HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • Kalle: @Travis.CG: Igazság szerint bioinformatikában nem is nagyon tudnék érvet mondani, hogy miért kéne ... (2019.06.28. 23:45) CentOS, nagyoknak
  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2

BioIT World 1. rész

2012.10.09. 21:35 Travis.CG

A vonat sebesen szeli át az országot, hogy elérjen Bécsbe, a BioIT World konferencia színhelyére. A cég, amelynek alkalmazásában állok, itt akarja népszerűsíteni legújabb termékét, nekem meg sikerült kiharcolnom, hogy eljöhessek én is. Az eljövetel egyik feltétele az volt, hogy végighallgassak egy értékesítési fejtágítót, amit egy igazi "értékesítő zseni" tartott.

A modern időknek megfelelően az előadó és a hallgatók egyike sem tartózkodott 20km-nél közelebb egymáshoz, ezért ahogy közeledett az idő, egyre biztosabb voltam benne, hogy ez valami távoktatás jellegű dolog lesz. Habár szinte mindenki, aki nálunk dolgozik, Linuxot használ, nagyjából 5 perccel az előadás előtt derült ki, hogy GotoMeetingre lesz szüksége annak, aki meg akarja hallgatni azt. Mondanom sem kell, ez az a fajta Java alapú program, ami nem támogatja a Linuxot. Negyed óra szerencsétlenkedés után Skype-ra tértünk.

Az előadás abból állt, hogy az értékesítő zseni hangja percenként elhalkult, amit rögtön a marketingesünk ordítása követett: Nem hallak, nem hallak! Talán attól félt, hogy ő is elhalkul, ezért ordított. Ennél a pontnál kikapcsoltam a mikrofonomat, hogy ne hallják a nevetésemet.

Nem előadás az előadás, ha nincs prezentáció. Ezt e-mailen kaptuk meg, hogy nézzük, miközben hallgatjuk a marketinges kétségbeesett kapcsolat-fenntartó kiáltásait. Ez egy PowerPoint fájlt volt, amit egyedül mi, Linuxosok tudtunk megnyitni. Talán nem okozok nagy meglepetést azzal, hogy elárulom, a marketingesünk Windowst futtat. Habár korlátozott képességekkel a GMail is meg tudja nyitni ezt a fajta állományt, újabb tíz perc úszott el azzal, hogy DropBoxon keresztül újra elküldték neki a fájlt, amit csodák csodája, így sem tudott megnyitni. Hiába, a fájl megyithatósága nem az elküldés módjától függ.

Ezt leszámítva elég eseménytelen volt az előadás. A legfontosabb üzenet: kérdezzünk, hagyjuk a potenciális vevőt beszélni, tudjuk meg, mire van szüksége.

Mivel ez egy tudományos konferencia is, ezért vittünk egy nagyon tudományos posztert is. A többi bioinformatikussal beszélgetve számomra kiderült, hogy ezt a posztert egyetlen tudománnyal foglalkozó ember sem látta. De látták a menedzserek, marketingesek, igazgatók, sőt ők készítették. Remélem a konferencián legalább én is megnézhetem. Holott homályosan emlékszem, hogy voltam egy megbeszélésen, ahol ezt a posztert akartuk megvitatni. De csak addig jutottunk, hogy milyen betűtípussal legyen elkészítve a táblázat. Azért a nyers adatok feldogozásában benne volt a kezem.

Azért nem lehet okom panaszra. A csapatból nekem engedték meg egyedül, hogy meghallgassam az előadásokat. Igyekszem beszámolni az új trendekről, érdekes vizsgálatokról és minden egyébről, mi valamilyen okból felkeltette az érdeklődésemet.

Ennyi bevezető után lássuk, mit is tartogatott az első nap, ami valójában a második, mert az első napon nem voltam. Az előadások két szekcióban folytak. Az első a klinikai szekció volt, míg a második az IT témájú előadásokat foglalta magába.

Az első előadás az epigenetikus biomarkerekről szólt. Az epigenom változásai a hiszton modifikáción keresztül komplex betegségeket okozhatnak. Mindezt akár egészséges genotípus mellett is. Az epigenetikus regulátorok (pl. TET2, EZH2) mutációja különböző rákos megbetegedésekhez vezetnek, de hatásuk reverzibilisen visszafordítható különböző gyógyszeres kezelésekkel. Az epigenom vizsgálata az előadás tanúsága szerint olyan metasztatikus karcinómáknál is hasznos lehet, ahol az elsődleges gócpont nem ismert. Az előadás azt is taglalta, milyen szerepe lehet az epigenomnak a személyre szabott gyógyászatban.

Az OpenBEL megoldja a szervezeteken belüli tudás megszerzését, megosztását. Az előadást nem hallottam, csak az utolsó diát láttam meg, és leírtam a címüket.

