HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • Kalle: @Travis.CG: Igazság szerint bioinformatikában nem is nagyon tudnék érvet mondani, hogy miért kéne ... (2019.06.28. 23:45) CentOS, nagyoknak
  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2

Hogyan dolgozzunk sokat, feleslegesen

2015.01.11. 23:11 Travis.CG

Először is válasszunk egy programot, ami a cikkek és fórumok tanúsága szerint könnyedén megoldja az Ön összes problémáját. Például az EuGene-t, ami a leírasok szerint annotálja az Ön frissen összerakott genomját. Telepítse a programot, ami olyan rendkívül hasznos és nélkülözhetetlen függőségekkel rendelkezik, mint a a4wide LaTeX stílusfájl, ami csak plusz 200Mb egyéb eszközzel válik elérhetővé.

Mélyedjen el a dokumentációban és fedezze fel, hogy bizony az igazán hasznos funkciók eléréséhez további programokra lesz szüksége. Például NetGene2 és NetStart programokra. Mindkét programot csak e-mail útján szerezhetjük be, ahol bizonyítjuk, hogy nem vagyunk gonosz cég, akik profitot akarnak. Sajnos a NetStart bináris, ezért a telepítésével még úgy is érezhetjük magunkat, hogy haladunk és célba fogunk jutni. Szerencsére a NetGene2 nem ringat minket hiú ábrándokba. A forráskódja ugyanis 2001 óta változatlan, esély nincs rá, hogy turkálás nélkül működjön. Nosza, álljunk neki! Keressük meg az összes makrót és függvény definíciót, ami ütközik a szabvány C++ matematikai és sztring könyvtárakkal. Gyomláljuk ki a GCC elavult kapcsolóit a Makefile-ból.

Úgy látom néhányan elégedetten hátradőlnek, hogy készen vannak. Csak ne olyan sietősen! Tesztelték a programot? Nem működik a programhoz mellékelt teszt adatokkal sem? Bingó! Floating point exception? Bingó! Most akkor lehet gondolkodni: A mi gányolásunk rontotta el? Rossz a program? Valami függőség változott az elmúlt 14 évben? Hétfőn beszámoló az eddigi munkáról? Kellemes hétvégét!

De addig is fordítsa le ismét a programot debug módban, gdb-vel keresse meg a hiba helyét és szörnyülködjön el! A hiba ugyanis a szekvencia index kezelő részben van! Miután kijavította a hibát és ellenőrizte, hogy az eredmény ugyan az, mint a webes verzióban, akkor indítsa el az összeszerelt eukarióta genomján is. Lepődjön meg Ön is, amikor megpillantja a program limitációit: maximum 1500 darab 1 millió hosszú szekvencia. Tehát a programmal nemhogy egy eukariótát, de még egy nyamvadt E. coli genomot sem lehet feltérképezni.

Miután végérvényesen zsákutcába jutott, gondolkodjon el azon, hogy ezek az emberek mennyi impakt faktort, kutatási támogatást és idézettséget zsebeltek be, hasonlítsa össze a saját eredményeivel és csuklassa meg a szüleiket. Esetleg nézzen szét a neten, keressen Önmagánál is nagyobb lúzereket és röghögje ki őket.

6 komment

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr67055451

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Kalle 2015.01.15. 16:57:28

Ez a bioinformatika esszenciája. Ezért is dolgozom én már inkább szoftvermérnökként.

Travis.CG 2015.01.17. 15:26:53

Komment! El sem hiszem.
Hallottam, hogy munkahelyet váltottál, de azt nem tudtam, hogy a tudományt is elhagytad.

Kalle 2015.01.28. 14:54:10

Ja, hát méltatlanul alullátogatott a blog, de ezzel már nincs mit tenni :) Igazából klasszikus értelemben nem váltottam, 20 órában továbbra is az akadémiát erősítem, de csak legvégső esetben megyek be. A 20 óra inkább 10-15, de a feladataimat elvégzem, sőt új projekteket kezdtünk. A többi időben meg egy értelmes munkahelyen a dupláját keresem, sokkal kényelmesebb körülmények között, jó társaságban, stb. Csak nem egy új kolléga csicsergett?

Travis.CG 2015.01.30. 12:42:51

Nem, de amilyen kicsi a magyar bioinformatika, ha valaki elkialtja magat, hogy ember kell, mindenki meghallja.

Kalle 2015.02.04. 12:01:47

@Travis.CG: Az jó, mert direkt szóltam, hogy segítek embert keríteni, ha akarnak újat, mert engem is ahogy felvettek, járhattak volna nagyon rosszul is, mert nem volt, aki felmérje, hogy mihez értek, és szerintem most sincs. Küldd már el pls a hirdetést, ha van, kíváncsi lennék.

Travis.CG 2015.02.06. 08:01:57

Nem tudok hirdetest kuldeni, mert a fonokomet kerestek meg levelben.