HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • grungi: KJK rulez! :) (2017.07.03. 22:47) Kalandod itt véget ér...
  • Anakin Solo (a.k.a. Ape): Jó öreg Winamp... mai napig azt használom, persza a 2.95 verziót :D Az még szinte tökéletes volt. (2016.11.09. 15:54) Túlprogramozás
  • Szedlák Ádám: Ha nem is egy hirdetést, de egy jó keresztrejtvényt! www.telegraph.co.uk/history/world-war-two/111... (2016.10.20. 11:34) Rejtett bioinformatikusok
  • Kalle: @Travis.CG: Jogos a felvetés, itt egy undorító c-szerű saját nyelven fejlesztenek, aminek köszönhe... (2016.08.05. 10:40) Ez itt a reklám helye
  • Travis.CG: Ez egy teljesen kitalált történet. Bármi kapcsolata a Virgin Mediaval vagy a BT-vel csak a paranoi... (2015.11.23. 00:11) Internet

Újra itthon

2017.07.09. 23:34 Travis.CG

Sokan kérdezték tőle, milyen érzés újra itthon lenni. Többnyire röviden válaszoltam nekik, mert nem tudom összefoglalni egyszerűen. Először is, jó újra túró rudit enni. És az is jó, hogy a felvágott, nem csak sonkából áll. De tényleg, rengeteget gondolkodtam azon, mit csinálnak az állatok többi…

Szólj hozzá!

Címkék: életmód filozofálás barkácsolás

Érdekes beszélgetés egy fizikussal

2017.02.20. 00:59 Travis.CG

Itt a Sangerben hihetetlen figurákkal lehet összefutni. Az egyikük Tony, aki az EBI-nál a szekvenciák tárolásával foglalkozott. Előtte 15 évig a CERN-ben volt, hogy a részecske ütköztető által generált töménytelen adat tárolását megoldja. Elég jó rálátása van mindkét tudományterületre, a jelen poszt…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

Év végi összefoglaló

2017.01.01. 01:11 Travis.CG

Az idén sem lehet ok a panaszra. Megjelent öt cikk, ami nem is rossz. Feldolgoztam 980 egysejtes RNA-seq-t (egy PhD hallgatónak kellett segíteni a dissszertációjához), 40 organoid RNA-seq-t, 1085 sejtvonalból származó RNA-seq-t (az RNA-seq pipeline teszteléséhez kellett), 196 egysejtes fitymabőr…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

Kit vegyünk be a cikkbe?

2016.12.30. 02:18 Travis.CG

Vége a hosszú, fáradságos munkának. Kész a kézirat is. A munkatársak, akik eddig együtt, vállvetve kutatták az ismeretlent, hirtelen ellenségekké vállnak és megkezdődik a harc, hogy milyen sorrendben legyenek a szerzők nevei feltűntetve. De előtte még felmerül a kérdés: egyáltalán kit vegyünk…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás publikáció

Túlprogramozás

2016.11.07. 00:47 Travis.CG

Egyszer volt, hol nem volt, valahol a CRT monitorok idején, de még a tapicskolós mobiltelefonok megjelenése előtt, a Napster fénykorában, volt egy zenelejátszó program, a WinAmp. Manapság, amikor gigabájtos tárak csücsülnek a zsebünkben, megmosolyogtató, hogy számítógépen tároltuk a zenéket, sőt még…

1 komment

Címkék: filozofálás bioinformatika

Rejtett bioinformatikusok

2016.10.19. 01:25 Travis.CG

Aki álláshirdetések útján akar bioinformatikust találni, nem jár sikerrel. Azzal a furcsa érzéssel ér véget a keresés, hogy talán nincs is Magyarországon bioinformatikus. De ez nem igaz. Egyszerűen csak rossz a módszer. A Hidegháború idején sem úgy keresték az alvó KGB (vagy a másik oldalon a CIA)…

1 komment

Címkék: filozofálás

Villany Leó

2016.08.31. 00:52 Travis.CG

Vannak eszközök, amiket nem arra terveztek, hogy kikapcsolják. Ilyen a hűtőszekrény, a nukleáris meghajtású tengeralattjáró vagy egy 20 ezer processzoros szuperszámítógép. Ezen a hétvégén mégis pont ezt tették. Az egész hóbelevancot lekapcsolták a Sanger teljes infrastruktúrájával egyetemben. Egy…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás rendszergazda

És ezért hiszik, hogy értek az RNA-seq-hez.

