HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Bioscope 1.3

2011.03.19. 15:05 Travis.CG

A "nyílt forráskódú" bioscope verzió után megnéztem a kereskedelmi verziót is. Ezt elsősorban elosztott rendszereken lehet használni, webes felületen. Van lehetőség parancssoros futtatásra is, ami némiképp idegen lehet attól, aki rendszeresen futtat GNU/Linux alól parancssoros programokat.

A program nagy előnye, hogy szemben más alkalmazásokkal, itt az egyes programokat "összefűzhetjük" és kötegelt elemzéseket csinálhatunk anélkül, hogy összetett paranscsori szkripteket írnánk és a különböző formátumok között konvertálnánk. A webes környezet használatára nem térek ki, mert az amolyan klikkelj és futtass filozófiát követ.

Parancssorban teljesen más a helyzet. A rendszer rendelkezésünre bocsát egy demos könyvtárat, amiben az összes műveleti lépés készen várja, hogy elindítsuk. Az egyes paramétereket .ini fájlokon keresztül lehet beállítani, mint Windows 3.1 alatt. Igyekeztek mindent úgy elkészíteni, hogy a lehető legkevesebb erőforrás segítségével lehessen használni a programot. Az ini fájlok testreszabása után csak egy ./run.sh parancsot kell kiadni és az elemzés elindul.

Sajnos pont ezzel sikerült megfosztani a felhasználót a folyamatok összefűzésének lehetőségétől. Nagyon elszánt felhasználók talán átnézhetnék a run.sh parancsfájlt, aminek felépítéséről nincs semmi sem a dokumentációban. Sajnos nem volt annyi időm, hogy ezt megtegyem, ezért én úgy fűztem össze a programokat, hogy egy .ini állomány másoló programot készítettem. Nem a legjobb választás, de célnak megfelelt.

A Bioscope programjait továbbra is gyengének találom. Ezt valószínűleg a készítők is érezhetik, mivel például a readek referenciára illesztésére inkább a BFast-ot ajánlják, mint saját fejlesztésű programjukat.

Az egyetlen előnye a Bioscope-nak, hogy elfedi a felhasználó elöl az elosztott gépek indításával és leállításával, az adatok mozgatásával járó bonyodalmakat.  A végpontokról gyakorlatilag semmilyen információt nem kellett tudnom, mikor futtattam a programokat. Ez mindenképp pozitívum. Sajnos a telepítés nehézségeiről nincsenek információim, tehát nem tudom, hogy mennyivel nehezebb, mint ha valaki Condort, Oracle Grid Engine-t vagy Hadoopot használna.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr762753057

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.