A második előadás a nagy adat kihívásáról szólt, és miként fogjuk (vagy inkább unokáink fogják) megoldani a felmerülő problémákat. Egy rendszer működésének megértése és a belőle nyerhető információk feldolgozása két különböző folyamat. Ha egy rendszer bonyolult, nem feltétlenül ismételhetőek meg a hozzá kapcsolódó kísérletek. Az agy például folyam-szerű elven működik. Ha ezt akarjuk utánozni, akkor a hagyományos Turing-elven működő számítógépek helyett valami mást kell létrehozni. Nagyjából ennél a pontnál vesztettem el a fonalat. Ezután a kvantum fizikáról, kozmológiáról folyt a szó, majd az önmagukat másoló makormolekulákat egyszerűen univerzális Xerox gépekké redukálta az előadó. Mikor az egyik dián egy Naprendszer méretű holografikus memória térképe jelent meg, ami már most is jelen van (és erre a "bizonyíték" az autizmus, az epigenetikus öröklődés és a deja vu), akkor adtam fel a reményt, hogy ebből bármi értelmes lesz. Az előadást tovább rontotta, hogy valami angol-orosz-francia keverék nyelven szólt. Még egy maradandó "tudományos" információ is elhangzott: A hosszú életű emberek ősszel születnek.

De szerencsére értelmes előadás is volt. A pool-seq módszerről is hallgattam egy előadást. Ennek a célja, hogy egy populáció DNS-t ekvimoláris mennyiségben összekeverik, majd megszekvenálják. A felgydúsuló SNP-k nem egyén, hanem populáció szinten lesznek jellemzőek. A módszer hátránya, hogy a strukturális variációk és mappelési hibák nagyban megnehezítik a kiértékelést. Az így keletkezett adatokat a PoPoolation nevű szoftverrel érdemes feldolgozni. Az is elhangzott, hogy az SNP analízis után nem érdemes GO vizsgálatot végezni, mert a GO analízis microarray módszerekre lett kihegyezve, nem SNP analízisre.

Izlandon sem ülnek a babérjaikon a bioinformatikusok. Készítettek egy olyan klinikai szekvencia elemző programot, ahol a megszekvenált egyénről megállapítja, hogy hány százalék esélye van a különböző karcinómákra. A rendszer alapja egy GOR (genomic ordered relations) nevű rendszer. Ez egy Java nyelven implementált program, ami Unix-szerű csővezetékeket utánoz, mindezt egy klaszteres környezetben, tehát a lekérdezés és elemzés szinte valós időben folyik. A deCODEhealth nevét még biztosan fogjuk hallani.

A Panasas cég is bemutatta párhuzamos adattároló eszközét. Előnye, hogy egy doobzban redundánsan ott egy csomó tárhely és a hozzá tartozó blade szerverek. Van egy objective RAID architektúrájuk, ami dinamikusan változtatja a RAID konfigurációt, attól függően, hogy mennyi és milyen típusú adatom van. Természetesen van benne SSD is, a kis adatoknak. Mindez egy saját fejlesztésű pNFS fájlrendszeren keresztül érhető el.

Megismertem a DARIO nevű programot is. Ez a nem kódoló RNS-ek (ncRNA) osztályozását végzi. Egy tanulóalgoritmusnak beadták a különböző RNS-ek mappalési mintázatát, majd a program megállapítja egy BAM fájlból, hogy milyen típusú RNS-eket sikerült megszekvenálni.

Egy olasz prof elmagyarázta, hogyan lehet a nagy adatmennyiséget tudássá váltani. Rögtön úgy kezdte, hogy nem is ért a biológiához, de ha a folyamatokat formális állapotváltozásokra írta át, akkor már mindjárt tud vele dolgozni. Szerinte a nagy adatmennyiséget nem a flopok számának növelésével kell megoldani, hanem új programozási modellek bevezetésével. Ez alatt nem új programnyelveket és új könyvtárakat ért, mert ezek nem programozási modellek. Ennek ellenére ő és munkatársai készítettek egy C++-os könyvtárat, ami jó az összes felvetett problémára. Lehet, hogy még ő sem kész új programozási modellek kifejlesztésére?

A Sztakiból is volt egy előadó. Ők egy olyan felhő alapú megoldást mutattak be, ami elrejti a különböző felhő alapú szolgáltatások közötti különbségeket, sőt egy újabb absztrakciós réteggel még a munkafolyam programozást is egyszerűsítették. Ők három féle felhasználót különböztettek meg. Vannak, akik a sci-bus rendszert fejlesztik. Ez a legalsó réteg, ők fejlesztik a kapcsolódást a különböző felhő-alapú rendszerekhez. Vannak a munkafolyamat fejlesztők, akiket nem érdekel a felhő, csak az, hogy működjön a programjuk, végül vannak a végfelhasználók, akik csak a programot akarják paraméterezni, de nem érdekli őket az infrastruktúra. A rendszerük CloudeBrokert használ, amivel megvalósítja a különböző felhő rendszerek közötti átjárást és LifeRay-t a folyamatok programozásának egyszerűsítésére.

A poszterek közül a GENALICE ragadta meg a figyelmemet. Ez egy új illesztőprogram, ami természetesen gyorsabb és érzékenyebb, mint bármi más a Földön.

A kiállításunkat elég sokan megtekintették a kávészünetekben. Este hétig fogadtuk az embereket. Mikor már elkezdtek fogyni az emberek, a céges projektoron, ahol eddig a marketing filmünk ment végtelenítve, véletlenül két CG demó is lefutott, csak a miheztartás végett.

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr674829629

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.