HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

Revision 2023 3. nap

2023.04.10. 11:15 Travis.CG

Nyolc után keltem. Próbáltam még visszaaludni, hogy legyen elég energiám az éjjel, de nem sikerült. A délelőttöt turistáskodással töltöttem. Találtam egy nagyon szép parkot, abban sétálgattam. Ha esetleg el tudnám csalni a családot is ide, akkor a gyerkőc biztos szívesen rohangálna a sok kacsa között. Kedvcsinálónak lőttem pár képet.

Mikor beértem, a színpadon valami kerekasztal beszélgetés ment, már ott mondták, hogy ne sok alvásra számítsunk, mert rengeteg entry van. Csak el ne aludjak rajtuk. Nincs annál rosszabb, mint amikor rákészülsz a demókra, a tested meg lehúzza a rolót aludni. Talán 2000-2200 között tudok egyet hunyni, ha nem lesz csúszás. Ez van, ha valaki nem él kémiai rásegítéssel.

Futtatható zene

Sine Time: Ahhoz képest, hogy a leírás szerint most tanulja a DSP-t, elég jól megy neki. Az Organ donor igéretesen kezdődött, de aztán hamar vége lett. Oh, mégsem, csak az orgák rontottak el valamit. Másodszorra végigjátszották. Azért így már mindjárt más! Egészen jó, gazdag hangszerelés. A Bright Velvet kicsit nehezen indult, de aztán belelendült.

Streaming music

Állítólag ez a legérdektelenebb kompó a partikon. Hmm, nem tudom. Azért végig szoktam hallgatni, ahogy most is megtettem. A Patschikpambom-ban (szigorúan copy-paste, ezt le nem írom) japán hangú MacOS próbált felolvasni német szöveget. Képzeld el az eredményt. Igen! Pont olyan! Chaos Wrapped: nagyon pontos cím. Run to survive: Ez volt az első, ami tetszett. Micsoda dinamikája volt! Back before dark: Azt gondolod, hogy ez egy nagyon sötét, félelmetes valami, igaz? Ez egy rajzfilmzene. Már csak a gyalog-kakukk hiányzik belőle. Higítatlan jókedv az elejétől a végéig. Jazzcat zenéje is tetszett, sokkal hagyományosabb volt, semmi formabontó, az alkotó jól ismert kézjegyével. Streamers ütött. Aztán jött az It's you. Nos, erre nem voltam felkészülve. Olyan volt, mint amikor beülsz egy hülye romkomra, csak mert a párod meg akarja nézni, majd úgy jössz ki, hogy "hiszen ez az én történetem!" Valami ilyesmi érzésem volt.  Nem várt darabbal gyarapszik a zenegyűjtemény. Utána már a sem a Chroma, sem a Divide by zero nem tudott kizökkenteni, pedig más kompón biztos jobban tetszett volna. Overload a büntető zene. Persze nem hallgatni büntetés, hallgatni nagyon jó.

Megjegyzés a külvilág felé: Már fél óra csúszásnál tartunk, és még nincs vége a compó blokknak.

Modern grafika

A Souvenier-en Pöttyös túrórudi? neu, ki vagy? A Telecoute a leírás szerint túl nagy színteret használ, hogy lokálisan lehessen renderelni. Nekem nem tűnt túl bonyolultnak a színtér. Howl of the forest: Na, ez biztos tetszene a lányomnak. Nahát, Leon is adott be release-t. Gift for the mankind: Az emberiség nevében nem beszélhetek, de nekem ajándék volt látni. Pocahontas ruha nélkül az Ouroboros-ban. Made ismét megmutatta, hogy nagyon tud rajzolni. Unreal is adott be grafikát. Emlékszem, tegnap mindenki azzal idegesítette, hogy 20x megkérdezték tőle: "készen van?" Nos, a képen a Xenomorph valami földi kutyát fogdos. Drag on racers: Szörnyi verseny, ahol sárkányok ülnek az anyósülésen és fújják a vitorlákat, hogy menjenek a kerekes hajók. Newton szerint az ilyesmi nem szokott működni. Bull race: durva 3D jelenet. Kegyetlenül sok modell, textúra. Mennyi idő lehet egy ilyet összerakni?

Fast music

Audiodrámát kellett összerakni, amiben két scener a pandémia után újra találkozik. Mindezt 90 másodpercben, egy nap alatt összehozni. A One day in Scoland volt az első, amelyik le tudta zárni a zenét. Addig az összes egyszer csak véget ért. Tévedtem. Utána is voltak olyan alkotások, amelyek csak véget értek. Echoes of the past: Hoppá, ez a sok felszabaduló energia, biztos a találkozás hatására jött létre. Lovbirbs: Három teljesen össze nem illő részből épült fel. Valahogy hiányzott a kohézió belőle. Love System: Valami generatív L-rendszer csinálta, de csipogás lett, a rosszabb fajtából. 2023akármi kezdetű, Gorbo és kywr története, Meeting in the tunnel, Love bytes, ezek az entryk beszéd alapúak voltak, nem zenék. Arra ment ki az egész, hogy őrülten egymásra vetik magukat a szerelmesek, és 18-as karikát pirongató dolgokat csinálnak. Viccnek jók voltak.

4k futtatható grafika

Space filling ez nagyon ötletes. Néha a realizmust nehéz elérni, de egy jó öltettel egyedi, emlékezetes produkciót lehet alkotni. Pind and needles: jajj de szép. Poshbroli, már mádosdszor olvasom. Voyager: szép szaturnusz. Fraktál virág a Fracaelidben. Demo mode: játékgép. Mentally: gyönyörű táj piramissal. Lost under surface: fantasztikus táj. Retro kamerát rajzoltak a RetroVision-ben. xy egyszerre három grafikát is csinált egy release-en bellül, kiállításba rendezve. Komolyan, most hány csllagot adjak nekik? Mindegyik tök jó. Nem elég ezekre az öt csillag. Van valami, amit nem tudnak elkészíteni? Még a platform is mindegy nekik. Már JS-ben is meg tudják csinálni, ha akarják. Ez a 4k procedurális releasek sokkal jobbak voltak, mint a 3d grafika, ahol gyakorlatilag semmi megkötése nem volt az alkotóknak. Hogyan van ez, kérem szépen?

Oldskool grafika

Nem pihenünk, megyünk a régi gépekre. Volt nyuszi c64-re. Nagyon sok jó kép volt, sajnos nem tudtam mindegyikre jegyzeteket készíteni, mert csak jöttek és jöttek a jobbnál jobb képek. A Gracefulnál talán a női (köhöm) anatómiát kicsit elrontották. De voltak olyan képek, hogy felnéztem: Csak 16 színt használt? Én mintha 100-t láttam volna. Vagy a Broken soulnál a felbontás nem tűnt 320x200-nak. Az a felbontás pixeles szokott lenni, ez nem volt az.

Wild

Vitinek mondtam, ha nem csinál lézer demót, majd más fog. Lett is lézergravírozás. Van valami Android app, amivel hülye zenét lehet csinálni. Volt egy TIC-80 durvulás is. Arduino cucc is volt, ahol a programozó keze plusz effektnek számított, mert táncoltatta a hangszórót. ZX Spectrum capture tool is volt. Hallgathattunk chiptune-t is, mert olyan release-t is adtak be. LFT megint kraftolt valamit, amive két SID szól egyszerre. Hmm, vajon van ennek köze az oldschool-ba beadott entryijéhez? A Masírozás 2880FPS-el valami érdekes dolog, de nem lehetett elolvasni, mert annyi szöveg volt, hogy a betűtípus összement. (Looking Glass Portrait eszközre írták) Singular Crew is csinált egy musicdiscet. Volt még egy TIC-80 egy robot zombiról, de a sok szöveg, amiben ugráltak a betűméretek össze-vissza, rontotta az élvezeti értéket. Túl hosszú is volt, le is keverték a végét, nem tudom, sikerült-e kitörni a zombi létből a robotnak. A TRSI jóvoltából már a világűrből is demó szól. Egy mikroműhold kódjába helyeztek el valamit, amitől 437.075MHz-en egy idegen fej jelenik meg a rádióhullám spektrumban, ha kirajzoljuk azt. A Cruisin 5 egy hosszú videó volt, amiben bemutattak egy platformot, majd a videó második részében jött a háttérinformáció, amibe a fejlesztők extravagáns mindennapjait is belecsempészték.

A blokk többi compóján nem tudtam jegyzetelni és a fáradság is kezdett előjönni. Fogtam magam, és elmentem aludni. Inkább a játékokról, meg GIF-ekről maradjak le, mint a demókról. Mikor visszajöttem, ment a koncert. Nem viccelek, remeg a laptopom. Nem tudok tovább írni. Beszéltem Dexterrel, aki az árkád gépet hekkelte, majd ránéztem a release-emre. Az enyém az 58. Mennyi demó lesz???

8K intró

Compofiller: Kicsit egyszerű raymarching, de nekem bejött. Reach the stars: Invitáció, ahol lesz ai compó is? Mi a fene? Nuance intró: Precalc, ez jól kezdődik. Majd jött a nagy fraktál. Imádom a fraktálokat. Szarvas fraktááál. The sheep and the flower: Bárányka megy kajálni, majd... Nem lövöm le a poént, de ez kegyetlen volt.

Amiga demó

Az első egy PC-be oltott amigás demó volt, mert még Charlie-nak sincs olyan gépe, amin lefutna megfelelő sebességgel. Min fejlesztették akkor? Visor Beams: Klasszikus felépítésű Amiga demó. Minden részlete szépen és igénesen összerakva. Bár a második részt nem értettem, nélküle is teljes értékű lett volna. A Cycle-Op jó ötlet, de a sok töltögetés/effekt megszakítás nem volt túl szeremcsés. Bár nem tudom az 5 effekt ötletet hogyan máshogy lehetett volna összefűzni egy koherens egésszé. Így legalább volt egy kerete. Blood sugar rising: Tök jó sztori demó, rengeteg belső poénnal, kikacsintással. Nekem nagyon bejött. A The Loop kevésbé formabontó volt. A zene erős, fülbemászó. A Neocolora, mint a neve is mutatja széles színpalettával dolgozott. Ez azért nem jellemző az amigás demókra. Általában egy árnyalatra állnak rá. The nature of magic: Ennek is nagyon jó zenéje volt. A varázslat volt a fő témája, párhuzamot vonva a demoscenével. A Sojourn of the soul inkább design demó volt, mint kód. Digitalizált videókból és állóképekből állt. Kevés volt az effekt, de ennek nem ez volt a lényege.

PC demó

 Rengeteg demó volt, mindről nem tudnék írni, szerintem így sem fogja elolvasni senki ezt a rengeteg szöveget. Kezdődött a szokásos compofillerekkel, amit a finneknek sikerült egy új dimenzióba emelni. Ezt a hajós, egyszerű zenés témák beadták háromszor. Blala már mikor a címet meglátta, kiabált, hogy kapcsolják ki. A Still az Intrinsic Gravity ötletét vezette tovább, csak most optikai illúzókat mutattak be. Majd ezek az illúziók megvalósultak. Ők másik demót is adtak be, amiben nagyon szép fenyőfák voltak. Az Aberration Creation ismét belevágott a demókészítésbe Ziggel és Vulcannal. Nagyon meggyőző volt az eredmény. Slyspy a jól ismert technikával, képi világgal készített egy Function invitációt. A Reality Check az Exist első demója, de nagyon meggyőző. Rengeteg 3D modellel dolgoztak. Cocoon most ismert elemekből rakott össze egy demót, még saját bevallásuk szerint is gyorsan. Ennek ellenére nagyon szép és igényes alkotás lett. Az MFX beizzította a cables.gl-t és igen impozáns demót rakott össze. Az a helyzet, hogy nem tudom, hogy van-e bármilyen hátrány, ha az ember csak JS-ben készíti a demókat. Régen mintha látszott volna a különbség. Legalábbis én így emlékszem. Most már nem látszik. Illetve nem látszott, amíg meg nem jelent Smash demója az új csilli-villi engine-ével. Minden volt benne, amit el tudtok képzelni. Robotok, űrhajók, füst, víz, atmoszférikus effektek, emberek hátán gyorsan kinövő vegetáció, valami pucér fenekű ember frakták, pucér fenekű ember fraktál vegetációval. Az üzenet egyértelmű volt: Nesze neked JS, nesze neked AI.

Szólj hozzá!

Címkék: demoscene

Revision 2023 2. nap

2023.04.09. 11:59 Travis.CG

Reggel elmentem boltba, hogy a több napi tápanyagot beszerezzem. Szerettem volna egy kis városnézést is, mert akadtak szép látnivalók, de a C64 készítést bemutató szemináriumra is kíváncsi voltam. Az elejét lekéstem. A fazon élőbe akarta bemutatni, hogyan rakja össze, konfigurálja be és futtatja a vasat. (Ami gyakorlatilag Raspberry + FPGA kombináció volt.) "Kezemben a vas, mi baj történhet?" Kitaláltátok? Minden. Roszul rakta össze, amitől nem tudott bele SD kártyát rakni. Fel volt készülve, gyorsan előkapott egy másik gépet, amit már korábban összerakott. Bemutatta, hogyan kell előkészíteni az SD kártyát, ami ... Nem működött. Közben folyamatosan mesélte, mennyi más dolog mehet gajra az összeszerelésnél. Volt nála egy olyan C64 gép is, amibe beépített monitor volt, hogy azt is tudja tesztelni, ha a kivetítő nem tudja kezelni a 15KHz-es HDMI-t. (Természetesen nem tudta.)

Közben sikerült beszerezni a pólót is. Gondoltam csatlakozom a compoteam munkáját bemutató kiránduláshoz, de az csak annyiból állt, hogy Franky ült, és magyarázott. Nem láttam, ahogy Charlie verejtékezve próbálja működésre bírni az öreg gépeket. Szerencsére elkezdődött a kompó, úgyhogy megmenekültem attól, hogy tovább kelljen hallgatni a mesedélutánt (ami délelőtt volt, de ez most mellékes).

Tracked music

Crossfade Persuader király és ez még csak a második! A maga zsúfolt hangszerelésével a Keep is tight is nagyon bejött.

Befejeztem a demót is. Mikor egyben megnéztem, úgy döntöttem, beadom. Francba az egész elitista bagázzsal, akik azzal jönnek, hogy "ez már 97-ben is gáz lett volna". Megpróbáltam AppImage-et csinálni a demóból, de hiába volt fent a fuse, a gép nem találta. Bohóckodtam 10 percet vele, majd letöröltem az egészet. (Mármint az AppImageKit-et, nem a demót.)

Bementem egy shader tömörítő szemináriumra, ami nagyon érdekes volt. Megtudtam, hogy néha a "túl okos tömörítés" az ember részéről hátráltathatja az exe tömörítő munkáját, ezért fontosabb, hogy struktúráltak legyenek a shadereink. De ami igazán tetszett, az a Godzillás előadás. Bemutatták a filmtrükkök evolúcióját a Godzilla filmeken keresztül, az ötvenes évektől napjainkig. Annak ellenére, hogy sok mindent ismert a közönség, mégis nagyon jó volt együtt látni az egészet. Főleg, hogy az egésznek egy keretet adott az, hogy 2014-ben új technológiákkal, de az eredeti történetet hozták vissza. Nevezetesen, hogy Godzilla egy rohadék, aki városokat pusztít el, mert úgy tartja kedve.

ASCII

A karakterek most nem nyűgöztek le, de ez nem jelenti azt, hogy nem voltak nagyon szép alkotások. A Purple Road például többféle techinkát kombinált. Tudni kell, hogy amikor színeket is használnak, akkor a felhasznált karakterek száma drasztikusan lecsökken. Ebben viszont nem így volt. Egy csomó apró részletet helyeztek el olvasható karakterekkel. Talán túl sok részlet is volt.

Oldschool music

Whisk it! Olyan hangokat mutatott be, amiről nem is tudtam, hogy léteznek C64-en. A Straight Forward nagyon dallamost volt. Hmm, lehet, hogy érdemes lenne egy C64 zene lemezt készíteni és meghallgatni igazi vason is? A Macro egy Tesla PMD 85-ön szólt. Azt írták valami MIF 85 is beleszólt a dolgokba, ami gyanítom sokkal jobb hangzást ad, mint az alapgép. Nem volt annyira 8bit prüttyögés. Az Overflow-val kicsit felemás érzésem volt. Egyrészt nagyon jól szólt, de dual SID-el. Ez azért mégiscsak jogosultalan előny. Mennyire oldschool egy ilyen rendszer? Ezzel pont ellentétes volt az 1-bit high and rising, ahol csak a ZX beeperét használták. No igen, Hoffmannak nem kell dual SID, hogy ütős zenét csináljon ;-)

Fotó

Hungry moment nagyon szép természetfotó. Beauty and the Beast azért tetszett, mert soviniszta vagyok. Maya: nekem is volt kutyám. Azért komolyan nem értem, hogy például a tetriszes képet miért nem szelektálták ki? Valami hozzáértő elmondhatná, mi a jó abban. A Pixel art sem volt egy eget rengető valami. És nekem ne mondja senki, hogy Iloe képe nem manipulált, Persze amúgy féltékeny vagyok, mert én ilyen képet még akkor sem tudnék csinálni, ha akarnék. Nagyon, nagyon jó kép lett. (Oké, megnéztem, kollázsokat lehet beadni, szóval nem lehet egy rossz szavam sem.)

3D grafika

Luis Armstrong-os nagyon jól elkészítették. A többi nem volt olyan érdekes. Hiába, ez egy elég fiatal kategória, még mindig.

Video

Kezdődött egy nagyon érdekes videóval, ami nagyon nagyon elvont volt. Kevés szín, kevés pixel, kevés dinamika. Ócska zene. Nem írom le a címét. Nem akarod látni. A másodikban valami mászott, de nem bírt átmenni az út túlsó oldalára. Azután volt egy egyszínű film Mono néven, de legalább a zenéje jó volt. A Wraith már volt valami. Kár, hogy nem csinálták meg realtime-ba. Nosfe, a fehér zaj mestere is adott be valamit. Aztán jött a Boing, amit sajnáltam, hogy olyan rövid, szerintem kicsit jobban is ki lehetett volna bontani, a lehetőség adott volt. Toxygen egy olyan entry, ami egy jövőbeli film előzetese. Ígéretes steampunk, elvont izé lesz. Volt egy rakás part/partira utazás videó, de azok olyan egyformák. A Contact nem semmi egy videó volt. Megjelent benne egy üveg szarvas. Biztos ez az előzménye a Deus Cervidae-nek. Volt HBC film ismét! Ennek nagyon örültem. Azt írták, hogy egy régen elfelejtett, be nem fejezett projektet vettek elő újból. Érezni lehetett a korai Maxon videók energiáját. Végül egy kiskacsa kenyeret sütött és beadta a kenyérkompóba. És nyert! Mármint a kacsa. Hogy a videó nyerni fog-e, azt nem tudom.

Sikerült egy fél órás csúszást összeszedni. Eredetileg azt terveztem, hogy visszamegyek a szállásra, hogy hunyjak egy kicsit az esti kompóblokk előtt, de ez nem jött össze. Maradt a második lehetőség, hogy ugrálok egy kicsit a táncparketten.

Amiga Nitro (sick!)

Szép nyugisan indult a kompó. Aztán valós idejű fizikai szimuláció a Bantamban. A Hope-ban remekül használták a 2D layereket, hogy álomszerű hatást hozzanak létre. Szeretem, mikor egy technikát céllal használnak. A Sciatica megadta azt, amit a legtöbben várnak. Kiváló kódot, sok 3D-t. A Nah-Kolor duplázott, a Griffin volt a második. Aztán a Ghosttown feladta a leckét mindenkinek. Egy sima 500-on.

4K intro

Mindjárt másodiknak jött a fraktál földfelszín a GL-510-ben. Majd jött még egy JS intró az Amenther. Majd jöttek a táncoló macskák. De komolyan! Caturday night fever. A Fluxerator készült a hagyományos intrók kedvelőinek. Mindenféle alagutakban ment a repülő kocka-bigyó. Nem volt nagyon eredeti, cserébe a látvány kiváló. A Random Generation állítólag mindig más és más. Ezt biztosan ki fogom próbálni. A RoadTrip pedig maga a megtestesül szomorúság. Még ha egy macskát elcsapnak, az is lehangolja az embert. Mikor néztem, folyamatosan azon gondolkodtam, hogy oké, eddig tök jó jelenetek voltak, nem tudják már fokozni. De tudták!

256 byte intro

Először jöttek a compofillerek. Három után kezdődtek a hanggal rendelkezők. Volt true color, 128byte hanggal (bár, azért hozzá kell tenni, hogy kódban kiváló, élvezeti értéke nagyon kevés volt.)

Oldschool demo

Reksio. Tiszta Basic C64 demó? Zenét leszámítva persze. Ez most elgondolkodtatott. Megint volt egy csomó invite + scroller. SilyVenture kettőt is kapott. Azokat annyira nem szeretem. Mélytengeri halak a Intro the Abyss-ban. A csernobilos sajnos nagyon tré volt, még akkor is, ha nehéz beszédszintit írni. Ez is a kódban kiváló élvezni nem lehet kategóriába tartozik. Utána már jött egy igazi oldschool demo, a Sincleres In Color.