2016.05.13. 00:25 Travis.CG

Igazából nem értek hozzá. Illetve volt idő, amikor azt gondoltam, hogy értek hozzá, de aztán a Sangerben kezdtem dolgozni. Talán kezdjük az elejéről. Még a hírhedt benthamiana projekt idején érezhettem először testközelből a nyers RNA-seq adatot. Túl sokat nem töprengtem rajta, olvastam pár cikket,…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

Amikor a p-érték arcon köp

2016.02.28. 00:42 Travis.CG

Egy bevezető kísérlet kapcsán egér oesophagus exome szekvenciákat kellett feldolgoznom. Meghatázotam a mutációkat, annotáltam mindegyiket, majd elkezdtem a mintákat különböző módszerekkel csoportosítani, hátha kirajzolódik valami szabályszerűség. Készítettem egy bináris mátrixot is, ahol a sorok a…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

Vizelet dinamika

2015.11.09. 00:22 Travis.CG

A kutatóknak sem kell a hülyeségért a szomszédba menniük. A Sangerben minden pénteken megy egy köremail cikkekről, ami érdekelheti az itt dolgozókat. Külön ki szokták emelni, ha az eredmények itt születtek és egyszerű tematikába rendezik azokat. Van egy "egyéb" szekció, ahol…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

Ez már nekem sok

2015.11.05. 00:14 Travis.CG

Egyes biológusoknak nehezen megy a statisztika, mint tudományos módszer elfogadása. Már volt pár hiábavaló harcom ezen a fronton, pedig ha jól belegondolok, nem is értek hozzá. Amit tudok, az néhány recept, és tudom, mikor kell használni őket. Azt, hogy miért akkor kell használni,…

5 komment

Címkék: filozofálás bioinformatika

Mennyit ér a munkánk?

2015.07.29. 14:37 Travis.CG

Habár, mi emberek szeretjük hangoztatni, hogy van, amit nem lehet pénzben kifejezni, a gyakorlat azt mutatja, hogy a pénz igenis fontos mértéke ezeknek a dolgoknak. Vegyük például a szeretetet. Nem tudjuk megmondani, mennyibe kerül egy édesanya szeretete, de ha karácsonyra nem kap elég…

Szólj hozzá!

Címkék: életmód filozofálás

Bioinformatika vs Demoscene

2015.01.04. 23:19 Travis.CG

A munkám és a hobbim látszólag nagyon különböző entitások, de minél többet foglalkozom velük, annál több hasonlóságot fedezek fel közöttük. Erről a nemrég lezajlott Magyar Bioinformatikai Társaság közgyűlése győzött meg végérvényesen. Igaz, a Magyar Demoscene…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

Az eredmény, ami látszik

2014.09.14. 22:33 Travis.CG

Nemrég statisztikai számításokkal kellett kisegítenem egy projektet. A probléma az volt, hogy aki eredetileg végezte a számításokat egy warez SPSS-el, elment babázni, a cikk bírálói viszont további összehasonlításokat szerettek volna látni. Így kerültem én a képbe. SPSS-el…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

Kincsek a levélszemét mélyéről

2014.08.14. 09:55 Travis.CG

Call for paper. Open Journal. Ezekkel a szavakkal kezdődik minden levélszemét a munkahelyi levelezésemben. Sehol egy viagra, sem dús gazdag afrikai diktátorok, akik az én segítségemmel akarják vagyonukat kimenteni háború súlytotta országukból. Tudományos körökben nyílt titoknak…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

Modell függő valóság és a bioinformatika

2014.07.29. 23:35 Travis.CG

Nekünk embereknek elég korlátolt érzékszerveink vannak. Amennyiben olyan jelenségeket tanulmányozunk, amihez érzékszerveink kevésnek bizonyulnak, különböző eljárásokkal érzékelhetővé tesszük azt. Ez viszont együtt jár azzal, hogy az alkalmazott eljárások torzító hatását…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

