HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Bioscope folyamatok futtatása

2011.04.19. 15:52 Travis.CG

Korábban azt írtam, hogy csak egy bonyolult script segítségével tudtam több folyamatot egymás után futtatni. Ez a script folyamatosan cserélgette az .ini fájlokat.

Szerencsére van más módszer is, amivel parancssorban egy folyamatot tudunk összeállítani a Bioscope részére.

Létre kell hozni egy .plan kiterjesztésű állományt. Ez tartalmazza a folyamat egyes elemeit. Az elemek pedig a futtatni kívánt programok ini állományai. Tehát ha egy szekvenálás eredményét először illesztjük a referenciához, majd .bam állománnyá konvertáljuk, akkor a következő sorok szerepelhetnek a .plan állományban:

mapping.ini

matobam.ini

Létre kell hozni a két ini állományt, és a dokumentáció szerint kitölteni a paraméterekkel. Csakhogy, nincs lehetőség ciklusok és változók használatára. Tehát ha van nyolc szekvenálásunk, akkor nyolc ini fájlt kell létrehozni, még akkor is, ha csak egy sor eltérés van bennük.

Trükként lehet használni a global kulcsszót az ini fájlok elején. Ennek célja, hogy bizonyos változókat kiemeljen, amelyek több ini állományban is ugyan olyan értéket vesznek fel.

Amint készen van a .plan fájlunk, nem kell mást tenni, mint elindítani a bioscope-t:

bioscope.sh -l logfile sajat.plan

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr612839871

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.