Éjjel 2-re végeztünk. A napok kezdenek összecsúszni. Elő kell keresnem a pörgettyűmet, hogy tudja, ébren vagyok-e vagy álmodom.

Szólj hozzá!

Címkék: demoscene

Revision 2023 1. nap

2023.04.08. 12:54 Travis.CG

Tehát kiszálltunk a kisbuszból. Bevallom, még soha nem értem oda egyetlen demopartira sem nyitásra. Annyira nem nagy élmény, de egyszer ezt is ki kell próbálni. Legalább volt helyünk.

A csapat egy helyre cuccolt. Gyorsan nekiláttam release-t heggeszteni, hogy a maradék részek is stimmeljenek. Mivel eleve nem volt bonyolult, amit csinálni akartam, ezért nem is kellett sokat gondolkodni. Ahogy fogyott az idő, úgy mentem egyre inkább a "működjön" típusú megoldások felé a "szép legyenből".

Ahogy közeledtem a vége felé, egyre inkább elbizonytalanodtam, hogy be kellene-e adni. Végül megmutattam két embernek. Detox szerint amit csináltam, nem is demó, inkább wildba kellene beadni. Való igaz, hogy nem egy hagyományos látványvilága van (ha lehet egyáltalán látványvilágról beszélni), de futtatható állomány. Higher(Than)-nek viszont tetszett.

Beültem egy kezdőknek szóló szemináriumra, de túlságosan kezdőknek szólt, hogy hol lehet aludni, meg mit lehet látni a vásznon.

Elvittem a cuccomat a szálláshelyre. Egy kicsit eltévedtem, ezért lekéstem a ceremónia nyitását, viszont a Meteorikos díjra visszaértem. A kívülállóknak jegyzem csak meg, hogy ez amolyan demoscene Oscar. Még öltönyt és estélyi ruhát is viseltek! Egy partin, ahol az emberek a földön alszanak...

Kicsit elnyújtottnak éreztem. Sokfős csapatok mutatkoztak be, ha több kategóriába jelölték őket, akkor többször is megnézhettük ugyan azt a bemutatkozó videót.

Próbáltak viccesek is lenni, bizonyára azok is voltak, csak én voltam túl álmos, hogy elmosolyodjam. Mintha a tapsolási kedv is csökkent volna a vége felé.

Amin nagyon meglepődtem, hogy sok jelöltet nem is láttam korábban. Hogyan maradhattak ki? Ezt pótolni kell. Főleg, hogy van egy Linuxos jelölt is.

Szép számmal voltak magyar jelöltek. Netro a Raw-al, kp a piromán papírfigurákkal, Slays Bell a Let this darkness be-vel, Gargaj a Box-al. kp győzött is, de nem emlékszem miben, mert kétszer is jelölték.

Arra mindenesetre jó volt ez a hosszú esemény, hogy szinte teljesen befejeztem a demót. Megvolt minden rész. Így már be is lehetne adni, de arra gondoltam, kicsit polírozom.

Szólj hozzá!

Címkék: demoscene

Scenerré vedlés

2023.04.07. 14:08 Travis.CG

Az előadást nem tudtam levetíteni. A projektor nem kapott jelet egyetlen bemeneten sem. Kipakoltam a kábeleket, és ezt találtam:

kabel.jpg

A szikszalagozott förmedvényt kihúztam, majd rákötöttem valamit, amire azt gondoltam a projektor. Működött.

Leadtam életem legrosszabb előadásait. Eleve nagy élvezet úgy beszélni hallgatókhóz, hogy szoborrá merevedve néznek még akkor is, ha azt kérdezem, "lélegeztek?" Pislogni pislogtak, igaz ritkán. Kérdésekre viszont egy-két ember válaszolt csak. Az előadások így gyorsan lementek, és simán elértem a vonatot. A vonaton demót állítgattam. Átevickéltem Budapesten és csatlakoztam a csapathoz.

Mit mondjak az útról? Mint egy tipikus road movie. Kegyetlen sok részletet meg lehet ismerni más scenerek életéről. Tizennégy óra út emberekkel, akik eleve elég jól ismerik egymást. Az a rengeteg életút, sors, világnézet, amit végighallgattam... Rendkívül intenzív élmény volt.

Az autóval jól boldogultak a vezetők, egyedül a hátsó ablaktörlő élt önálló életet. A sok kocka közül senki nem tudta kikapcsolni.

Kiderült, mennyi zenész volt közöttünk. Megtudtam, hogy Citrus death metál dobos. Soha nem hallott zenei csoportosulások nevei röpködtek a fejem felett. "Igen, igen, és ismered XXX-t? - Persze, hogy ismerem, nagyon állatok." Én pedig eddig azt hittem, hogy a társadalom annyira fragmentálódik, hogy már nincsenek közös pontok.

A vonatra egy kutató szállt fel, de a kisbuszból már egy scener szállt ki. Bulizzunk.

Szólj hozzá!

Címkék: demoscene

Francos krumpli

2023.04.02. 15:57 Travis.CG

Azt hiszem, egy kicsit kezdenek összecsapni a fejem felett a hullámok. Azt számolgattam, hogy ha időben elkészülök a Revision-re szánt demó grafikáival és a dialógusokkal, akkor lesz két hetem, hogy a demót összerakjam.

Csatlakoztam a Feryx vezette kisbuszos csoporthoz, hogy együtt menjünk a partira. Aztán elvállaltam, hogy április 6-án még megtartok egy összevont előadást kb. 200km-re. Azért mertem, mert eddig akárkikkel is mentem, mindig pénteken indultunk. Gondoltam, a csütörtöki előadás még belefér.

Természetesen a grafikákkal nem sikerült az általam felállított határidőre elkészülni, ezért két hétnél kevesebb időm maradt a demóra.

Az előadás fehérje szerkezetekről és filogenetikáról szólt, két olyan területről, amiről alig tudok valamit. A rendelkezésre álló diái pedig olyan elavultak voltak, hogy DOS-os programok leírását tartalmazta. Ami nem volt annyira ósdi, az meg egy az egyben a Wikipédiáról másolták. Oké, ezt át kell dolgoznom. Elvégre 2023-ban mégsem tarthatunk úgy egy fehérje szerkezeti órát, hogy ne beszéljünk az AlphaFold-ról, amikor már a hírportálok tudományos rovatai is tele vannak vele.

Feryxéktől megkérdeztem, mikor indulunk, amire az volt a válasz, hogy este 8-kor. Hmm. Ez elgondolkodtatott. Péntek este akarnak indulni, vagy van még egy információ morzsa, amiről nem tudok? Volt valami, amiről nem tudtam, de az nem egy morzsa volt, hanem egy információ rög. Csütörtökön tervezik az indulást.

Oké, összecsapom a három órás előadást, két órára, és akkor elérek egy olyan vonatot, amivel lekéshetem az indulást. Ez nem jó. Aztán eszembe jutott Unreal, aki szintén ebből a városból indul Revision-re. Gyorsan felvettem vele a kapcsolatot, de kiderült, ők normális időben akarnak indulni, tehát rá nem számíthatok.

Maradt az az opció, hogy Feryxék indulását szabotálom. Be tudom rendesen fejezni az előadást, kényelmesen elérem a vonatot, legfeljebb többet csuklom a kelleténél, ha megint összeszedek egy másfél órás késést. (Tapasztalt vonattal utazó vagyok, a késés rekordom 2 és fél óra, ugye Netro?)

Összegezve: Az előadással nem vagyok kész. A demóval nem vagyok kész. Elutazom előadást tartani, visszautazom Revision indulásra, majd az éjjel megyünk ezer kilómétert.

Szólj hozzá!

Címkék: demoscene életmód

Készülődés Revision-re (2023 kiadás)

2023.03.30. 18:07 Travis.CG

Elhatároztam, hogy animációt fogok készíteni. Sztorival, mert a sztori demók jók. Mindenki szereti a sztori demókat, nem? A sztorihoz forgatókönyv dukál, ezért azt is írtam. Ez nagyon jó keretet adott a demó elkészítéséhez.

Majd rádöbbentem, hogy a demóban párbeszédek lesznek, amit nekem valahogy össze kell hozni. Nem vagyok egy Pogány Judit, aki egymaga szereplők tucatjait szólaltatja meg, viszont van számítógépem. Úgyhogy nekiláttam szinkronszínészt és rendezőt játszani egy személyben.

A forgatókönyvből csináltam egy olyan kivonatot, amiben minden szereplő szövege egy helyen szerepel, majd felolvastam őket. Azzal, hogy egyszerre csak egy szereplő hangját kellett adnom, és nem kellett váltogatnom közöttük, úgy érzem sikerült minden karakternek egy konstans hanglejtést adni.

A felvételt videókamerával csináltam, ezért először a hangsávot kellett kiszedni. Erre a VLC-t használtam. A kimeneti eszköznek ugyanis meg lehet adni fájlt. A hangokat betöltöttem FL Studioba és megkezdtem a munkát.

Ha másra nem is jó a bénáskodásom, arra biztosan, hogy nagyobb alázattal nézek ezek után mindenkire, akinek a szakmájában a hang szótag szerepel.

Edisonnal először szétvágtam a hangokat párbeszéd elemekre. Minden karakter saját hangsávot kapott és dedikált csatornát a mixerben. Ez sokat segített nekem, mert a párbeszédek sokkal követhetőbbé váltak. Amikor valamit ki akartam javítani, rögtön megvolt a helye és anélkül cserélhettem ki a dialógust, hogy a teljes felépítés borult volna.

A mixerben pedig egy helyen tudtam beállítani a torzításokat, amelyek a történet teljes egészében konzisztensek maradtak.

Aztán jöttek a problémák. Mivel a felvétel nem stúdió körülmények között zajlott, volt egy kis zaj. Ez annyira nem volt zavaró, de miután emeltem a hangmagasságon, rányomtam egy kis EQ-t, mindjárt nagyon feltűnő lett. Erre elkezdtem zajszűrőzni a nyers anyagon. Abból meg robot-szerű hangok lettek az EQ után.

Volt két rossz eredményem, de én sikeresen csináltam egy harmadikat belőle. Ahelyett, hogy eldöntöttem volna, hogy melyik megoldást választom és következetesen végigviszem, néha zajszűrőztem, néha nem, attól függően, hogy milyen kedvem volt, és mennyire pánikoltam a határidők miatt.

Mi tagadás, nagyon örültem volna egy nem destruktív hangszerkesztőnek. A grafikai és videószerkesztésben egyre több program épül erre, de az FL Studióban ha meggondolom magam Edison használata után, akkor vége. A nyers fájltól kezdve újra végig kell csinálnom minden szerkesztési lépést.

Azért sikerült összehoznom egy vállalható hangfájlt. (Illetve egy hangfájl, hogy mennyire vállalható, arról majd a kritika dönt.)

