mirDeep-P-vel

2016.02.13. 23:05 Travis.CG

Ha a klikkelős, bugos, zárt forráskódú mikroRNS elemző programokból elegünk lesz, érdemes megnézni, milyen alternatívákkal dolgozhatunk. Az egyik ezek közül a mirDeep-P. A telepítése nem igényel különleges előkészítéseket. A Bowtie legtöbb bioinformatikus kelléktárában már megtalálható, a Vienna…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Helpdesk, segíthetek?

2016.02.01. 00:51 Travis.CG

Ezen a héten én voltam a helpdesk. A hétfői reggeli megbeszélésen az egyik régi motoros csak ennyit mondott: sok szerencsét. A helpdesk egy olyan pozíció, amit senki nem csinál szívesen, ezért minden héten más viszi. A "büntetősarok" a kutatók irodájában van, mert így nekik is egyszerű elmondaniuk,…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika