HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Bioscope

2010.11.03. 10:38 Travis.CG

Kicsit megtévesztő a cím, mert a bioscope-ban található programok olyan verziójáról lesz benne szó, amit kiadtak GNU liszensz alatt. Már ez a kijelentés is sántít, mert a programok letöltéséhez regisztrálni kell, ami után megkapjuk a jogot, hogy letöltsük az ingyenes programokat. Stallman biztosan hőzöngene miatta.

Tehát a vizsgált programok a diBayes, a MaToGff és a mapreads. A mapreads az új generációs szekvenálások eredményét képes referencia genomhoz illeszteni. A diBayes ebből keresi meg az SNP-ket. Mivel a két program be- illetve kimeneti valami ok folytán nem kompatíbilis, ezért a MaToGff konvertáló segítségével fogom áthidalni ezt a problémát.

Először is meg kell jegyeznem, hogy jelenlegi formájában egyik program sem használható. A diBayes és a mapreads kódja hiányzó fejléc állományok miatt panaszkodik, a MaToGff indító szkriptjei rossz parancsértelmezőt akarnak betölteni. Nem komoly egyik sem, fél óra alatt sikeresen működésre bírtam őket, mert mint ahogy a jelmondatom is hírdeti: "Senki nem csinálja meg helyetted". Aki viszont nincs megáldva programozói vénával, inkább neki se álljon.

A mapreads kimenete inkább egy szűrőnek tekinthető, mint valódi térképező programnak. Gyakorlatilag leválogatja azokat a readeket, melyek megtalálhatóak a referencia szekvencián. Valami hozzávetőleges pozíciót is ad hozzá. Ha fel akarjuk használni ezeket az eredményeket, akkor a MaToGff segítségével át kell alakítanunk a formátumát. A keletkezett GFF validálását nem végeztem el, mert úgyis adtam tovább a diBayesnek, ami gond nélkül elfogadta. A diBayes elméletileg egy SAM formátumot ad eredményül, de az már ránézésre sem szabványos. Több kötelező mező is hiányzik belőle.

Összegzés: Ezeket a programokat senki ne használja. A SHRiMP és a Bowtie sokkal jobb eredményt ad, kevesebb járulékos munkával. Ha majd lehetőségem lesz kipróbálni a Bioscope-ot, akkor arról is írok. Ezekkel viszont semmit nem lehet kezdeni.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr552419131

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.