Mindent kiexportáltam OGG-ba, majd mentem Linux alá. Az demóimat a zene aktuális pozíciója szokta meghatározni, nekem meg be kell írnom, hogy az egyes jelenetek mettől meddig tartanak. A párbeszédet ezért betöltöttem Audacity-be, majd kijelöltem részeket. Most vettem észre, hogy minden kijelöléshez adhatunk egy címkét. Úgyhogy szépen el is neveztem a részeket.

A legjobb, hogy a címkéket ki is lehet exportálni szövegbe! Ha ezt korábban tudtam volna! Fiatal kori éveimet nem pazaroltam volna el kézi másolgatásra.

Szólj hozzá!

Címkék: demoscene

A kollaboráció gyümölcse

2023.03.26. 23:22 Travis.CG

Régen a moziplakátokon voltak egymondatos szövegek, hogy az emberek az alapján is tudjanak dönteni, hogy megnéznek-e egy filmet. Manapság erre már nincs szükség, mert mire megjelenik a film, már annyi információt csöpögtetnek el, hogy egyetlen mondat a plakáton nem fogja befolyásolni a nézőt. Az egyik ilyen egy mondatos szöveg az volt, hogy "ha kettős életet élsz, kétszer annyi veszély les rád".

Ez a mondat a tudományos körökben úgy hangzik, hogy ha két munkahelyed van, kétszer annyi publikációs kötelezettségnek kell megfelelned.

A cikk rám eső részében egy targetált, nagy mélységű szekvenálást kellett elemezni. Az smCounter2-t használtuk, amiben már volt némi rutinom. Ha jól emlékszem, ekkor még nem érkezett meg a Semmelweis saját szervere, ezért külső gépeken futtattunk. Sajnos az smCounter2 Dockerben futott, amit a rendszergazdák nem nagyon akartak rendelkezésünkre bocsátani.

Azon a szerveren egyébként is megtűrt emberek voltunk. Folyton a tárhely miatt ment a huza-vona, mert mindenki rengeteget akart használni. Mi pedig nem voltunk alku pozícióban.

De ha az ember több helyen dolgozik, akkor nem csak az elvárások sokasodnak meg, hanem az erőforrások is. Ezért én abban a szerencsés helyzetben voltam, hogy át tudtam szervezni a dolgokat, és időre el tudtam készíteni az eredményeket egy másik gép felhasználásával. Ahol ráadásul akkor raktam fel Dockert, és akkor futtattam, amikor csak akartam.

A kollaboráció másik nagy előnye, hogy az ember helyett megírják a cikket, ami persze azt is jelenti, hogy nincs sok befolyásunk arra, mikor is jelenik meg. Valamikor 2019-ben fejeztem be az elemzést, és most jelent meg. Jobb később, mint egyszer sem.

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A nagy fogás

2023.03.16. 17:40 Travis.CG

Rendszeresen kimegyek a helyi bolhapiacra, hátha találok valami érdekeset. Legutóbb elég szegényes volt a kínálat, de van egy árus, akinél szoktak lenni műszaki cuccok. Például egy tápegység nélküli C64, amit hónapról hónapra kihoz. A gép mellett most két kazettás egység is volt, láttam egy PS2-t, és egy Sega Megadrive 2-t.

Alapvetően nem vagyok konzol párti, játékokkal is csak keveset játszom. Most mégis megkérdeztem, hogy mennyibe kerül a Sega. Az eladó 3000-t kért érte, de mondta, hogy nincs hozzá semmi. Se tápegység, se kontroller, se kábel. Lehet, hogy nem is működik. Gondoltam, háromezerért megéri. Ha nem jó, legfeljebb odaadom Grassnak alkatrésznek. Még motoszkált is a fejemben, hogy fel kellene hívni, hátha tud valami okosat mondani nekem, de úgy gondoltam, ez jó vétel lesz.

Az árust annyira azért ismertem, hogy tudjam róla, ha értékes portékája van, annak megkéri az árát. Megnyugtattam magam, hogy biztosan a tápegység hiánya miatt adja olcsóbban. Mikor felemeltem, meglepően könnyű volt, de annyira örültem, hogy nem tulajdonítottam neki nagy jelentőséget.

Hazafelé azon gondolkodtam, hogyan fogom rajta megnézni a demókat? Például az Overdrive 2-őt?

Milyen perifériák kellhetnek, hogy az ember fejlesszen rá?

Otthon észrevettem, hogy van egy kis bővítőport az oldalán. Viszont a panel mögött nincs semmilyen csatlakozó. De még ekkor sem fogtam gyanút. Azt gondoltam, biztosan mélyebben van a csati, azért nem látom.

Elkezdtem keresgélni róla dolgokat, de nagyon zavart, hogy a Duckduckgo egyfolytában a mini verzióról adott találatokat, nem tudtam beállítani olyan szűrési feltételeket, hogy a mini kulcsszó nélkül jelenjenek meg találatok. Ezért nem is tulajdonítottam nagy jelentőséget annak, hogy a képek kicsit mások, mint a készülék, ami nálam van.

Az i-re a pontot ez a videó tette fel. De az én verzióm még ennél is gagyibb, mert hiányoznak a bővítőportnál látható kapcsolók. Bár őszintén szólva nem biztos, hogy jobban érezném magam, hogy a "csak gagyi" verziót szereztem volna meg a "gagyibbnál is gagyibb" helyett.

Így néz ki:

segaclone1.jpg

A kedvencem az 16 bit úgy maszkírozva, hogy 1Gbit-nek tűnjön. A belseje is nagyon tanúságos:

segaclone2.jpg

Minek kellett a procikat epoxival lecseppenteni? Attól féltek, hogy valaki ezt is lekoppintja? Egy multiméterrel végignéztem azért, már amennyire én értek ezekhez. Szakadás nincs benne, lehet, hogy valamit képes megjeleníteni a TV-n.

Szólj hozzá!

Címkék: életmód

Minden, amit a CellRangerről tudni akartál, de féltél megkérdezni

2023.03.06. 17:58 Travis.CG

A fejlődés nem áll meg. Míg az első egysejtes elemzésemnél a jól bevált genomikai módszereket gyúrták át az egysejtes világ igényeinek megfelelően, addigra mára sokkal kiforrottabb céleszközök segítik a kutatók életét. Az egyik ilyen eszköz a CellRanger, amit a 10x Genomics ajánl a mintáik elemzéséhez. Habár úgy tűnik rengeteg információ van róla a dokumentációban, azért könnyű elveszni benne. Ezért álljon itt néhány dolog, ami segít eligazodni a káoszban.

A CellRanger melyik alprogramját futtassam?

Három alprogram van: count, multi, aggr. Count: egyféle mintán kell futtatni. Multi: többféle adat van ugyan ahhoz a mintához. Aggr: van több minta. A 10x dokumentációja nem program szerint csoportosítja a leírásokat, hanem kísérleti elrendezés szerint. Tehát a count három helyen is szerepelhet. Erre figyelni kell. A különbség legtöbbször nem is a paraméterekben van, hanem a paraméterként beadott CSV-ben. Egy oszloppal kevesebb, és más elemzésed lesz.

Hol vannak a nyers eredmények?

Az eredmény minden esetben egy mátrix lesz. A mátrix megvan egyben, H5 formátumban, vagy három tömörített fájlban. Barcodes.tsv.gz: ez a sorok azonosítója, kis túlzással ezek lennének a sejtek, ha egy tökéletes világban élnénk. Features.tsv.gz: ez az oszlopok azonosítója. Gyakorlatilag a gének. Matrix.mtx.gz: Ez a mátrixunk. Első oszlop a sor száma a barcodes fájlból, a második az oszlop száma a features-ből, a harmadik a cella értéke. Nullás cellákat nem tartalmaz, hogy spóroljanak a hellyel.

Nekem X darab mintám van, hogy találom meg ezeket egyetlen táblázatban?

Itt kezdenek érdekesek lenni a dolgok. Az aggr kimenetében a barcode azonosító végén van egy -x, ahol x a minta számát jelöli. Tehát ha három mintánk van, akkor lesz -1, -2, -3 végű barcode-unk. A sorrend az lesz, amit az aggr-nak paraméterként a CSV fájlban megadtunk.

Miként tölthetem be ezt R-be?

A DropletUtils csomag használatával. Ez elkészíti a SingleCellExperiment osztályt, amit az összes többi Bioconductor csomag is használ. Betölti a H5-t is, de kezeli a három különálló fájlt is.

Miként tölthetem be ezt Pythonba?

A Scanpy csomag read_10x_h5() vagy read_10x_mtx() metódusaival.

Hol vannak a molekulalác szekvenciák?

Ha volt VDJ meghatározás is, akkor FASTA formátumban megvannak a szekvenciák a vdj_reference alkönyvtárban.

Hogyan tudom megfeleltetni a molekulaláncokat és a barcode-okat?

Van egy táblázat filtered_contig_annotations.tsv néven, ahol felsorolják a barcode-okat és a clonotype-okat, ami az oldalláncok nevei.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

chatGPT, a bioinformatikus

2023.02.23. 15:04 Travis.CG

Megmondom őszintén, én nem értem, mi ez a nagy hype a DumcsiBot körül. Jönnek az arcomba a hírek, hogy a Google felvenné, mint programozót, emberek lelki szemetesládának használják, tízszeresére növeli a produktivitást, vagy egyszerűen csak verset ír Hamupipőke ürítési szokásairól.

Összehasonlítva a StableDiffusion-el, ami egy képességet ad hozzám, ami nincs nekem (nevezetesen a rajzolást), addig DumcsiBot semmi olyat nem tud, amit én ne tudnék. Én is tudok írni, én is tudok programozni, én is képes vagyok nagyobb szöveget összefoglalni. Igaz, engem nem venne fel a Google és Hamupipőke WC használati szokásait sem írnám le olyan odaadással, de ettől függetlenül a képességek csírái megvannak bennem.

Maga a technológia szerintem ígéretes, és már most is jól használható olyan esetben, mikor nem tudom pontosan beírni a Duckduckgo-ba a keresőszót, mert csak homályos fogalmaim vannak a dologról. Ekkor egy beszélgetés során jobban előjön, hogy mit is akarok igazán.

Amit én problémának látok, hogy az emberek azt hiszik, ez a program gondolkodik, mert szöveget generál. De ez nem igaz. Egy politikusokról sem gondolja senki, hogy gondolkodik, csak azért, mert szöveget generál. Onnan lehetne gyanítani, hogy a rendszer gondolkodik, hogy tudja, mikor NE generáljon szöveget. (Amire ugye a chatGPT-hez hasonlóan a politikus is képtelen.)

