Az élet kódjai

Számtalan felesleges szokásaimnak egyike, hogy a programokat, amelyeket használok, letöltöm, majd archiválom. Évekkel később meg nézem a felhalmozódott adathordozókat, amelyek csak foglalják a helyet, de igazán ritkán nézem meg a tartalmukat. Lehet, hogy az írható CD-k már rég olvashatatlanok? Ki…

Ha egy munkán elsőre látszik, hogy biztosan nem lesz belőle értelmes eredmény, azt nem kell elvégezni. De mi a helyzet azokkal a munkákkal, ahol kb. 90%-ig vagyunk biztosak, hogy felesleges? Mi a helyzet, ha ezzel a véleményünkkel egyedül vagyunk? Ezek a vesztes csaták, amit meg kell vívni, mert…

Alapvetően az MTA Cloudon igényelhető gépek kicsik. Nekem például az otthoni, 6 (vagy 7?) éves gépemet egyik instance sem képes megszorongatni. Még az előző munkahelyi ócskavas is lealázza őket memóriában. Na, de akkor mire lehet használni őket? A kérdés jogos, bemutatok pár felhasználási…

Azt hiszitek, hogy a magyar szuperszámítógépek helyzeténél nincs rosszabb? Akkor még semmit nem tudtok az MTA Cloud gőzpamacs helyzetéről. Miközben a NIIF-el hadakoztam, hogy hozzáférést szerezzek, vészmegoldásként regisztráltam az MTA párafelhőjébe. Már a kiírásból láttam, hogy ez édes kevés lesz,…

Technológiai trendek terén mindig is rosszul döntöttem, illetve van egyfajta vonzódásom a vesztes megoldások iránt. Például annak idején szívbaj nélkül vettem egy Efika 5200b-t, pedig mindenki mondta, hogy kevés a memória benne, vannak jobb alternatívák, ha MorphOS-t akarok használni. De a microA1-t…

A klaszter adminisztráció nem egyszerű feladat. Emlékszem, még az egyetem alatt az egyik tanár mesélte az új labor felállításáról, hogy a telepítést úgy oldották meg,  hogy egy gépre elvégezték, majd a dd paranccsal a többi gép merevlemezére másolták azt. Nyilván, ha egyforma gépeink vannak, azokat…

A cím kicsit félrevezető. A fájl nélküli (filess) nem azt jelenti, hogy nincsenek fájlok. A szerver nélküli (serverless) esetén se gondoljunk arra, hogy a szolgáltatások a semmin futnak. A két koncepció csupán annyit jelent, hogy a fájlok és szerverek, mint elsődleges célok megszűnnek és helyüket…

Több gépünk is van, ami nincs 100%-ban kihasználva, ezért úgy gondoltam, telepítek rájuk Hadoopot. Már csak a HDFS is megérné, hiszen a tárolt adatok így is több gépen vannak össze-vissza, gyakran aszerint, hogy éppen hol van hely. Ha emellett még MapReduce alkalmazásokat is…

Eddig elég sok negatív dolgot írtam a cégekről, pedig egy területen nagyon is az akadémiai szféra előtt járnak, ez pedig az információ rendszerezése. Gondolok itt arra, hogy a futó projektek hol tartanak, kinek, mi van vissza egy feladatból. Az újonan belépőknek dokumentációk…

Kicsit késve itt a harmadik nap összefoglalója: A harmadik nap a Tavaxy megismerésével kezdődött. Ha azt mondom, hogy ez is egy munkafolyamat tervező alkalmazás, az olvasónak talán beugranak ilyen nevek, mint Taverna, vagy Galaxy. Ez a két program előnyeit egyesítő harmadik program.…

Még tegnap este megnéztem kedvenc marketingesünk laptopját, mert állítólag elromlott. Az elromlott azt szokta jelenteni, hogy nem azt csinálja, amit a tulaj szeretne, ezért erős fenntartásokkal fogadtam a tüneteket. Végül sikerült megállapítani, hogy tele van a merevlemez hibás…

A vonat sebesen szeli át az országot, hogy elérjen Bécsbe, a BioIT World konferencia színhelyére. A cég, amelynek alkalmazásában állok, itt akarja népszerűsíteni legújabb termékét, nekem meg sikerült kiharcolnom, hogy eljöhessek én is. Az eljövetel egyik feltétele az volt, hogy…

A Bioconductor egy olyan R csomag gyűjtemény, ami statisztikai oldalról támogatja a bioinformatikai munkát. Validálásnál, az eredmények kiértékelésénél rengeteg olyan eszközt ad a kutatók kezébe, amely nélkül a munkájuk minősége nehezebben állapítható meg. Amikor…

Daniel Blankenberg: NGS best practices through Galaxy: Cloudbased variant discovery with visual analyticsEbben az előadásban a Galaxy rendszert ismerhették meg a hallgatók. A program előnye, hogy ingyenes, felhő alapú megoldást nyújt (természetesen az Amazon használatáért fizetni kell).…

A mai poszt egy bécsi bioinformatikai konferenciáról érkezik. A cég, ahol dolgozom kiállít és előadást tart, én személy szerint poszterrel is jelen vagyok. A bécsi konferencia központban van a rendezvény, ami egy hatalmas épület, felszerelve minden technikával, amivel egy…

Mivel soha életemben nem foglalkoztam kémiai informatikávalés soha nem installáltam több processzoros gépre semmit, ezértitt volt az ideje, hogy mind a kettőt kiadják nekem feladatnak.Az Amazon rendszerén van lehetőség egy 16 processzoros, processzoronként4 magos gép igénylésére.…

Jó estét, jó szurkolást. Mai félnehéz súlyú mérkőzésünkön két igazi nagyágyú méri össze tudását. A tét nem kevesebb, mint a CLCBio Genomics Workbench elindítása. A mérkőzés helyszínét az Amazon biztosítja. Az idő szokás szerint felhős.A kék sarokban a…

Az adatbázis telepítése viszonylag egyszerű volt, ráadásul a rutin is segített. Most viszont egy új kihívással állok szembe. A teljes weboldalt telepíteni akarom egy Amazonos gépre.Mindjárt az elején közlöm, hogy a dokumentáció nem sokat ér. Sok olyan lépés van, ami vagy…

A korábban bemutatott EnsEMBL adatbázist akartam kiegészíteni a weboldallal. Ennek érdekében felállítottam egy webszervert. Nagyjából három óra elteltével a logfájlok tele voltak ilyen bejegyzésekkel:File does not exist: /usr/local/ensembl/htdocs/phpMyAdminMinden féle…

Korábbi bejegyzésemben arról panaszkodtam, hogy az Amazon Cloudon csak az ember adatait tette fel az EnsEMBL, abból is egy régi verziót. Örömmel közölhetem, hogy ez nem igaz. A teljes adatbázis fent van MySQL és Fasta formátumban. Mostani írásomban arra akarok kitérni, hogyan lehet…

A felhő alapú számítások (cloud computing) nagy népszerűségnek örvendenek manapság. Segítségükkel meg lehet határozni Isten számát, vagy a bioinformatika egyre növekvő tárhely éhségét,Az Amazon rendszerét használva viszont nem tapasztalom azokat az előnyöket, melyeket a…