HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

Rémálmaim projektje

2016.01.11. 00:52 Travis.CG

Megszületett életem eddigi legkellemetlenebb, legzűrösebb, legutálatosabb, legmegalázóbb munkájából a cikk. Az egész 2012-ben kezdődött, amikor visszatértem az akadémiai szférába. Ez volt az első projekt, amibe bekapcsolódtam és itt szereztem meg a rutint a mikroRNS-ek elemzéséhez. Minden nagyon szépen indult. Több csoport összedobta a pénzt és a Nicotiana benthamiana-t mint modellnövényt megszekvenálták. Volt transzkriptóm, kisRNS és még degradóm is. Hetente összeültünk, hogy megbeszéljük a projekt alakulását, ami nagyon üdítő volt számomra, mert hétről-hétre láthattam, miként közelítünk a célhoz.

Ahogy telt az idő, szép lassan ezek a heti találkozók átalakultak a bioinformatikai csoport számonkérésévé. Például az egyik részfeladat az volt, hogy az azonosított mikroRNS-ekből ki kellett szűrni a konzervált, vagyis a már leírt RNS-eket. Ezt úgy csináltuk, hogy a miRBase adatbázis rekordjaira illesztettük a mi szekvenciáinkat és megengedtünk 2 nukleotid eltérést. Következő héten közölték velünk, hogy amit csináltunk, nem jó, mert még akadnak benne konzervált mikroRNS-ek. Meg is mutatták, melyik. Mondtuk, hogy azért nem találtuk ezt meg, mert ez 3 eltérést tartalmaz. Futtassuk le 3 nukleotid eltéréssel? Igen. Következő héten még mindig maradt konzervált mikroRNS a listában, mert míg mi 3 eltéréssel szűrtünk, addig 4-el “ellenőriztek”. Mondtam is nekik, hogy valahol húzzuk meg a határt, mert ha elérjük a 21 eltérést, akkor csak ismert szekvenciákat fogunk találni.

De a ta-si RNS keresés sem ment sokkal jobban. Egyesek a csoportból annyira nem bírták a kiképzést, hogy sírva fakadtak.

Azért voltak szép pillanatai is a munkának. Például a transzkriptóm annotálása egyfajta tudományos katarzis volt számomra. Egy pillanatig úgy éreztem, valami pluszhoz juttattam az emberiséget, hiszen egy olyan növényről volt szó, aminek a genomja több tízezer scaffoldból állt.

De az esetek többségében ostoba, értelmetlen táblázatokat kellett generálni. Az egyik ezek közül egy olyan Excel volt, aminek 125 lapja volt (tényleg, 125 darab táblázatot akartak velem bepakoltatni egyetlen Excelbe). Mikor végül elkészültem vele, közölték, hogy ez átláthatatlan és nem kell.

Az összes felesleges munkát megcsináltuk, amit kértek, mégis a folyosói pletykák során egyre több olyan hír jutott vissza hozzánk, hogy elégedetlenek a munkánkkal és legközelebb inkább Angliába küldik az adatokat elemzésre (ezt meg is tették egy másik projekttel). Kezdetben még a “nagy emberek” is meglátogattak minket, amikor valami olyan jutott az eszükbe, ami kimaradt a hétfői regulából. A vége felé már csak a PhD hallgatókat küldték hozzánk. Többször próbáltam kideríteni, hogy igazából mi volt a baj, mitől mérgesedett el a viszony, de mindig csak kitérő válaszokat kaptam.

Végül 2013 őszére elfogyott az összes kérés és csak annyit hallottunk, hogy most nagy erőkkel írják a cikket. Eltelt 2014 minden látható változás nélkül. Az élet akkor kezdett felpezsdülni benthamiana fronton, amikor bejelentettem, hogy elmegyek. Bizonyára rájöttek, hogy még egy ilyen balekot, mint én, nem találnak, ezért ismét záporozni kezdtek a kérések. Az eltelt egy év alatt a generált táblázatok egy része “eltűnt”, ezért azokat újra akarták generáltatni. Szerencsére a Wiki még működött és meglepődve tapasztalták, mennyi minden van kész.

De továbbra is jöttek a kérések: legyen nagyobb, a zöld legyen kevésbé élénk. Nem lehetne másik betűtípus? De minden egyes kívánság azután jött, hogy legeneráltam az összes képet. Mint a régi szép időkben, webfejlesztő koromban. Egy piszkálódós hangulatomban meg is jegyeztem, hogy ugyan ezt eljátszani az angol kollégákkal nehezebb lesz. Rögtön jött is a válasz: ők már elsőre cikk minőséget produkálnak.