Szerintem a rendszer azért olyan sikeres, mert az emberek imádják a sok szöveget (gondoljunk csak a pletykákra, meetingekre, vég nélküli telefonbeszélgetésekre), ez a rendszer pedig pontosan ezt adja meg nekik. Rengeteg szöveget. Például az emberek megkérdezik a Dumagépet azokról a dolgokról, amit tudnak. Miért? A Google-be ki szokta beírni, hogy mennyi 5 + 5? Senki. De a chatGPT-nek feltesznek ilyen fajsúlyú kérdéseket, és élvezettel nézik, hogy milyen válaszokad ad.

Viszont feltehetünk olyan kérdést a Szószátyárnak, amire nem tudjuk a választ? A helyzet az, hogy nem érdemes, mert a sok szövegnek sok az alja elv alapján rengeteg marhaságot is kapunk, amit a kellő hozzáértés nélkül nem tudunk kiválogatni. Ilyen esetben nem kapjuk meg a hőn áhított 10x produktivitást. Mint, ahogy a következő eset is mutatja:

A szakdolgozóm is azt gondolhatta, a sok szöveg jó. A témájához eddig írt egy használható Bash szkriptet, ami működött. Azt kértem tőle, hogy írja át Snakemake-be, hogy egy nagyobb adatszetten is lefuttassuk. A Bash szkript 4 lépést tartalmazott, gondoltam ezt elég egyszerű feladat lesz átírni. Azt vártam, hogy a végén megérti a Snakemake működését, ugyanakkor lesz egy hatékony kódunk, ahol nem kell sokat vacakolni, ha munkafolyamatot újra kell indítani.

Pár nap múlva jelezte, hogy a Snakemake fájl elkészült, de valami miatt nem megy, nézzem meg. Megnyitottam a fájlt, és majdnem lefordultam a székről. Néztem a kapott fájlt, és nem értettem, amit láttam. Voltak benne szabályok, voltak benne "dolgok", de az egésznek nem volt semmi értelme. Mivel a szakdolgozóm értelmes, a szkriptet viszont láthatóan egy hülye írta, arra kezdtem gyanakodni, hogy a chatGPT a ludas. Neki is szegeztem a hallgatómnak a kérdést, mire csak annyit mondott, hogy "ötleteket merített". Bizonyára jó nagy kanállal merítette az ötleteket, de az eredmény így sem különbözött egy Hamupipőke-vers alapanyagtól.

Ezek után nem is próbáltam kijavítani a bughalmazt, hanem megírtam nulláról. Lehet, hogy a Google felvenné, de nálam a chatGPT nem lehetne szakdolgozó.

4 komment

Címkék: machine learning

Retro hétvége

2023.02.13. 22:35 Travis.CG

Kislányom mostanában versenyeset szeret játszani. Kiválasztunk játékfigurákat, akik összemérik tudásukat különböző versenyszámokban. Gondoltam, megmutatom neki a Summer Games nevű játékot és egyben beüzemelem a C64-t is, ne csak porosodjon.

A cucc pöccre indult. Szépen betöltődött az intro, ahol meggyújtják az olimpiai lángot. Azután újabb töltés következett. Lányom értetlenül nézett:

- Mikor lehet vele játszani?

- Majd, ha betöltődött.

- És már betöltődött?

- Nem, ennek idő kell, nem olyan, mint egy tablet.

Kb 10 másodperc múlva:

- Még mindig tölt!?

- Igen, ez régi technika. Ennek idő kell.

A játékban ki lehet választani melyik ország színeiben induljunk, és az adott ország himnuszát is lejátssza. Ez már tetszett neki. Nekem is új élmény volt, hogy értettem a játék utasításait. Gyerekkoromban még nem tudtam angolul, mindig csak találomra nyomkodtam a gombokat. Arról viszont megfeledkeztem, hogy ez a játék milyen nehéz. Minden egyes versenyszámnak van egy speciális mozdulatsora, amit végre kell hajtani a joystic-al. Ezek jó részét elfelejtettem, ezért a toronyugrásnál jó nagy hasasokkal placcsantunk a vízbe. A játékban a bírók meg adták a 0 pontokat. A dolgot nehezítette, hogy időnként lefagyott a játék, és újra kellett indítani, betölteni mindent előröl.

Ettől gyermekem nagyon ideges lett, ezért kerestem neki egy másik szórakozást. Ezen a lemezen volt még a Suicide Express is, ezért betöltöttem neki azt. Ez is egy ritka nehéz játék, de ezzel nagyon jól elvolt.

Mikor megunta és magamra hagyott, gondoltam kipróbálom a kazettás egységet is, mert a Wizard of Wor azon van. Arra még emlékeztem, hogy be kell tölteni a Super Turbo-t, de onnantól már nem tudtam, milyen parancsot kell használni. (Később Grass világosított fel, hogy a <-L a megoldás).

Mikor pakoltam el a cuccokat, azt vettem észre, hogy a tápegység vezetékén ragacsos, szürke rágógumi-szerű trutymó van rajta. Megijedtem, hogy a szigetelés kezd leoldódni. Mi lesz, ha tönkremegy a tápegység? Honnan fogok szerezni másikat?

Ahogy törölgettem a ragacsos izét, észrevettem, hogy alóla előtűnik némi szöveg. Hmm, akkor nem a szigetelés válik folyékonnyá, hanem valami ráfolyt. A C64 szekrényében semmilyen vegyszert nem tárolok. Elkezdtem kutakodni, mire megtaláltam a trutymó forrását. A Sun billentyűzetének gumi talpa elfolyt. Ettől egy kicsit megkönnyebbültem, bár a takarítást nem úsztam meg.

trutymo.jpg

Később megismételtük a retro kalandozást. Akkor már a Turbo-t is tudtam kezelni. A Wizardozás után ismét egy nagyot gondoltam, és elővettem az egyik vásárolt játékot. Igen, annak idején vettem játékot! Naivitásomat jelzi, hogy én akkor azt hittem, eredeti játékot veszek egy magyar piacon. Csak otthon derült ki, hogy a kazetta borítóját filctollal rajzolták. Ennek ellenére mind a mai napig megtartottam.

starg3.jpg

Ezzel a játékkal én még egyszer sem tudtam játszani. Ezzel a játékkal még egyszer nem játszottam, mert nem tudtam betölteni. Egy homályos emlékem van, hogy talán egy háttérkép betöltődött, de ez nem biztos. Azt gyanítom, hogy a kazetta rossz. Gondoltam 30 év után itt az ideje kipróbálni.

Most sem töltődött be. Néha villant egyet a képernyő, de más nem történt. A kazetta a végére ért és leállt. Én meg gondoltam egyet és megfordítottam, majd lenyomtam a lejátszás gombját. A töltődés folytatódott, de nem jelent meg semmi, amivel játszani lehetett volna. Újraindítottam a gépet és most a kazetta másik felét kezdtem el betölteni. Régen ugyanis a kazetta két oldalára ugyan azt a játékot másolták fel. A másik oldal is végigért, de nem töltött be semmit. Ismét megfordítottam a kazettát, és hagytam menni.

Ekkor betöltött egy grafikát! Hoppá, működik! Hagytam még forogni, és bejött a játék is.

A sok hűhó, 30 év várakozás után, amit kaptam az egy ritka béna defender klón volt. Mitől béna? Konkrétan vannak benne pályák, ahol az űrhajóval nem lehet mozdulni. Az életek száma nem látszik. Egyes ellenségek csak villognak, de szétlőhetetlenek. Egy idő után a kis űrhajó elhagyja a bolygót, amit véd, és megindul az űrben. Ezt nem jelzi semmi, véletlenül vettem észre, hogy tudok előre mozogni. Néha beleakadtam grafikai elemekbe, amelyeket  végül kikerültem. A játék csúcspontja, amikor elérjük a játék nevét adó G3-as űrállomát. Ez az űrállomás lő kettőt, majd vége a játéknak. Szétlőni azt sem lehet, majd egyszer csak újra a bolygó felszínén vagyunk, és minden kezdődik előről. Olyan, mint egy béta állapotú játék kezdemény. Nem valószínű, hogy még egyszer előveszem.

De ezen felbátorodtam, úgyhogy legközelebb egy másik vásárolt játékot, a Démonok Birodalmát fogom előkaparni. Az biztosan eredeti, és azzal tudtam is játszani, bár nem jutottam el minden pályára. Grass viszont megmutatta, hogy van hozzá végigjátszás, úgyhogy azt még fogom nyüstölni. Összességében elégedett vagyok az eredménnyel.

game.jpg

Szólj hozzá!

Címkék: c64 Sun

TV borzalom

2023.02.10. 22:50 Travis.CG

Az ünnepek alatt a családok látogatásánál van egy kis retro érzés, mert ott még szoktak TV-t nézni, sőt még a beszélgetések egy része is a TV műsorokról szólt. Ez a rosszabb helyeken éneklős-táncolós-SMS-szavazós műsorokat jelent (tudjátok, sztárok, akik más sztárokban vannak, mindenféle szexuális utalás nélkül), a jobb helyeken ismeretterjesztő műsorokat fed le. De azért utóbbiaknál is észnél kell lenni.

Az egyik műsor a Naprendszer bolygóit mutatta be, éppen a Plútónál jártak, ami nem is bolygó, de mindegy. Még én is szívesen belenéztem, mert a New Horizons eredményeit is bemutatta. Az elejével nem is volt semmi baj. Lehetett gyönyörködni a vulkánokban, amik nem lávát, hanem jeget lövelnek ki magukból.

Aztán jöttek a pontatlanságok. Például rámutattak egy vörös foltra, ami szerintük ammónia. Ezen annyira nem akadtam fel, mert az ilyen ismeretterjesztő műsorok szeretnek egyszerűsíteni. Tehát bármilyen ammónia csoportot tartalmazó vegyületre simán rámondják, hogy ammónia, hogy egyszerűbb legyen. Még akkor is, ha minden általános iskolás tudja, hogy az ammónia színtelen.

De amin már összehúztam a szemöldököm, az a következő volt: A Plútó légköre napfény hatására bomlik és a bomlástermék összeáll nehezebb molekulatömegű anyagokká, amelyek eső-szerűen hullanak az égitest felszínére. Bár a képeken ugyan olyan vörös volt, mint az "ammónia", ezek valójában a nukleobázisok. Itt lefagytam egy pillanatra. Mi van? Jó értem? DNS-eső hull a Plútón?

Elkezdtem a netet böngészni, hogy találok-e erre utaló anyagot, de nem leltem. Nem értem, hogy egy tudományosnak nevezett műsorba miért kell ilyen hülyeségeket mondani?

Bár, igazából nem értem, miért vagyok kiakadva a TV-re. Hiszen voltak olyan sorozatok, ahol angliai szellemjárta kastélyokat mutatnak be. Minden hétre jut egy, ezért csakis az én hibám, hogy kint tartózkodásom alatt egyetlen kísértetbe sem botlottam. De említhetnék egy történelmi témájú csatornát is, ahol földönkívüliekről mennek sorozatok.

Anyósom rendszeresen lehord, mert nem nézek TV-t. Azt szokta mondani, ezért nem tudok semmit a világról.

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás

OpenCV GUI Windows-on

2023.02.02. 19:11 Travis.CG

A feleségem pollencsomókat is vizsgál. Anélkül, hogy túlságosan elvesznénk a részletekben, a lényeg az, hogy fotókat készítenek egy nagy tál pollenről és azokat megszámolják, osztályozzák szín szerint.

Mikor megláttam, azonnal felajánlottam, hogy készítek nekik egy elemző programot. A prototípust Linuxon kezdtem el, mert én már csak ilyen vagyok. El is készült a prototípus, ami a lehetőségekhez képest elég jól megszámolja a polleneket. Azért mondom, hogy a lehetőségekhez képest, mert a program nem használ semmilyen mélytanulást, csupán színek alapján különböző maszkokat állít össze, végül pedig a FindContours segítségével körberajzolja a pollencsomónak titulált dolgokat (meg persze néhány műterméket).

A következő lépés az lett volna, hogy az elkészült programot odaadjam neki tesztelésre. Igen, de hogyan készítsek Windows-os programot GUI-val? C#-ban már alkottam dolgokat, ott nagyon könnyű a GUI elkészítése. C++-ban viszont elég kényelmetlen Win32 API-val meg a béna Resource Editorral. Hallottam, hogy van egy MFC is, de azt már 20 évvel ezelőtt sem bírtam megtanulni, nem valószínű, hogy most jön meg az ihlet. Az OpenCV HighGUI modulja meg olyan, mintha párbajhoz egy villát kapnánk.

Azért hagytam, hogy a Visual Studio mindegyik megoldással elém rakjon egy-egy projekt vázat. Néztem őket két percig, majd letöröltem valamennyit. Nem, erre még az asszony sem vesz rá.

Ha már ennyire szeretem a C#-ot, van-e arra OpenCV? Van. Számtalan port, wrapper, minden vacak van. Ez jó hír, már csak azt a megoldást kell kiválasztani, ami a legjobban tetszik nekem. A lustaság az Emgu modult választatta velem. Ez ugyanis a NuGet csomagkezelővel gond nélkül felmászik.

A kód portolása nem ment gond nélkül. Az Emgu ugyanis sok OpenCV-ben megszokott osztályt C#-os megfelelőkkel helyettesít. A függvényeket az Emgu.CV.Invoke-ban találjuk, de bizonyos függvények megtalálhatóak az Image osztály metódusai között is. Ez egy kis kavart jelent, amikor az ember a dokumentációt bújja. A megszokott típusok az Emgu.CV.Structure alatt vannak, de egy M előtaggal. Tehát a legtöbbet használt Mat típus az Emgu.CV.Structure.MCvMat lesz. A konstansok pedig az Emgu.CV.CvEnum alatt gyűlnek. A függvények paraméterezése is változhat a C++-os változathoz képest, amit valamennyire ellensúlyoz az IntelliSense.

Az Emgu igazi erőssége abban rejlik, hogy van saját ImageBox eleme, amit egy egér mozdulattal a formra pakolhatok és használhatom a C# összes további elemét, hogy GUI-t építsek. Az ImageBox ráadásul beépített menükkel érkezik, amivel nagyíthatjuk a képet, hisztogrammokat rajzolhatunk, de akár a képet is lecserélhetjük egyetlen kód beírása nélkül.

Az első fordítással megszenvedtem, mert a kód csak 64 bites architektúrát támogat, és amíg ezt nem állítjuk be a Platform target-et x64-re (Project -> Properties -> Build), addig futási időben kivételt fog dobni. Utána viszont elfelejthetjük a HighGUI összes limitációját.

1 komment

Címkék: programozás opencv

A textúra glitch nyomában

2023.01.16. 09:15 Travis.CG

Mint már említettem, az Experience-re szánt demó nem egészen úgy nézett ki, ahogy szerettem volna. Ezt egy kicsit kifejtem. A textúrázott elemek nagy része jól mutatott, de a modellek bizonyos részei csíkosak maradtak, mintha a GL_CLAMP lett volna beállítva a textúra paraméternek.

Az egyetlen probléma, hogy én ezt a paramétert nem állítottam be. Vagyis egy újabb bugot kell megtalálnom.

Először arra tippeltem, hogy biztos rossz méretet foglaltam le a memóriában a textúra koordináták tárolására, ezért kimászok a rendelkezésre álló memóriából. Azért gondoltam erre, mert a úgy tűnt a glitch modell azon részén jelenik meg, amelyek az utolsó textúra koordinátákat kapják meg.

Hamar kiderült, hogy erről szó sincs.

Jobb híján betöltöttem csak egy textúrázott kockát, és azt kezdtem szemügyre venni. Elsőre úgy tűnt, csak két háromszöget érint a hiba, de nem tudtam melyik kettőt. Fogtam magam, és az összes háromszögnek ugyan azt a textúra koordinátát adtam. Minden háromszög egyforma lett, kivéve a két hibásat, amelyek továbbra is hibásak maradt.

Blenderben a textúrára számokat rajzoltam, hogy lássam, melyik háromszög melyik textúra részletet kapja. És ekkor jött a meglepetés. Eddig azt hittem, csupán két háromszög kap hibás textúra koordinátákat, de a számok szinte mindenhol rosszul jelentek meg. Ez furcsa volt, mert a demóban van egy rész, ahol egy henger belső palástjára rakok textúrát, és az csak a széleken volt hibás.

Akkor arra tippeltem, hogy az OBJ formátum betöltésénél lesz a probléma. Erre korábban azért nem gyanakodtam, mert már régebben is készítettem demót annak a kódnak a felhasználásával, mégsem volt semmi gond.

A printf függvény, mint debug eszköz segítségével megállapítottam, hogy a formátum betöltésével nem is volt baj, még a memória sem szivárgott.

Az adatok beolvasása tehát jó, de amikor átadom az OpenGL-nek, akkor elkövetek valami hibát, ami miatt ott rosszul jelenik meg. Ezzel sikerült a hibás részt két metódusra szűkíteni. Ezt kezdtem el tüzetesebben végignézni.

Legtöbbször amikor nézek egy kódot, akkor általában azt látom, hogy ennek jónak kell lennie, és nem értem miért nem működik. Most viszont nem tudtam megmondani, miért, de úgy éreztem, hogy a kód rossz. Nem tudtam megmondani, miért rossz, de abban biztos voltam, hogy itt a hiba.

Mivel nem jutottam közelebb a megoldáshoz, lekapcsoltam a gépet, és elképzeltem, hogyan is próbálja az OpenGL beállítani a textúra koordinátákat. Azután fürdés előtt beugrott. Hát persze! Amikor betöltöm a modellt, a vertex koordináták megkapják textúra koordinátákat is. Csakhogy én indexeket használok, hogy ne kelljen többször felhasználni a vertex koordinátát. De egy vertex több textúra koordinátát is kaphat, attól függően, hogy melyik síkidomra illesztem a textúrát.

A hengernél nem is láttam hibát, mert ott egy vertex egyetlen textúra koordinátát kap, kivéve ott, ahol a henger záródik. A kockánál viszont minden csúcspont több síkidomnak is része, tehát felülírtam a textúra koordinátákat.

Átírtam a kódot, hogy minden vertex többször forduljon elő, ha több textúra koordinátát is kap, és voilá! A glitch eltűnt.

Szólj hozzá!

Címkék: programozás demoscene opengl

Windows túloptimalizáció

2023.01.14. 15:20 Travis.CG

Sajnos nem értek annyira a Windows-hoz, mint kellene, de ez nem szokott megakadályozni abban, hogy "optimalizáljam" a rendszert. Az optimalizáció abból szokott állni, hogy nézem a szolgáltatásokat, és amelyiknek nem tetszik a neve vagy a leírása, azt lekapcsolom. Ha semmi furcsát nem látok a rendszeren, akkor úgy hagyom.

Egy fél év után kicsit furcsa volt, hogy már egy ideje nem kapok frissítéseket, de nem foglalkoztam vele különösebben, azt hittem ez a rendszer is elérte azt a pillanatot, amikor a Microsoft elengedte a kezét. Én egészen jól megvoltam, ment a videó vágó, a kedvenc játék működött és futottak a demók. A többi nem érdekelt.

Aztán láttam egy jó kis csomagot Sysinternals néven, és úgy gondoltam, hasznos lenne nekem. Mert igaz, hogy nem értek a Windows-hoz, de miért ne állítgassam még jobban? A programot csak és kizárólag a Microsoft Store-ban lehet megszerezni (igen, van live verzió, ami a neten fut, de az nem az én gépemen van). Legnagyobb meglepetésemre a Store nem működött...

Abban biztos voltam, hogy 8 hónappal ezelőtt még működött, mert egy másik programot onnan szereztem be, de hogy mi történt közben, amitől elromlott, azt nem tudtam. Illetve sejtettem, a sok rendszer szolgáltatás kapcsolgatása a ludas, és már a fene sem emlékszik, hogy melyiket mire állítottam.

A legfurcsább az volt, hogy a Store szerint nem kapcsolódok az internetre, holott ment a GTA, ment a böngésző. A programok lelkesen kutattak frissítések után.

Megint elkezdtem visszakapcsolgatni szolgáltatásokat, amelyek neve alapján úgy gondoltam, köze lehet a problémához. Egy csomót visszakapcsoltam, mégsem lett semmi haszna.

Kénytelen voltam a neten túrni segítséget. A legtöbb nagyokos azonnal a teljes rendszervisszaállítást javasolta, de ehhez nekem nem füllött a fogam. Annyi felesleges fájl van a gépemen, hogy azt mind nem akarom lemásolni, majd a visszaállítás végeztével visszamásolni. A sok, elvault fejlesztőkörnyezetről nem is beszélve, ami mind azért van telepítve, hogy egyszer majd egy demó készítésére fogom használni őket. Más megoldás kell.

Találtam egy megoldást, amivel csak egy komponenst lehet visszaállítani. Ez viszont nem akart működni. Továbbra sem látta az internetet.

Mivel igazából a Sysinternals nem nagyon hiányzott, a géppel meg mindent meg tudtam oldani, amit kellett, ezért nem volt nagy hajtóerő, hogy megoldjam a problémát. Minden nap kicsit turkáltam a fórumokat, klikkelgettem öt percig, majd hagytam a fenébe.

Egyik nap viszont valami miatt a frissítés kezelőt kezdtem el nézegetni. Láttam, hogy be van ragadva egy csomó frissítés. Ez az egyetelen dolog, amit soha nem piszkálok. Ha látom, hogy egy szolgáltatásnak köze van a frissítésekhez, akkor békén hagyom. Akkor meg miért nem működik?

