HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

BFast futtatás

2011.05.04. 11:08 Travis.CG

A BFast egy rendkívül jó kis short read illesztő program. Indexeli a referencia szekvenciát, amitől sebessége elég gyors lesz. Seed technikát alkalmaz, aminek az a lényege, hogy egy 0-ból és 1-ből állo sorozattal megadhatjuk, hogy mely bázisokat hasonlítsa össze és melyeket ne. Volt néhány nem egyértelmű utalás a dokumentációban, amit szeretnék világossá tenni.

Az indexelés 1-től indul

A referencia indexelésénél több seedet is felhasználhatunk, amit indexekkel különböztetünk meg. Ez az index 1-től indul, és nem 0-tól, ahogy egy C programozó várná :-)

A readek FASTQ-ba legyenek

A program FASTQ formátumban olvassa be az adatokat. Ha nem így kapja, segmentation faulttal elszáll. Szerencsére van konvertáló program (solid2fastq), ami még azt a szívességet is megteszi nekünk, hogy szétdarabolja a readeket. Erre akkor lehet szükség, ha nincs elég memóriánk. Amennyiben nem daraboljuk szét a readeket, akkor is megadhatunk intervallumot az -s és -e kapcsolókkal.

Read méret

BFast nem ad optimális eredményt, ha a read mérete kisebb 30 bázispárnál. Ettől függetlenül használható ebben az esetben is, a szerző szerint.

Legyen nukleotid referencia is

Ha color space adatokat dologzunk is fel, a lokális illesztéshez (bfast local) szükség van a nukleotid referenciára is. Ennek segítségével kapjuk meg SAM fájlunkat nukleotidok formájában.

Figyeljünk a kimenetre

A BFast eredményül egy SAM fájlt ad. Ebben megtalálhatóak az illesztett és nem illesztett readek egyaránt. Ez okozhat problémát olyan segédprogramok esetén, mint a Picard SamSort programja, ami ezekkel a readekkel nem tud mit kezdeni, mert nincs pozíciójuk. A nem illesztett rekordokat két módszerrel is kiszűrhetjük: A második oszlop 4. bitje ha be van kapcsolva, akkor a read nem illesztett. A gyakorlatban ez azt jelenti, hogy ha 4 és 20-t találunk, akkor kiszűrhetjük. A másik, vitatható, de jóval gyorsabb módszer, ha a referencia neve helyett (3. oszlop) * karakter van, akkor nem illesztett a read.
 

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr582876609

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.