Erőltették a UEA Workbench használatát, mert egy régi haver csoportjában csinálták. Az elején még tetszett is, de ahogy egyre több hiba került a felszínre, a vele való munka kezdett fájdalmassá válni. Végül kiderült, hogy igazából ott sem használják ezt a vackot. De akkor nekünk miért kellett? Ennyire kell az idézettség?

A logisztikai nehézségekről még nem is beszéltem. Az ismeretlen mikroRNS-eket valahogy el kellett nevezni, ezért a cseppet sem kreatív mymirxxx fomát választottuk, ahol az xxx egy sorszám volt. Az idők során ez átalakult canmir-xxx-é. Ez a szájhagyomány útján terjedt a laborosok között. Tőlem többször kérték más, kapcsolódó projektek esetén, hogy futtassak ezt-azt ezen a listán. De mikor kértem tőlük a listát, akkor soha nem tudták odaadni. Végül kiderült, hogy a lista egy hazai konferencián bemutatott pószteren található. Mire megkaptam, addigra közölték, hogy ez már elavult, mert a Northern hibridizációval nem sikerült mindegyiket visszaigazolni.

De ez az azonosító forma sem volt hosszú életű, mert az egyik telihold után nb-mirxxx-é változott. A fluktuáció folytatódott, ahogy a kísérletek cáfolták egyik-másik mikroRNS létét. Ilyenkor, hogy ne legyen hézag a számozásban, a nagyobb sorszámú szekvenciák egyel előre ugrottak. Csak nekünk felejtettek el szólni. Mi csak annyit láttunk, hogy hirtelen az nb-mir452 nem ezt, hanem egy másik mRNS-t szabályoz vagy megváltozott a szekvenciája. Ezután csak szekvenciákkal voltam hajlandó dolgozni. (Természetesen, amikor eltűnt egy miRNS a sűlyesztőben, az összes ábrát újra kellett generálni.)

Akkor voltam a legproduktívabb, ha nem csináltam semmit. Ilyenkor megspóroltam egy köztes verziót, ami úgysem lett volna jó.

Valahogy a végére értünk mindennek és elkészült a kézirat. Amikor olvastuk, hogy ki mivel járult hozzá a nagy mű egészéhez, kiderült, hogy csak segédkeztünk a bioinformatikai elemzésben. Ez volt az utolsó csepp. Elfogadom, ha bajuk van velem, de a munkám ne degradálják le. Az UAE olyan erőforrás éhes, hogy az egész intézetben csak nálunk volt olyan számítógép, aminben elég memória volt a futtatásához.

Beküldték a kéziratot, én közben átvergődtem Angliába és szép lassan a bírálók is olvasni kezdték. Túl sokat nem kötözködtek, de kérték a mikroRNS targetek GO azonosítóit és a konzervált mikroRNS-ek MFEI értékét. Az első rész még egyszerű volt, hiszen az annotálás során a Trinotate a gén ontológiai besorolást is megcsinálja, de a második kérés érdekes problémákat vetett fel. (Hehehe, végül tényleg Angliába küldték az adatokat.)

Az UEA Workbench ugyanis úgy keres ismert mikroRNS-eket, hogy illeszti a readeket a genomra és a miRBase-re. Nem határoz meg prekurzort, nem számol szabad energiát. Első körben a MirCat eredményekből bányásztunk ki prekurzorokat, de nem volt meg mindegyik. Néhány cikk az EST szekvenciákat használta prekurzor keresésre, ezért mi az RNA-seq eredményeket vettük alapul. Még így sem találtuk meg az összeset. Végül a miRBase konzervált prekurzorait Blastoltuk a genomra. (Ekkor tűnt fel, hogy a miRBase-ben a prekurzorok nagy része pontosan 60 nukleotid hosszú. Természet anyácska nem colstokkal jelöli ki a prekurzorok hosszát, inkább gyanítok emberi hibát.)

Mivel nappal a rákos genomokkal játszottam, csak hétvégén és este volt időm a cikkel foglalkozni. De folyamatosan jöttek a levelek, hogy mikor lesznek eredmények. Képeket is könnyebben generáltam újra, mert már megvoltak a jól bejáratott R szkriptek, de a folyamatosan szakadozó net nem volt a segítségemre.

Végül elkészült. A szívás/impakt faktor arány itt volt a legnagyobb. Remélem a jövőben semmi nem közelíti ezt meg.

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr457986247

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.
süti beállítások módosítása