HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

EnsEMBL weboldal telepítés

2010.11.19. 13:19 Travis.CG

Az adatbázis telepítése viszonylag egyszerű volt, ráadásul a rutin is segített. Most viszont egy új kihívással állok szembe. A teljes weboldalt telepíteni akarom egy Amazonos gépre.

Mindjárt az elején közlöm, hogy a dokumentáció nem sokat ér. Sok olyan lépés van, ami vagy hibás, vagy elfelejtették leírni, ezért most röviden összegzem ezeket.

Mindjárt az elején a Perl modulok listája hiányos. Szükség van az

  • LWP::Parallel::UserAgent
  • JSON
  • GD::Text

modulokra is. Ráadásul az előbbi modulnak van egy elavult függősége, csak a tesztelés kihagyásával lehetett feltenni, ami nem egy életbiztosítás.

Az Apache telepítésről szóló rész rossz. A helyes konfigurálási opció: ./configure --enable-deflate --enable-headers --enable-expires --prefix=xxxx

A dokumentáció elfelejti, hogy miután konfiguráltuk, make és make install is kell.

Nem úgy csomagoljuk ki a mod_perl csomagot, hogy tar zxf mod_perl-2.0.3.tar.gz | tar xvf - Ennek semmi értelme.

CVS segítségével nem lehetett leszedni a BioPerl-t, de ezt korábban már telepítettem, ezért nem foglalkoztam vele.

Az Apache és a mod_perl installálását nem bízhatjuk sajnos az apt-get-re Ubuntu alatt, mert olyan beállításokat tartalmaznak, amely miatt az ensEMBL nem fog elindulni. Bizony célszerű kézzel lefordítani. Persze, aki ezt meg tudta oldani, az kommentben nyugodtan leírhatja, hogyan kell.

A sors fintora, hogy miközben eddig eljutottam, észrevettem, hogy nem kapcsolódik a weboldal az adatbázishoz. Az ok egyszerű. Megjelent az legújabb adatbázis, és nekem eggyel régebbi verzióm volt, miközben a weboldal pedig a legújabb. De ez már csak egy ilyen munka.

Frissítés: Közben ráakadtam a neten erre a cikkre. Úgy látszik másoknak is meggyűlt a baja az ensEMBL-el.

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr532459240

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.