HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

ISMB-ECCB 1. rész

2011.07.17. 20:22 Travis.CG

A mai poszt egy bécsi bioinformatikai konferenciáról érkezik. A cég, ahol dolgozom kiállít és előadást tart, én személy szerint poszterrel is jelen vagyok. A bécsi konferencia központban van a rendezvény, ami egy hatalmas épület, felszerelve minden technikával, amivel egy konferenciaközpont fel lehet szerelve. A legutóbbi konferencia óta, ahol voltam, sok minden változott. Régen még a regisztrált tagok tollat és jegyzetfüzetet kaptak. Ma már kevésbé trendi bioinformatikusok laptoppal, a trendik tablettel rohangálnak és jegyzik fel az előadáson elhangzott értékes mondatokat.

Apropó előadások. Sajnos csak kiállítói regisztrációm volt, ami nem tette lehetővé, hogy az előadásokat is megtekintsem, legalábbis elméletileg. Gyakorlatilag a kártyámat megfordítottam, hogy ne lássák rajta a nagy vörös betűkkel kiírt "Exhibitor only" feliratot, szépen mosolyogtam az ajtóknál álló emberekre és máris bent voltam.

A következő előadásokat tekintettem meg:

Andre Altman: vipR: Variant identification in pooled DNA using R


Az előadás lényege az volt, hogy a vizsgálatok során, ahelyett, hogy egyenként klón könyvtárakat készítenének a vizsgálat populációkból, ami idő és erőforrás igényes feladat, a mintákat összekeverik, és a kevert mintából készítenek könyvtárat. Elvesztik az egyéni különbségeket, de cserébe a genetikai variációk jobban csoportosíthatóak. Az előadó azt a példát hozta, hogy egy fehérje diszfunkciójához különböző mutációk vezethetnek, amelyek nem feltétlenül egy helyen alakulnak ki. Az előadás többi része arról szólt, hogy az ő megoldásuk természetesen a legjobb, leggyorsabb.

Samuel Flores: A structural and dynamical model of human telomerase


Bevallom, ebből az előadásból nem értettem semmit. Először azt hittem rossz helyen vagyok, mert az előadó az RNS másodlagos szerkezetéről beszélt, majd a fehérjék szerkezetéről. Az előadás egy hatalmas termet kapott, amit nem sikerült halgatósággal megtölteni, akik végigszenvedték, azok kérdés nélkül távoztak. Lehet, hogy nem voltam egyedül az értetlenségemmel?

Benoit Ballester: Five vertebrate ChIP-seq reveals the evolutionary dynamics of transcription factor binding


Szerintem a legjobb előadás volt ezen a napon, az általam látottakból. Öt gerinces faj kromatin immunpercipitációs vizsgálatával figyeltek konzerválódott transzkripciós faktor kötőhelyeket. Megállapították, hogy milyen mutációk vezettek ahhoz, hogy a transzkripciós faktor egyes fajokban működésképtelen legyen. Figyelték azt is, hogyan változnak bizonyos transzkripciós faktorok más fajokban. Eredményeik még publikálatlanok, de biztosan érdekes cikk fog születni belőle.

Attila Bérces: Cloud computing for computational biology


Magyar előadó is volt, már csak ezért is meg kellett nézni. Arról szólt, hogy nincs mese, a felhő jelenti a megoldást a bioinformatika minden problémájára, mert olcsó, nagyobb teljesítményű. Bármikor leakaszthatunk egy 64GB RAM-al ellátott virtuális gépet, ha szükségünk van rá. Egy hallgató megjegyezte, hogy neki páciensek adataival kell dolgozni, a felhő alapú megoldások milyen biztonságot garantálnak neki? A válasz az volt, hogy még semmilyet.

Attila Bérces: Accurate genome variant detection


A második előadást is meghallgattam. Egy olyan programot mutatottak be, ami mindennél jobban illeszti az újgenerációs szekvenciákat referencia genomhoz. Eddig SOLID platformhoz volt használható, de már készül az Illumina platformhoz szánt változat is. Szokásos táblázatok, hogy ez a jó, minden más semmit sem ér.

George Vacek: Efficient graph based assembly of short-read sequences on a hybrid core architecture


Az előadás a felhő alapú szolgáltatásokkal ellentétben a brutális gépi megoldást preferálja. Egy FPGA foglalatos gépről van szó, ami egyesíti egy PC hatalmas memóriáját és egy FPGA sokmagos gyorsaságát. A cég elsősorban ezen gépek értékesítésével foglalkozik, a szekvenciák összeszerelésére Velvetet használnak, amit kiegészítettek egy saját programmal, hogy a Velvet memória éhségét csökkentsék. Implementálnak más algoritmusokat is eme szörnyeteg alá.

Paul Medvedev: Error correction of high-throughput sequencing datasets with non-uniform coverage


Nagyon sokan nézték ezt az előadást. A teremben az állóhelyek is elfogytak. Egy élelmes kutató kinyitotta a szomszédos termet, majd vigyorogva leült, de mikor az ajtót is elállták előle, biztos arcára fagyott a mosoly. Az előadás lényege, hogy a readeket a fedettség függvényében csoportokba rendezik és nézik, hogy az egy csoportba tartozó readek milyen eltéréseket mutatnak és ezeket a többi read (és nem a referencia alapján) korrigálják. Az számomra továbbra sem tiszta, hogy a heterozigóta SNP-ket hogyan nem javítják ki.

Egyéb látnivalók


A regisztrációs kártya nyakba akasztható volt. Az egyéb információkat (valaki előadást tart, csak egy napra váltott jegyet) kis matricákkal oldották meg, amelyek lelógnak a kártya alatt. Erre egy lapáttal rátett az egyik kiállító is, aki pont ilyen matricákat osztogat azoknak, akik náluk publikálták egy cikküket. El lehet képzelni, hogy milyen hosszú élettörténetet viselhetnek egyesek a nyakukban.

Egy kisebb kiállítás is volt, ahol biológiával kapcsolatos művészi alkotásokat lehetett megtekinteni. Az egyik festményen fehérje térszerkezetek körvonalai voltak kiegészítve arra, amire leginkább hasonlítottak. Volt egy BioBlender nevű programmal készített ioncsatorna és sugárkövetéssel előállított fehérje másodlagos szerkezet.

Közben a cég kiállított standján is beszéltem az emberekkel. A nyomulós, mi vagyunk a legjobbak szöveg helyett inkább azt próbáltam mondani, hogy van akadémiai liszensz, a termékünk kipróbálható. Ezzel az emberek saját maguk eldönthetik, hogy a programunk jó-e vagy nem.

Holnap lesz a második nap, és újabb bejegyzés.

 

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr193075186

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.