Az élet kódjai

A legtöbb cikkes bejegyzésembe igyekszem valami mély tanúságot megfogni. De miután sikerült automatizálni a TruSight Oncology 500 Local App futtatását, sikerült automatizálni a szerzők közé jutásomat is. Így született meg a legújabb cikkem is. A szerencsejátékosok tudják, és most már én is tudom: a…

Legújabb publikációnk elég érdekes volt. Vaddisznó béltraktusában kutakodtunk baktériumok után. Az én feladatom a 13 baktérium genom összerakása volt. Csak Illumina szekvenciák voltak, tehát semmi eget rengető módszert nem kellett használni. A legrosszabb összerakás is 60 kontig volt, de nem is volt…

Már annyi különböző melót csináltam, hogy erről a cikkről teljesen megfeledkeztem. Őszintén szólva, nem is tudom, pontosan mit csináltam. Csak jöttek egymás után a kérések, hogy keressünk mutációt itt, fúziós fehérjéket ott, annotációt amott. Összefolynak a feladatok, határidők. Úgy tűnik, ezzel…

Régen a moziplakátokon voltak egymondatos szövegek, hogy az emberek az alapján is tudjanak dönteni, hogy megnéznek-e egy filmet. Manapság erre már nincs szükség, mert mire megjelenik a film, már annyi információt csöpögtetnek el, hogy egyetlen mondat a plakáton nem fogja befolyásolni a nézőt. Az…

A Jurassic Park egyik üzenete, hogy az életet nem lehet bezárni, nem tudjuk irányítani. De ha Szent-Györgyi Albert gondolatait is belekeverjük, akkor mondhatjuk azt, hogy az élő állapotú anyag nem ül meg a fenekén. Banális dolog, de a biológusok könnyen megfeledkeznek erről, hiszen nap. mint nap…

Még esett az eső, mikor megérkeztem az irodába. A nyomozó hellyel kínált, töltött egy whiskeyt először magának, aztán nekem. Ő maga rá is gyújtott. A füstfelhő mögül hosszan fürkészett, majd rám mordult. - Meséljen az ügyről. Igen, az ügy. Mintha csak tegnap lett volna. Magánnyomozóként…

Ide első publikációm két élesztő hibridről szólt. Az egész úgy kezdődött, hogy elhívtak egy megbeszélésre, ahol arról megtudtam, hogy izoláltak két Saccharomyces törzset, amelyek az elsődleges vizsgálatok alapján hibrideknek tűntek. A feladat a szülő fajok azonosítása lett volna. A témát két…

Számtalan felesleges szokásaimnak egyike, hogy a programokat, amelyeket használok, letöltöm, majd archiválom. Évekkel később meg nézem a felhalmozódott adathordozókat, amelyek csak foglalják a helyet, de igazán ritkán nézem meg a tartalmukat. Lehet, hogy az írható CD-k már rég olvashatatlanok? Ki…

A legújabb publikációm egy olyan kollaborációból született, amiben a Linkedin-en kerestek meg, még 2018-ban. Általában csak HR-esek akarnak kapcsolatba lépni velem, ezért is lepődtem meg, hogy valódi kutatók vannak a vonal másik végén. Kíváncsi voltam, ezért igent mondtam. A csoportot épp akkor…

Bevallom, már nem is emlékeztem, mit csináltam ebben a cikkben. Teljesen kiesett. A projekt még 2016-ban kezdődött, amikor végeztünk a mangalica cikkel, és jelentős adatunk volt különböző sertés szekvenciákból. Belekezdtünk különféle markerek keresésébe, amelyek némelyike politikai döntés miatt…

Egyik demópartin, mikor megkérdeztem valakit, hogy miért nem csinált produkciót, a következő válaszolta: - Most real-ben nyomtam, nem volt időm molyolni. A beszélgetés alakulása közben vált világossá számomra, hogy a mindennapi élet viszontagságai a "real", és nem az észlelt valóság. Egy…

A következő beszélgetés foszlányaiban több, különböző megbeszélésen hangzott el életem során: - Ebben a publikációban nincs hipotézis. - Mert ez egy leíró jellegű cikk. - Ebben a publikációban random módszerek vannak egymás után. - Mert ez egy leíró jellegű cikk. - Ebből a publikációból semmi…

Vannak olyan projektek, amelyeket nem lehet elengedni. Az ember megpróbál kimászni belőle, de úton-útfélen beleakad, nem engedi, ráragaszkodik, mint egy olvadt rágógumi. Ez a publikáció pontosan ilyen. Még 2012 táján találkoztam először vele, ahol is egy lelkes, akkor még PhD hallgató chip-seq…