Ekkor már gyanús volt, hogy valami nagyon el lett rontva. Észrevettem, hogy a Defender sem szed le újabb adatbázisokat. Mi a fene? Hekker támadás? Mi a túró van itt? Hirtelem megjött a motiváció, hogy rendbe rakjam a dolgokat.

Bár a böngésző és az online játék ment, azért megnéztem az eszköz kezelőt. Az ethernet vezérlő mellett egy sárga háromszög volt, hogy nem megy. Ha nem megy, akkor hogyan böngészek? Itt is rámentem a hibaelhárításra, a Windows dolgozott egy csomót, majd kiírta, hogy a hibát nem tudja kijavítani. He?

Azért még egyszer lefuttattam, de most sem jártam szerencsével. Végül találtam egy olyat, hogy hálózati rendszer alaphelyzetbe állítása. Kicsit hezitáltam, mert még elronthatom úgy a rendszert, hogy sehogy sem lesz internet a gépen, az pedig rosszabb a jelenlegi állapotnál. Végül megvontam a vállam, és ráklikkeltem, újraindítottam, és tényleg nem volt net.

Az eszközkezelőnél most már nem sárga háromszög, hanem egy nagy piros X szerepelt a hálózati vezérlő mellett. Ráklikkeltem a driver telepítésére, mire kiírta, hogy majd megpróbálja a netről is leszedni a megfelelő programot, ha nem sikerül elsőre telepítenie. Gondoltam magamban, azt ugyan próbálhatod.

Meglepetésemre feltette a drivert. Aztán ment a böngésző, ment a GTA. Huh, a nehezén túl vagyunk. Majd a Windows Update behozta a fél éves lemaradást. A vinyó úgy kerregett, azt hittem szét fog esni. Mindezek megkoronázásaként felment a Sysinternals is.

Csak ültem és néztem. Hmm. Ezek szerint nem az "optimalizációm" miatt nem ment a Store. Úgyhogy visszamentem a szolgáltatások listájára és elkezdtem kikapcsolgatni azokat, amelyek neve nem tetszett.

Szólj hozzá!

Címkék: rendszergazda

Befuccsolt ötletek 2: Apró programok Go-ban

2023.01.11. 13:32 Travis.CG

Mikor elkezdtem tanulni a Go-t, egyszerű kis progikkal kezdtem, amik megkönnyítették valamely munkafolyamat egy lépését. Az idők során összefogtam őket BUG néven, utalva rá, hogy a tanulás korai szakaszában még nem ment minden zökkenő mentesen.

Ahogy gyarapodtak a programok, úgy elkezdett érlelődni bennem a gondolat, hogy akár egy publikáció formájában is a világra szabadíthatom a programokat.

Egészen addig jó ötletnek is tűnt, amíg meg nem láttam ezt. A SeqKit nem csak azt tudta, amit az én programjaim, nem csak elegánsabban, de még Go-ban is íródott. Sőt, már négy évvel azelőtt elkészült a cikk, hogy én egyáltalán kitaláltam volna az egész koncepciót.

Mindent kitaláltak, mindent megcsináltak. Minek dolgozzak?

2 komment

Címkék: bioinformatika

Atyai tekintély

2022.12.24. 18:18 Travis.CG

Úgy döntöttem, itt az ideje, hogy frissítsem az asztali konfigurációmat egy jó kis videokártyával. Szét is kaptam a házat és elkezdtem nézni a kígyózó vezetékeket. Eddig két grafikus kártya pihent a gépben, de az új alkatrész önmagában is nagyobb teljesítményre képes, ezért úgy döntöttem, az új kártya egyedül is elég lesz.

Egyszer csak odaült a lányom mellém.

- A számtech tanár megmutatta ám, hogy mi van a gép belsejében - kezdte. Az én tanárom mindent tud a számítógépekről.

Bevallom, egy kis féltékenységet éreztem, de nem akartam a tanár tekitélyét csorbítani.

- Azért én is tudok egy-két dolgot a számítógépekről. Ha nem értesz valamit, amit órán mondanak, tőlem is megkérdezheted.

- Nem kell, mert az én tanárom mindent tud. Miért van itt ilyen nagy propeller?

- Az a központi processzor hűtője. Tudod miért kell rá hűtő?

- Ha nincs rajta, akkor a számítógép felrobban.

- Ezt a tanárod mondta? - erre nem válaszolt, csak megpendítette a hűtőbordákat. Tetszett neki a hangja. Annyira már ismerem a lányomat, hogy tudom, nem mindig úgy meséli el a dolgokat, ahogy azok megtörténtek.

- Tudod, én már sok hülyeséget csináltam számítógépekkel, de még egy sem robbant fel a kezemben. Ha nincs rajta hűtő, akkor túlmelegszik és leáll. Vagy el sem indul.

A hosszú magyarázatokat nem szereti végighallgatni, ezért még a felénél sem tartottam, amikor felállt, és otthagyott a szétszerelt géppel együtt.

Szólj hozzá!

Címkék: életmód

Az adat minden

2022.12.19. 12:07 Travis.CG

A Jurassic Park egyik üzenete, hogy az életet nem lehet bezárni, nem tudjuk irányítani. De ha Szent-Györgyi Albert gondolatait is belekeverjük, akkor mondhatjuk azt, hogy az élő állapotú anyag nem ül meg a fenekén. Banális dolog, de a biológusok könnyen megfeledkeznek erről, hiszen nap. mint nap azon dolgoznak, hogy kontrolláják az élő anyagot, mert ha kontrollálják, akkor megismételhető kísérletet tudnak csinálni.

Nem, ez nem pontos megfogalmazás. A biológusok azért feledkeznek meg erről, mert azt hiszik, amit csinálnak, azzal kontrollálják az élő anyagot. Itt van a logikai bukfenc.

Egy gyors kitérő, miről is van szó. A labormunkám során törzsgyűjteményt is kellett csinálnom, ami azt jelentette, hogy a felnövesztett baktériumokat, ami hordozott a kísérlet szempontjából fontos tulajdonságot, konzerválni kellett. A konzerválás abból állt, hogy glicerines oldatba tettük őket, majd bementek egy mínusz húsz fokos hűtőbe.

Mintha egy YouTube videón megnyomnánk a leállítást, minden életfolyamat megáll, majd ha elővesszük a hűtőből, akkor minden folytatódik, mintha mi sem történt volna. Jó, mi? A helyzet az, hogy az életen nincs stop gomb. A hűtő csak lelassítja a folyamatokat, meg nem állítja. Eléggé lelassítja, de teljesen nem állítja meg.

Mikor évek múlva előszedtek mintákat a törzsgyűjteményemből, egy részük döglött volt (ami jól mutatja, milyen ügyes is voltam a laborban), de amelyik élt is, az sem hordozta azt a fontos tulajdonságot, ami miatt eltettük. Persze lehet, hogy ez is az én ügyetlenségem miatt volt (az akkori témavezetőmnek biztosan még most is ez a véleménye), de az is lehet, hogy a minta megváltozott a hűtőben állás során. Olyan körülmények között, amikor nem kellene változnia.

A legújabb cikk is hasonló módon indult. Azt vették észre, hogy egy külső hatásoktól mentes sejtvonal, amelyiknek nem kellene változást mutatnia, megváltozott. Nem olyan drasztikusan, mint az én törzsgyűjteményemnél, de eléggé ahhoz, hogy felkeltse a kutatók érdeklődését.

Meg kellett mondanom, hogy az eltérés milyen mértékű. Gyakorlatilag mutációkat kellett összehasonlítanom. Akkor még a ritka betegségeken is dologztam, ezért az összehasonlítás mérékeként az oszlopdiagrammok mellé odatettem, hogy mennyi különbség van két testvér között. Ezek alapján látszott, hogy olyan kicsi a különbség, hogy akár ikrek is lehetnének. Illetve ikrek is, mert a minta ugyan az, csak az idő vas foga csócsálta meg kicsit.

A másik dolog, amit kértek, hogy "mi okozhatta"? Ez már egy fogós kérdés, ezért csináltam egy szignatúra elemzést. Ezt a kollégák nem értették, nem is tették bele a cikkbe. Röviden arról van szó, hogy a képződött mutációk nem véletlenszerűek. A mutációs mintázatból következtethetünk a mutációt okozó határsa. Ezt a rákkutatásnál szokták használni, de reménykedtem benne, hogy itt is ad valami kézzel foghatót.

Habár az eredmény nem volt olyan pontos, mint a tumor minták esetén, azért sikerült találni egyetlen szignatúrát. Ez a cirkadián ritmus volt. Ami azt jelenti, hogy az idő volt a főkolompos.

Az eredmény nem meglepő és nem is új. Már jelentek meg publikációk arról, hogy a "tutinak" gondolt sejttenyészetek, amiket a különböző laboratóriumok használnak, hogy "ugyanolyan" mintával dolgozzanak, az idők során labor specifikus tenyészetek lettek. Az evolúció nem áll le, az élő változik.

Ezért a szöveteket több szekvenálási technológiával is megszekvenálták, hogy legyen alapanyaga azoknak a kutatóknak, akiket részletesebben is érdekel a téma. Ez szerintem jó dolog. Jobb, mint ülni rajta, miközben nem jutunk vele semmire. Az adatok megosztásánál igyekeztünk a FAIR ajánlásoknak is megfelelni.

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Kódolom a kvantumszámítógépet

2022.12.14. 00:17 Travis.CG

Azért még mindig menőnek hangzik a legtöbb dolog, ha beletesszük a kvantum-izét, ezért nem is tudtam ellenállni a lehetőségnek, amikor a Wigner Jenő Központban meghírdettek egy kurzust, ahol kvantumszámítógépek programozását lehetett megismerni.

Milyen kvantumszámítógépet programozni? Az egész olyan, mint a régi viccben: Tudod, milyen a ló? Hát ez egyáltalán nem olyan. A kvantumszámítógép egyáltalán nem olyan, mint a hagyományos gépek, és egyáltalán nem olyan problémákra lehet használni, mint a hagyományos számítógépeket. (Bár van matematikai levezetés, amit azt bizonyítja, hogy a kvantumszámítógéppel minden olyan feladatot meg lehet oldani, amit hagyományos számítógéppel.)

Mivel még csak most kapargatom ezeknek az ismereteknek a felszínét, ezért az itt leírtakat tekintsétek még nagyobb fenntartással, mint az összes többit, amit eddig írtam.

Míg a hagyományos számítástechnika nagyon eltávolodott magától az elektronikus gépek működésétől, ezért manapság egy program tervezése során nyugodtan lehet gondolkodni egy magasabb absztrakciós szinten, nem kell azon agyalni, a tranzisztor milyen áramot enged át.

