HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Bioinformatika a Magyar Tudomány Ünnepén

2018.11.26. 00:07 Travis.CG

A cím kicsit megtévesztő, mert a Magyar Tudomány Ünnepének előadás sorozatához semmi köze. Népszerűsítve is csak egy hibás PDF formájában volt, de legalább Elixir rendezvénynek számít.

Győrffy Balázs: Genomikus adatok alkalmazása új biomarkerek felfedezésére és igazolására

Az előadás a ROCPlot nevű webszolgáltatást mutatta be, ami azt igyekszik meghatározni, hogy egy adott gén expressziója mennyire változik relapszus mentes és kiújult mellrákos betegeknél. Ennek meghatározására egy ROC görbét készítenek, mert az "olyan, mint a Wilcoxon-teszt". Egy példát is láthattunk a BCRP génre. Arra a kérdésre, hogy validálták-e a rendszert, egy nem volt a válasz.

Szalai Bence: Gyógyszer hatásmechanizmus és toxicitás predikciója génexpressziós szignatúrák alapján

Sejtvonalak expressziós mintázatát különböző módszerekkel (CRISPR, gyógyszer) megzavarják, majd az eredményeket rögzítik. Ezek a génexpressziós szignatúrák. A vizsgált gének változásai alapján következtetni lehet az érintett anyagcsere útra. Gyógyszerek esetén viszont az érintett anyagcsere út ismert. Ha két gyógyszer hasonló szignatúrát eredményez, a hatásuk is hasonló lesz. A LINCS-L1000 adatokat használták fel, a szignatúrákat Spearman-korrelációval határozták meg.

Ari Eszter: Vajon mennyire terjednek az antimikrobiális peptid rezisztencia gének?

Az antimikrobiális peptidek a baktériumokra negatív hatást gyakorolnak és ezzel veszélyeztetik az ember természetes flóráját is. A vizsgálat célja az volt, hogy ezek a gének képesek-e horizontális géntranszferrel terjedni. Metagenomikai szekvenciákat elemezve azt vették észre, hogy ezek a gének kevésbé adódnak át. További vizsgálatok azt jelezték, hogy a gének az új környezetben kevésbé fejtik ki a hatásukat.

Hegedűs Tamás: Membránfehérje szerkezeti ABC és ABC membránfehérje szerkezet

A cisztás fibrózis kialakulásáért egy membrán fehérje szerkezeti módosulása felelős. A fehérjék szerkezetének összehasonlítására egy vektorteret definiálnak, de ez nem ad információt a membrán stabilizáló szerepéről. Az elektron denzitás mérésekben viszont jelen van a membrán is. Ha ebből levonják a fehérje elméleti elektron denzitását, akkor (a zaj mellett) megkapják a membrán elektron denzitását. A vizsgálatot a fehérje összes ismert mutációjára megismételték. Az eredményeket két dimezióra vetítették, hogy könnyebb legyen összehasonlítani és egy webszervert is készítettek, ahol mindez online elemezhető.

Hetényi Csaba: A kísérletek korlátain túl: blind docking reloaded

A gyógyszer és célpontja egy komplex struktúrát épít fel, ezen kapcsolat számítógépes elemzésére molekula mechanikai modellek léteznek. A blind docking eljárás egy heurisztikus keresést végez, egyszerűsített erőterekkel dolgozik és a víz molekulákat egyszerűsített reprezentációban tartalmazza. A csoport korábban már készített egy webszolgáltatást a problémára, amit a wrap'n'shake módszerrel feljavítva hívnak újra életre.

Fazekas Dávid: BigData technológiák használata különböző forrású biológiai adatok tárolására és elemzésére

Az adat megosztás nem egyszerű probléma, főleg ha harmadik féltől származó adatokat is integráló szolgáltatást fejlesztenek. Az adatok hatékony tárolásához a data lake elvet alkalmazzák, tehát elkülönítik az adat tárolást és annak feldolgozását. A kettő között a Presto nevű absztrakciós réteg helyezkedik el. A nyers adat tárolása után mindegyik adattípust táblázatos formátumba alakítanak, amit aztán a Presto indexel és lehetővé teszi, hogy SQL lekérdezések segítségével elemezzék azt.

Pancsa Rita: A rendezetlen fehérjék evolúciója új szemszögből

A rendezetlen fehérjék téma még nem merült ki teljesen, ezért most az evolúciójukkal ismerkedhettünk meg. Mivel ezeknél a fehérjéknél a szerkezeti kényszer kicsi, gyors evolúciós változásokat tesz lehetővé. Magasabb az inszerciók és deléciók aránya, amitől magasabb az innovatív potenciáljuk. A korrellált mutációs analízishez viszon szükség van a fehérje szekvenciák illesztésére. A Gremlin-t használták, hogy illeszteni tudják a szekvenciákat, de sajnos a lineáris motívumok túl rövidek voltak, hogy jól illeszthetőek legyenek.

Erdős Gábor: Kontextus függő rendezetlenség

A rendezetlen fehérjék külső faktorok hatására rendezett struktúrákat vehetnek fel. Két régi rendszer, az IUPred (rendezetlen régió azonosítása) és az ANCHOR (kötőhely keresés rendezetlen régiókban) egyesült egy új webszolgáltatásban. Dinamikus megjelenítés, RESTful API, külső adatbázisok integrálása jellemzi az új rendszert. Az IUPred csak kisebb módosuláson esett át, de az ANCHORt újra tanították és paraméterezték.

A két szekció közötti szünetben beszámoltak a magyarországi Elixir helyzetéről. Túl sokat nem tudtunk meg, arra buzdítottak mindenkit, hogy regisztráljon az Elixir oldalára, mert "rengeteg interakció van" és "kizárt dolog, hogy nyomon tudjuk követni".

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr9714385092

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.