HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Heng Li az idei Benjamin Franklin díjas

2012.04.17. 14:20 Travis.CG

Az idei Benjamin Franklin díjas Heng Li. Röviden tekintsük át, miért is érdemelte meg ezt a díjat.

Az újgenerációs szekvenáló gépek kimenetét a legtöbb esetben egy referencia genomhoz kell illeszteni. Az illesztés kimenete egy SAM vagy BAM fájl. Amennyiben ezeket a fájlokat fel akarjuk dolgozni, az első program, ami kezünk ügyébe kerül, a Samtools. A programcsomag fejlesztése a nevéhez kapcsolódik. A Samtools jelentőségét mi sem mutatja jobban, hogy a Torrent Suite 1.5 részét képező SNP detektáló algoritmus ezen alapul.

A másik híres alkalmazása a BWA, egy rendkívül jól megírt illesztőprogram. A BWA-val sokat dolgoztam, összehasonlító tesztekben ezt tekintettük alapnak, amelyhez viszonyítva igyekeztünk jobb eredményeket elérni. (Talán annyit elárulhatok, hogy elég kevés sikerrel.) A memória igénye alacsony, sebessége pedig bőven kárpótol mindenért. Összehasonlító tesztekben még nem láttam olyat, ahol lecsúszott volna a dobogóról.

Chip-Seq kísérletek kiértékelése esetén találkozhatunk a MAQ programmal. Személy eddig még nem használtam, ezért nem is szeretnék róla sok szót ejteni.

Aki ezek után azt gondolja, hogy Heng Li csupán egy ügyes programozó, téved. A rizs genom véglegesítésében is dolgozott, csak úgy, mint a selyemlepke szekvenálásában. Ha valakinek még ez sem lenne elég, a csirke variációs térképének feltérképezésében is közreműködött.

Publikációs listája itt tekinthető meg. Innen is gratulálunk neki a díjhoz.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr244456837

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.