HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

MPI klaszter és kémiai informatika

2011.06.13. 08:02 Travis.CG

Mivel soha életemben nem foglalkoztam kémiai informatikával
és soha nem installáltam több processzoros gépre semmit, ezért
itt volt az ideje, hogy mind a kettőt kiadják nekem feladatnak.

Az Amazon rendszerén van lehetőség egy 16 processzoros, processzoronként
4 magos gép igénylésére. Erre kellett felvarázsolnom az ADF nevű
programot. Lehetőleg úgy, hogy azt a gépre bejelentkező potenciális
ügyfelek ne tudják ellopni.

Egyszerre csak helyzetet tudok kezelni, ezért az installálással kezdtem.
A program igényel egy MPI implementációt. Ha 64 bites Linuxra szeretné
telepíteni az ember, akkor két lehetőség közül választhat: HP-MPI, vagy
Intel-MPI. Az Intel mellett döntöttem, még akkor is, ha ezzel az Amigás
társadalom mély megvetésére számíthatok.

Az Intel-MPI telepítése nem igényel különösebb leírást, az elavult
telepítési útmutató több-kevésbé lefedi a lépéseket. Pl. Nem kell
liszensz fájl, mint ahogy írják. Az ingyenes futtató környezet
letöltése igaz, regisztrációt igényel, amit csak nagy vonakodva voltam
hajlandó elvégezni.

Az ADF telepítése, még ennél is könnyebb. Egyszerűen kicsomagolja magát
az aktuális könyvtárba, és nesze, használd. Egy liszensz fájlt kell
az ADF könyvtárába másolni, és már készen is áll a kémia titkainak
feltárására. Már ekkor sejtettem, hogy ebből gond lesz. Milyen jogosultságot
tudok adni neki, hogy elrejtsem ezt a felhasználó elől? Ha nincs
olvasási joga a liszensz fájlra, akkor nem indul a program. Ha van,
el tudja lopni. Ezt a problémát későbbre halasztottam és megnéztem, mit
tud a program.

Az ADF Fortran nyelven írt alkalmazás, ami laikusként annyit csinál, hogy
szöveg fájlokat olvas be és szöveg fájlokat ír ki. A bemeneti állományok
atomokat, távolságokat és szögeket tartalmaznak, a kimenet bő beszédű
leírásokat.

A rendszer rész még egy teljes értékű Python értelmező is, ami a körülbelül
180 MB-os programból 120MB-ot foglal el, valamint egy Tcl/Tk is helyet kapott.

A teszt adatok között keresgélve találtam egy érdekeset. Azt elindítottam,
az eredményt összehasonlítottam a példa eredménnyel. Nagyjából megegyezett,
ezért úgy gondoltam, készen is vagyok.

A láthatóság problémáját sodu-val oldottuk meg. Így minden egyes parancsot
sudo-val lesz kénytelen futtatni a felhasználó, de cserébe nem látja még
a könyvtár szerkezetet sem. Hátránya, hogy az eredmény fájlok más
felhasználó alatt (soduer) jelennek meg. Ez még további finomítást igényel.

A gondok itt nem értek véget. Kaptam egy másik teszt adatot, amivel szintén
ki kellett próbálni az ADF-t. Indítás után rögtön azt kaptam a képembe, hogy
nincs host. Hűha! Eddig nem kellett. Gyorsan megnéztem a régi teszt adatokat.
Bizony ott is kellett, csak valami csoda folytán túlélte a program és lefutott,
de most nem. Rövid keresgélés után kiderült, hogy kell egy mpd.hosts fájl.
Rendben, hozzuk létre. De hova? Betettem az /etc-be, a telepítés helyére, de
egyik sem tetszett neki. Végső elkeseredésemben a munkakönyvtárba helyeztem.
Az tetszett neki. Később kiderült, hogy a dokumentáció (nem a getting started,
mert az túl nyilvánvaló lett volna) egy helyen leírta, hogy az mpd.hosts
bizony csak az aktuális munkakönyvtárban helyezhető el. Érdekes! Miért
nem jó az /etc vagy a felhasználó könyvtára?

A következő probléma, hogy nem volt hajlandó egy hoston futni. Tizenhat
processzor van a gépen, de neki nem volt elég, mert csak egy hostot látott.
Beírtam neki tizenhatszor ugyan azt a hostot, de az sem segített. Végül egy trükkhöz folyamodtam.
Az Amazonon minden gépe kap egy nevet. Beírtam azt, és a localhostot. Ez
segített. Viszont nem tudott kapcsolódni saját magához.

Tehát meg kell oldanom, hogy rsh-val a számítógép önmagához kapcsolódjon.
Ez nevetséges. Kell, hogy legyen valami más megoldás. Közben kiderült, hogy
amit én a tesztek idején úgy értelmeztem, hogy lefutott, az valójában nem futott le.
Ugyan az a hibajelenség volt ott is, mint itt.

A megoldás pedig olyan egyszerű volt! Letöltöttem a HP-MPI-s verziót, és
futott minden szépen.

Szólj hozzá!

Címkék: rendszergazda cloud computing

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr872979532

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.