HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Emboss: Szekvencia illesztések

2012.01.16. 15:49 Travis.CG

Korábban megismerkedtünk azokkal az Emboss programokkal, melyek a szekvencia kezelésében segítettek nekünk. Most azt tudjuk meg, mit tehetünk, ha két szekvenciával kell dolgoznunk.

Először is készítsünk teszt adatokat a munkánkhoz a makenucseq paranccsal. Hozzunk létre egyetlen 10 ezer nukleotid hosszúságú szekvenciát. Ha elkészült, adjunk hozzá mutációkat az msbar programmal, és mentsük egy másik állományba.

>makenucseq -amount 1 -length 10000 -outseq test.fasta -auto
>msbar test.fasta -count 40 -point 1 -block 1 -codon 0 -outseq test2.fasta
Van két szekvenciánk, melyek 40 ponton eltérnek. Az első program, amivel megismerkedünk, a needle. A  neve a Needleman-Wunsch algoritmusból származik, tehát ez egy globális illesztőprogram. Hosszú szekvenciáknál, mint amilyen az általunk készített is, nem alkalmazható, mert az illesztéshez felhasznált mátrix nem valószínű, hogy elfér a memóriában. Ezért csak az első 300 bázispáron fogjuk tesztelni.

>needle test.fasta test2.fasta -sbegin1 0 -send1 300 -sbegin2 0 -send2 300 -outfile global.needle -autoA kimenet mutatja a két szekvenciát, amelyet illesztettünk és pipe karakterrel jelzi a tökéletes egyezést.

Ha hosszabb szekvenciákat akarunk illeszteni, akkor a stretcher programhoz fordulhatunk. Ez egy Myers-Miller algoritmust használ, hogy megtalálja nekünk az optimális globális illesztést, miközben a memóriaigénye alacsonyabb, mint a needle-nek.

Lokális illesztéshez is több programot kapunk. A water a klasszikus Smith-Waterman algoritmus megvalósítása, hosszabb szekvenciákhoz ezért nem érdemes használni. Ha mégis nagyratörő terveink vannak. akkor a supermatcherhez fordulhatunk. A paraméterezésük nem tér el lényegesen, ezért csak egy összesítő példa álljon itt a programok használatáról.

>water test.fasta test2.fasta -sbegin1 0 -send1 300 -sbegin2 0 -send2 300 -outfile local.water -auto
>supermatcher test.fasta test2.fasta -outfile local.sm -auto
Ha megnézzük a két eredményt, láthatjuk, hogy a supermatcher bár gyors, rosszabb eredményt ad az első 300 bázispáron, mint a water.

Az Emboss nem tartalmaz programokat olyan problémákra, melyekre már létezik megoldás. Például nincs benne Blast konkures, sem a ClustalW babérjaira törő program. De vannak olyan eszközök, melyek jól kiegészítik ezeket a programokat. Az emma például egy ClustalW-t futtató program. De említhetném például a cons alkalmazást is, ami többszörös illesztésből készít konszenzus szekvenciát. (Ezt egy 23Mb-os SAM állományon próbáltam ki, de fél óra alatt sem futott le.)

Amit viszont feltétlenül érdemes megemlíteni az illesztőprogramok kapcsán, az az illesztés kimeneti formátuma. Valamennyi bemutatott alkalmazás eredményét az -aformat3 kapcsolóval formázhatjuk.

pair/srspair:
atggatatgtggtccggg
||||||||||||||||||
atggatatgtggtccggg

markx0:
tttgcag-acaaccccg
::::::: :::::::::
tttgcagaacaaccccg

markx1:
tttgcag-acaaccccg

tttgcagaacaaccccg

markx2:
gcctttga-----tctc
........TACAT....

Megpróbáltam érzékeltetni, hogy mi vár ránk, ha különböző formátumokat használunk. A blogmotor formázása viszont kifogott rajtam. A markx3 és markx10 formátumok mindkét szekvenciát külön tartalmazzák.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr153555626

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.