Szakdolgozóimtól meg szoktam kérdezni, miért akarnak bioinformatikával foglalkozni. Legtöbbjüknek nincs előzetes tapasztalata a témában, ezért színtiszta prekoncepció, amit mondanak. Legtöbbször az hallom, hogy "ez fontos", "nagy szükség van rá", stb. Ez egy baromság. Ha csak emiatt akar valaki…

Remélem nem unjátok öntömjénező bejegyzéseimet, mert én nem. A következő poszt olvasásához a következő zenét ajánlom: Eredetileg a fenti címmel akartam egy levelet küldeni a volt főnökömnek legújabb cikkemről. Történt annak idején, hogy sokadszorra kifogásoltam, miért nem DESeq2-t használunk…

Ismét hosszú várakozás előzte meg ennek a cikknek a megjelenését. Az egész úgy kezdődött, hogy még a Sangerben megkértek, hogy egy PhD hallgatónak segítsek az RNA-seq feldolgozásban. Természetesen a csoportomnak nyújtott támogatás mellett, amolyan extra munkaként. Mivel volt még szabad kapacitásom,…

Sokan bírálják a tudományos életet, hogy mennyire hatalmi elvű, mert minden a csoport vezetőknek van alárendelve. (A csoport vezetők meg a különböző bizottságoknak, akik a pénzt osztják a kutatásra.) De ennek van egy kevésbé értékelt pozitív hozadéka is, az alázat. Alázat alatt nem a minden ok…

Egy újabb régi munkára került fel a pont. Megjelent a második genom szekvenálásból származó cikkem. A szarvassal már régóta foglalkoztak az intézetben. Mikor PhD hallgató voltam, már akkor is rengeteg előadást hallottam a vele folytatott munkákról. Ha jól emlékszem, 2014 körül jött el az idő, hogy…

Ha ez volt a nehéz szülés, akkor a mostani a farfekvéses ikrek voltak. Ha létezik elátkozott projekt, akkor ez az volt. Természetesen ez a projekt is úgy indult, hogy "nagyon gyorsan kell az eredmény, mert a kínaiak megelőznek minket". Ha jól emlékszem, 2014 tavaszán kerestek meg minket. Kis RNS-t…

Emlékszem, mikor először tanítottak nekem bioinformatikát, a feldolgozandó szekvenciák mérete kisebb volt, mint egy Wordben megírt kérvény. Akkoriban még olyan programok is voltak (igaz, egyre csökkenő relevanciával), amelyek a szekvenciák szerkesztését próbálták meg segíteni. Igen, egy…

Szabály: Soha ne nézd meg volt kollégáid publikációit, ha nem akarsz csalódni. Az egészről az MTMT adatbázis tehet, ami annyira szerencsétlen, hogy egy külön posztot érdemelne. Az történt ugyanis, hogy fel akartam vinni egy publikációt, de mivel cím alapján nem tudtam rákeresni, egy szerzőtársam…

A kutatói munka nem olyasmi, mint a versenysport vagy a katonai szolgálat, ahol folyamatosan plecsnikkel adják az ember tudtára, hogy jó munkát végzett. Ez nem jelenti azt, hogy ne lenne szükség visszajelzésre. Van is visszajelzés. Minden publikáció egyfajta elismerés, hiszen más kutatók átnézik a…

Kijött az idei első cikk! Az elemzés egyik lépéséről már készült egy korábbi poszt. A vizsgált régióra még a tesztelésre megkapott egyik MinION-t is ráengedtük, de nem volt elég nagy a lefedettség, hogy bármi érdemi eredményt kapjunk. Amilyen gyors volt a bioinformatikai elemzés, a kísérletes…

Vége a hosszú, fáradságos munkának. Kész a kézirat is. A munkatársak, akik eddig együtt, vállvetve kutatták az ismeretlent, hirtelen ellenségekké vállnak és megkezdődik a harc, hogy milyen sorrendben legyenek a szerzők nevei feltűntetve. De előtte még felmerül a kérdés: egyáltalán kit vegyünk…

Miután kiderült, hogy némi R szkripteléssel klikkelések ezreit tudom megspórolni, újabb búzás megbizatást kaptam. Maga a számítás nem volt bonyolult, hamar megvoltam vele. Utána viszont hosszú ideig nem történt semmi olyan, amihez a segítségem kellett volna. A publikálás itt is nehezen ment. Talán…