Generációs szakadék

2014.06.01. 22:20 Travis.CG

A kutatók mindent megtesznek, hogy új ismeretekre tegyenek szert, folyamatosan az emberi tudás határait feszegetik és előremutató gondolatok birtokosai. Legalábbis ez a közvélekedés. Talán igazak is ezek a megállapítások, de mindenképp hozzá kell tenni, hogy csak a saját kutatási…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

A Túlélő

2014.04.29. 22:51 Travis.CG

Ha megnézzük a retro számítógépek kedvelőit, akkor azt látjuk, hogy zömében nem mai fiatalok. A másik, ami feltűnhet, hogy már régóta ismerik egymást. Ennek ellenére vannak elszórt diaszpórák, ahol szinték imádják a régi vasakat, de mégsem tudnak más retro fanatikusokról.…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás c64

A visszautasítható ajánlat

2014.03.10. 00:05 Travis.CG

Rájöttem, hogy rasszista vagyok. Előítélettel viseltetek a marketingesekkel (és salesesekkel) szemben. Kaptam ugyanis egy felkérést, hogy készítsek weboldalt egy cégnek. Meg akarták mutatni, hogy mennyire értik a fejlesztés csinját-binját, ezért még specifikációt is mellékeltek,…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

A legborzasztóbb Excel táblázatok

2013.12.27. 10:53 Travis.CG

Van egy szélmalom harcom. Ez pedig az Excel kiűzése az életemből. De ez a program, olyan, mint egy zombi horda. Már azt hiszed, hogy biztonságban vagy tőlük, de kiderül, hogy a környezetedben valakit már megharaptak és csak idő kérdése, mikor alakul át. Ebben a posztban…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

A nagy művész és a DNS

2013.05.09. 22:31 Travis.CG

Startup cégeknél, mikor befektetőkre vadásznak, előfordul, hogy nagyobbat mondanak az emberek, mint amit kellene. Ez egyeseknek be is jön. De a művész világról nem gondoltam volna, hogy ilyen kicsinyes módszereket használna. (Bár, mint látni fogjuk, a művész megnevezése nem is…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

A leghosszabb szkript-név kerestetik

2013.04.30. 22:26 Travis.CG

A minap ismét a Trinityvel dolgoztam, és egy olyan szkriptnevet kellett beírnom, aminek a neve 54 karakterből állt. Rövid keresgélés után kiderült, hogy ez még nem is a csúcstartó. A gmap_gff3_to_percent_length_stats.count_mapped_transcripts.pl (61 karakter) volt a leghosszabb. Ha…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

Statisztika, az ördög műve

2012.10.06. 21:38 Travis.CG

Röviden prezentálom a HIV fertőzés emberekre gyakorolt hatását: Íme egy ember, aki HIV pozitív volt: Íme egy ember, aki nem volt HIV pozitív: Vannak, akik megfertőződnek, de nem alakul ki náluk a tünetegyüttes, és vannak olyanok, akiknél igen. Ennyi a beszámoló. Az olvasó,…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

Az ember, aki mindenhez ért

2012.09.12. 22:42 Travis.CG

Egyik nap elkövettem azt a hibát, hogy céges emblémával ellátott pólóban mentem dolgozni. A tömegközlekedésen megkérdezte tőlem egy úr, hogy tényleg ott dolgozok-e, amiből rögtön egy bioinformatikával összefüggő beszélgetés alakult ki. Az úr elmondta, hogy annak idején ő…

Szólj hozzá!

Címkék: életmód filozofálás

Az igazi tudomány

2012.07.25. 16:08 Travis.CG

Be kell vallanom, elfogult vagyok. Elfogult vagyok a tudománnyal szemben. Ha meg akarják sérteni, akkor igyekszem a védelmére kelni. Komolyan gondolom, hogy a megismerés jelenleg legjobb módja a tudományos gondolkodás. Ennek egyik pillére a megismételhetőség. A megismételhetőség egy…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika