HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Bulvár tudomány

2011.06.18. 18:23 Travis.CG

Nem tagadom, hogy a mindennapi világ történései alól kivonom magam. Legalábbis megpróbálom. Ezért én csak utólag hallok vulkánkitörésekről, meteorokról, árvízekről, Amerikában tevékenykedő orosz kémekről vagy esetleg járványokról.

A mostani eset sem azért jutott tudomásomra, mert a napi sajtót olvasom, hanem mert egy igen érdekes jelenség tűnt fel vele kapcsolatban.

Mint az ismeretes, Németországban járvány tört ki, a fertőzést egy Escherichia coli nevű baktérium egyik törzse okozta. A kínai BGI saját állítása szerint három nap alatt megszekvenálta a baktériumot és a Twitteren keresztül azonnal szétkürtölték a világban. Annyira siettek, hogy a szekvenciát nem is a nagy genom adatbázisokba töltötték fel először, ahogy türelmes kutatókhoz illik, hanem saját FTP oldalukra.

Feltételezem nem sokat aludtak, mert mindjárt szekvencia analízisnek vetették alá a nyers szekvenciákat. Június 2-án már fel is rakták oldalukra, mit találtak. Az eredmények alapján elkezdtek kiteket gyártani, hogy megkönnyítsék a baktérium detektálását.

Június 7-én már készen volt az a PCR gyors teszt protokolja, amivel 2-3 óra alatt ki lehet mutatni, hogy a veszélyes kórokozóról van-e szó. Számítógéppel leellenőriztek 4547 törzset, ami nem nagy szám, tekintve, hogy az E. coli genomja igen kicsi, kitömörítve 5MB helyet foglal. Ha le is töltötték az összes genomot, akkor is kb. 22 GB helyet foglalt. Viszont kísérletesen 93 törzset is megnéztek. Egy kisebb PCR készülékben 25 cső fér el, a nagyobbakba, ha mikroplate-ba rakják a mintát, akkor 96. Futtatáskor egy csőbe csak reakcióelegyet is tesznek, minta nélkül, hogy megnézzék, történt-e szennyezés. Akkor is két üres hely maradna egy plate-en. Nem hiszem, hogy üresen hagyták volna. Azt tudom elképzelni, hogy azok a minták nem adtak eredményt, vagy valamit elrontott, aki összemérte az oldatokat :-) (Bár külföldi laborokban nem ritka a pipettázó robot) Természetesen az is lehet, hogy ott egyéb kontroll oldatok voltak. Akár hogy is történt, akkor is csak egy PCR-t használtak, mert azt nem tartom valószínűnek, hogy ne legyen 93-nál több E. coli mintájuk.

Visszatérve a történetünkhöz. Június 16-án elkészült a teljes összeillesztés. Itt valószínűleg már nem rohantak, mert egy baktérium genom összeszerelése nem tart 9 napig egy kellően erős számítógéppel. Itt valószínűleg a minőségre mentek rá.

Ugyanakkor létrehoztak a Githubon egy csomópontot, ahol gyorsan meg lehet osztani a további eredményeket.

 Csak, hogy érezzük, milyen gyorsan jöttek ezek az eredmények. Mikor nekem E. colit kellett szekvenálnom (2004), akkor kb. 500 bázispár távolságra "láttunk el". Ezt kb. egy hét alatt kaptuk meg a szekvenáló cégtől. Mivel spóroltunk, ezért a szekvenálási hibákat kézzel javítottuk (mert a PhD-s olcsóbb, mint újból megszekvenálni a hibás részeket). Akkor már megvolt az E. coli egyik törzsének a genomja, tehát ha az alapján tervezem meg a primereket, akkor kb. 11 ezer szekvenálásra lett volna szükség. (Ebbe nem számítottam bele a palazmidokat) Ha nem is lett volna egy hét minden egyes szekvenálás, hanem csak egy óra, akkor is egy évig kellett volna dolgoznunk rajta.

Egyes hírek azt sugallják, hogy ezt csak a kínaiak tudják megtenni, mert ők sokan vannak, jól felszereltek és nagyon akarnak, de nem erről van szó. A felszerelésük tényleg jó és minden bizonnyal nagyon akartak, de a nagy ember mennyiségről nem vagyok meggyőződve. A szekvenáláshoz használt Ion Torrent készüléket egyetlen embernek kell kezelni. A PCR szintén egy emberes készülék. A de novo szekvencia összeépítést leszámítva az összes bioinformatikai munkát el lehet végezni egy közepes PC-n. Ehhez is csak egy ember kell. De ha az Amazonon bérelnek egy sok memóriás gépet, akkor egy laptop is elég a munkához.

Nyilván azért is siettek, mert sok beteg emberről van szó, de észrevehetjük, hogy nem a szokványos tudományos publikálást választották. Ha Nature cikket írtak volna (mint ahogy egészen biztos vagyok benne, hogy fognak), annak a megjelenése több hónap is lehet. Annyi idő elteltével nem lenne a gyorsaságuknak hírértéke. Gyorsan lecsaptak egy aktuális eseményre és nagyon ügyesen meglovagolták a sikert. Hiszen az már egyik hírcsatorna sem említi, hogy miután kihozták a szekvenciákat június 2-án, azóta párszor még frissítették azokat. A gyorsaság miatt még arra sem jutott idejük, hogy a honlapjukon a legalapvetőbb szóelválasztási hibákat kijavítsák.

Tehát egyfelől ott a tény, hogy gyorsan el kell juttatni az információkat azokhoz, akik dolgozni tudnak vele (az első eredmények megmutatták, hogy felesleges bizonyos antibiotikumok alkalmazása, a kórokozóban található rezisztencia gének jelenléte miatt), valamint jelezni kell, a többi kutatólaboratóriumnak, hogy mi már itt tartunk, ti ne ezzel foglalkozzatok. Másfelől egy Github miként tudja garantálni, hogy BGI csomópontjához csatlakozók mindegyike szakember-e?

Én személy szerint örülök, hogy egy okostelefon segítségével a Twitteren keresztül bárhol értesülhetek egy tudományos eredmény születéséről. Azt is szeretem, hogy bár nem vagyok az akadémiai szféra tagja, mégis közel mehetek az eredményekhez, mintha csak egy látogatóknak felállított üvegfalon keresztül nézném a laboratóriumban dolgozókat. De azon is elgondolkodom, hogy hol jobb kutatni? Egy vásártér kellős közepén, ahol a kofa hangosan ecseteli, hogy mit pipettázik a kutató, vagy egy laboratórium magányában? Ezzel a nagy nyíltsággal nem vesztünk-e el valamit?

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr952995617

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.