HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • Kalle: @Travis.CG: Igazság szerint bioinformatikában nem is nagyon tudnék érvet mondani, hogy miért kéne ... (2019.06.28. 23:45) CentOS, nagyoknak
  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2

Hülye bioinformatikai programok

2019.04.01. 00:06 Travis.CG

Rendhagyó módon, április elseje alkalmából nem egy álhírt készítek, hanem valódi hülyeségeket mutatok be a bioinformatika világából. Nevezetesen a hülye programokat. Mitől lesz egy program hülye? Három okból is:

Az első ok, hogy használhatatlan az adott feladatra, amire megalkották. Nem azért, mert hibás az implementáció, hanem azért mert hibásan tervezték meg. A másik ok, hogy értelmetlen feladatot hajt végre, amire senkinek semmi szüksége. Végezetük olyan programot készítettek, ami ugyan azt tudja, mint egy másik (esetleg híres) program, csak rosszabbul.

Erről a programról már írtam. Visual Basic program, ami a feladat befejezését egy csipogással jelzi, eredményét a vágólapra másolja. Ha lemaradunk a hangjelzésről? Akkor törhetjük a fejünket, hogy a vágólap tartalma az aktuális vagy előző futtatás eredménye (áramszünetről nem is szólva).

A következő programnak a fejlesztőjét ismerem. Remek fickó, tényleg, de ez a programja totál felesleges. Nem is tudták leközölni. Bár a dokumentációból nem derül ki, a célja, hogy az illesztőprogram által eldobált readeket visszaerőltesse a genomra, "megmentse" azokat. A program azért felesleges, mert az illesztőprogram paraméterezésével elkerülhetjük a használatát. Tudom, hogy sokan csak az alapértelmezett beállításokkal futtatnak mindent, de két programot futtatni alapértelmezetten, mert lusták vagyunk?

Ha egy hülye programot webre pakolunk, attól az még hülye program marad, csak mindenki látni fogja. Például lássuk ezt a nagyszerű heatmap rajzoló programot, ami hatalmas adatokat képes megjeleníteni. Ha bátrak vagyunk, még le is tölthetünk egy ilyen hatalmas táblázatot. Igaz, hogy csak 473kb, de akkor is hatalmasnak kell lennie, hiszen a weboldal ezt állítja! Minden esetre R-el gond nélkül el tudtam készíteni a heatmappet. Még egy 2012-es laptopon is. Innentől nem tudom, kinek lenne erre szüksége?

Megnéztem, hogy egy régen látott hülye program, az EuGene mennyit okosodott. Jelentem, az annotáló program, ami még egy E. coli genomot sem képes kezelni, továbbra is létezik, csak a dokumentációja veszett el a webes rengetegben. Annak idején még dokumentációval is egy kínszenvedés volt használni.

Végezetül nézzük a legértelmetlenebb feladatot: A fastq minőségi mutatókat emoji alkaban. Biztos bennem van a hiba, de nem értem, mi ez a felhajtás az emojik körül. Filmet kapnak, YouTube posztok szólnak róla. Én még emlékszem az ugyancsak felesleges WingDings betűtípusra, ez nem más, mint annak a platform független változata.

A kommentekben várom, milyen más hülye bioinformatikai programok léteznek.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr6714681376

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.