HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Nehéz szülés 2

2017.12.24. 23:15 Travis.CG

Ha ez volt a nehéz szülés, akkor a mostani a farfekvéses ikrek voltak. Ha létezik elátkozott projekt, akkor ez az volt.

Természetesen ez a projekt is úgy indult, hogy "nagyon gyorsan kell az eredmény, mert a kínaiak megelőznek minket". Ha jól emlékszem, 2014 tavaszán kerestek meg minket. Kis RNS-t és transzkriptómot szekvenáltak paprikából és elég jól indult a projekt. A benthamianas munkából okulva igyekeztem a minimálisra szorítani a felesleges munkát és elkerülni az ottani baklövéseket. Ebben, a munka oroszlán részét végző PhD hallgató is nagy segítségemre volt és még azt a hálátlan feladatot is zokszó nélkül megtette, hogy pufferként működött a bioinformatikusok és a laborosok között. Kevesebb értelmetlen kérés jött és tőlem is csak azokat az eredményeket továbbította, ami 100%-os volt. Bármi bizonytalanság volt, inkább kérte, hogy nézzem át alaposabban. Nagyon jó volt vele dolgozni.

Mint minden jó dolognak, ennek is vége szakadt. Őt is utólérte a pénztelenség, ezért elment egy céghez, ahol annyira meg voltak elégedve vele, hogy próbaidő után még fizetés emelést is kapott.

Az utolsó pár hónapban nagyon keményen dolgozott, hogy minden kísérletes munkát befejezzen és elmondása alapján be is fejezett. A bioinformatikai elemzés is kész volt, megvolt a validálás is, most következett az írás. Illetve nem-írás.

Egyfajta ping-pong játék kezdődött, ahol egy halandó kéziratokat gyártott és elküldte azokat az Olümposzra, majd az Istenek félresöpörték azt. Egy ideig tartottam a kapcsolatot a PhD hallgatóval, de mikor az olyan kérdésekre, mint "hogy vagy?", a válasz a projekt alakulása volt, inkább leálltam.

Amit hallottam, az nem volt megnyugtató. Kitalálták, hogy újabb kísérletek kellenek. Egy másik PhD hallgató folytathatta a munkát. Aztán én is elhagytam az intézetet, ezért a bioinformatikai munkára is új embert kerestek, akiről olyan pletykák keringtek, hogy még a mirDeep-P-t sem tudta lefuttatni.

Én le is mondtam róla, hogy valaha cikket látok a munkából. Vagy ha lesz is valami, engem biztos kihagynak belőle. Ezért is ért váratlanul, mikor 2017 áprilisának végén kaptam egy kéziratot áttekintésre és ott virítottam a szerzők között.

Az első célpont a Journal of Experimantal Botany volt. Négy napot töltött ott a kézirat, majd visszadobták. A következő cél a Frontiers in Plant Science volt. Itt is hasonló idő elteltével dobták vissza. A kritika elég kemény volt: A cikkben nincs hipotézis és a szekvenciákat nem töltötték fel az SRA-ba. Ez utóbbi az én hibám is, nem tűnt fel a kézirat elolvasásakor.

A komment csak annyi volt: "elvaultunk". Teljes beletörődés saját tehetetlenségünkbe. El is küldték a BMC Genomics-ba. (jun 1), ahol már több, mint négy napot töltött! Három rewiever is átnézte és az egyik közös pont, amiben mindenki egyetértett, hogy két ismétlés nem elég differenciál expresszióhoz.

Őszintén szólva nem emlékszem, hogy annak idején szóltam-e emiatt. Nagy valószínűséggel nem, így a hiba halomból ez az én részem. Csak egy szánalmas kifogás jut eszembe: úgysem hallgattak volna rám.

Viszont ez egy jó lecke volt nekem arra nézve, hogy publikáció orientáltan kell gondolkodni. A kísérlet tervezésénél, ha kompromisszumot kell kötni, az nem mehet a publikálhatóság rovására.

Ezen most már hiába kesergünk. Mai eszemmel átnézve a kísérlet felépítése egy vicc. (Két genotípust szekvenáltak. Az egyiknél három szövetet, a másiknál csak egyet. Az egyiknél 28 és 40 napos minták voltak, a másiknál 14 és 20 naposak.)

Természetesen a levelezésből ismét sütött a lemondás. Nem is tudom, mi irritált a legjobban. A tény, hogy energiát vesztegettem egy mostani eszemmel nyilvánvalóan hibás kísérletbe vagy az, hogy mások milyen könnyedén elfogadják ezt.

Elkezdtem agyalni, hogyan lehet menteni a projektet. Ami nyilvánvaló volt, nem lesz új kísérlet, nem lesz új szekvenálás, csak a hozott anyagból lehet építkezni. Ha a mintákat szövet szerint csoportosítjuk, kapnánk négy ismétlést. Nem tudom, mekkora szórás lenne a különböző időpontok miatt, de egy próbát megért volna.

A felvetésemre senki nem reagált, amikor írtam a szerzőknek, csak annyi választ kaptam, hogy "nagyon dolgoznak rajta". De az eltelt idő alapján egyre valószínűbb, hogy a projekt teljesen halott.

Update:

Mikor már teljesen lemondtam mindenről, már nem volt agyi aktivitás, légzés:

Megjelent.

1 komment

Címkék: publikáció

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr8512545269

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Travis.CG 2018.08.24. 23:31:42

ÉÉÉÉÉs megjelent!