Mivel a kvantumszámítógépek még eléggé gyerek cipőben járnak, ezért ott ez a luxus nem adatik meg. Pontosan érteni kell, mi történik a kubitek szintjén, hogy értelmes kódot tudjunk írni. A kód, amit írunk, a kubitek kapcsolását adja meg. Valahogy úgy, mint az ENIAC-nál, ahol huzalozással programoztak. Annak idején konkrétan össze kellett kötni az elektronikus alkatrészeket. A kvantumszámítógépeknél is összekötjük őket, csak már nem kézzel, hanem egy Python kóddal. Szóval senki ne számítson arra, hogy Doom-ot portol rá a közeljövőben.

Mivel Python kóddal csak kapcsolásokat készítünk, ezért a végeredményt elég jól lehet emulálni hagyományos számítógépeken is (kevés kubit esetén az eredmény még gyorsabb is lesz, hahaha). Kérdezték is a kurzus során, honnan lehet tudni, hogy valódi kvantumszámítógépen fut-e a kódunk?

Onnan, hogy ezek a fránya kvantumszámítógépek nem általlanak zajosak lenni. Jön egy napkitörés, és azt sem tudja mennyi 2+2, sőt, minél több kubitet kapcsolunk össze, azok egymást is zavarni fogják.

Felmerülhet a kérdés, hogy ha még csak logikai elemeket kell összeilleszteni, akkor hogyan lehet hatékonyabb egy kvantumszámítógép? Nos, mindenben nem hatékonyabb. Viszont van néhány olyan terület, ahol jobb lehet. Az egyik terület a kriptográfia, a másik a mesterséges intelligencia. (A különböző fizikai szimulációkat most hagyjuk, mert az csak az emberek egy szűkebb körét érdekli csak.)

Ennek több oka van, de ami számomra a legérdekesebb, hogy a kubitek artimetikai műveletei között szerepel az állapotok valószínűsége is, emiatt a kubit aritmetika közelebb áll a mátrix műveletekhez, mint a hagyományos bitműveletekhez.

A gyakorlati feladatok között volt egy lineáris regressziós példa, ami bár nem volt szerencsés olyan tekintetben, hogy semmi használható eredményt nem adott (az előadó szerint nem megfelelő optimalizációt választott ), viszont remekül demonstrálta, hogy pár kubittel mindez véghezvihető!

Oké, de mindez hogyan néz ki a gyakorlatban?

Kvantumgép gyanánt az IBM ingyen elérhető felületét használtuk. Ez egy Jupyter Notebook-szerű felület, Python nyelven. A modul, amit használtunk a Qiskit. Mint említettem, a kvantumszámítógépet lehet emulálni, tehát bárki otthon is kipróbálhatja a kódokat.

A rendszer alapja a QuantumCircuit modul, amivel elkészíthejük a kubitek huzalozását. Ha összeállítottuk, amit szerettünk volna, akkor azt el kell küldenünk egy rendszernek az execute() utasítással, ami lefuttatja azt, hasonlóan egy job ütemezőhöz. Sőt, ez maga egy job ütemező, mert ha valódi kvantumszámítógépnek küldjük el a kódot, akkor egy várakozási sorba kerül, majd egy idő után lefut.

Ha már profik vagyunk a huzalozásban, akkor továbbléphetünk, mert vannak magasabb szintű modulok, ahol előre összeállított konfigurációkat is használhatunk.

Az a baj, hogy értelmes dologra nem használható, ezért olyan példát sem tudok adni, amit teljesen értenék. Értelmes alatt azt értem, hogy olyan problémára, ami egy átlagos programozót érdekelhet. Ez inkább csak amolyan érdekesség. Még. De idővel ez is biztosan olyan lesz, mint a mikróhullámú sütő.

Szólj hozzá!

Címkék: programozás

Bioinformatics and Data Science in Genomic Studies 2022 konferencia

2022.12.05. 08:19 Travis.CG

Bevallom, ezen a konferencián meglepődtem. Nem hallottam semmit az előkészületekről, egyszer csak lett. Ráadásul nem is Budapesten. Szerencsére teljesen online volt, így könnyű volt követni. Még az sem volt olyan zavaró, hogy a szervezők nagy része egyben előadó is volt.

Katalin Gombos: Synthesis of molecular genetics and bioinformatics to develop clinical diagnostics and surveillance

A bemutatott intézetben genetikai teszteket csinálnak és diagnosztikát végeznek. Az előadás során ezeket mutatták be. PCR-t vagy NGS-t használnak. Bemutatták a covid azonosítást. covid-pte.vercel.app csináltak saját vizualizációt. Fej és nyak tumor diagnosztikában is használnak bioinformatikát. CT-vel megnézik, hol lehet a tumor, biopsziát vesznek belőle, majd genetikai vizsgálatot csinálnak rétegről rétegre. Mesterséges megtermékenyítésnél beültetés előtt aneuploidiát néznek.

Zoltán Rádai: Complex effects of Next Generation Sequencing error sources on the quality of de novo genome assembly

Az újgenerációs szekvenálások hibákat tartalmaznak, amelyek kihathatnak a metagenomikai elemzések végeredményére. A hibák hatásait szimuláción alapuló elemzéssel vizsgálták. Tizenhárom genomot raktak össze, ahol folyamatosan növelték a hiba mértékét. A statisztikai elemzés GLM-el és meta-regresszióval történt. A szekvenálási hibák mértékét a szekvenálás mélysége erősítette A GC bias mértékét a törzsek kezdeti GC tartalma határozza meg. A PCR és optikai duplikációk hatása nem olyan számottevő, bár PCR hiba hatása a szekvenálási hiba hatásához hasonló.

Alex Váradi: Effects of genome size and composition and duplicate removal on the results of de novo transcriptome assembly and DGE analysis: an in silico study

Milyen hatások befolyásolják a transzkriptóm összeszerelését? Nézték a lefedettséget, expresszáló gének arányát és még sok más hatást. Túl sok változót néztek egyszerre, nem láttak nagy különbségeket. Kevés szisztematikus hatást tudtak azonosítani. Az alkalmazott statisztikai módszerek véleményem szerint kicsit gyengék voltak.

Otília Menyhart: Preserved correlations identify extracellular matrix organization as a critical factor in pancreatic ductal adenocarcinoma

Gén korrelációkat néztek egészséges és tumor szövetekben, hogy további terapeutik targeteket keressenek. Néhány génnek nagyobb volt a korrelációs partnereinek a száma, mint másnak. Nézték azt is, mely gének expressziója emelkedik folyamatosan a normál-tumor-metasztázis összehasonlításnál. Amit találtak: Motility gének, Click1, glikolitikus enzimek. GO elemzés eredményeként az extracellulár mátrix organizáció jött fel. Az előadás végén kaptunk egy kis TNMplot reklámot is.

Serhii Vakal: Why protein folding is not yet solved, and you should be careful when using AlphaFold as a "black box"

Az AlphaFold előtt előtt, ha bioinformatikailag kellett megállapítani egy fehérje térszerkezetét, akkor két módszert használtak. Az elsőben ismert szerkezet alapján megmondták, hogy nézhet ki új szekvencia. Másik módszer molekula dinamika alapján állapította meg a szerkezetet. Ezzel a módszerrel csak kicsi szekvenciákat lehet modellezni, azt is sok számítógép kapacitással. Azután jött az AlphaFold. Kétszázmillió fehérje struktúra van meg, hála az AF2-nek. PDB 194 ezret tartalmazott. De ez nem jelenti azt, hogy minden probléma megoldódott. Azoknak a fehérjéknek, amelyeknek nincs homológ struktúrájuk, most sem tudunk túl sokat. Néha az AF pocsék eredményt ad, különösen repetitív szekvenciálnál. Felbontás sem az igazi. Rendezetlen részek is pontatlanok, de legalább jelöli őket. GPU memóriája is limitáló tényező a predikciónál. AF multimer nem olyan jó. Protein modifikációk valamint a nem természetes aminosavakat tartalmazó fehérjék sem modellezhetőek. Ligandokat, kofaktorokat sem tud értelmezni. Szabad forma sem predikátlható jól, mert a tanulás alapjául szolgáló PDB adatbázis ezt nem tartalmazza. Konformáció változási események sem prediktálhatóak. Az elkészült térszerkezet pontosságáról az AF ad egy becslést, hogy mennyire pontos. Ez hasznos jellemző, de néha korrekt formára is alacsony pontszámot ad. Ezért ellenőrizni kell a kérdéses fehérjével homológ szerkezeteket, érdemes megnézni az Uniprot rekordot is. Érdemes a pLDDT plotot is nézni, és az alacsony pontszámú régiókat óvatosan kezelni. A ligandokat manuálisan adjuk hozzá az elsődleges szerkezet megismerése után.

Szonja Anna Kovács: Investigation of predictive biomarkers in cancer patients treated with immune-checkpoint inhibitors

ROCPlot-ot használtak, azon lehet a címben leírt paramétereket klikkelni. YAP1 kijött. In vivo validációt is csináltak, de az nem tűnik jónak.

János Tibor Fekete: Predictive biomarkers in cancer cell lines

Nem ment az előadó mikrofonja, ezért telefonon felhívta a szekcióelnököt, aki a telefont odatartotta a saját mikrofonjához. Érteni ezért nem sokat lehetett. A diák képei alapján a következő benyomásaim voltak: Gén expresszió és terápiás célpont között néztek ROC görbét és Mann-Whitney alapú differenciál expressziót. Az eredményül kapott géneken random forest klasszifikációt csináltak. A felvetített folyamatábrán az volt a furcsa, hogy a teszt adatszett feldolgozása nem a fenti lépéseken keresztül történt, hanem az közvetlen a ROC görbébe ment. ERBB2-re jól működött a fenti módszer.

Zoltán Pethő: Protein homology modeling as a tool to study intra- and interprotein interactions

Ion csatorna konfrontáció változás után nyílik. Festékkel nézik a konformációt, egy voltage clamp fluorometry nevű módszerrel nézik az ionváltozást. Ez utóbbinak nem tudom, mi lehet a magyar neve. A vizsgált fehérjéknek nem ismert a szekvenciájuk, ezért közel rokon fajok szekvenciáit néztek. Egy másik vizsgálatban a homológiai modelleket használták arra, hogy a mutációk hatásait vizsgálják a fehérje struktúrára.

Péter Oláh: Analysis of whole-genome and marker gene-based cutaneous microbiome signatures in autoimmunity and allergy

Megszekvenálták a bőrön a baktériumokat, különböző technológiákkal. Használtak mikroarray-t, 16S-t, WGS-t, SNP array-t. CoMeanR néven készítettek egy új eszközt is. Elég nehéz volt hallani, néha teljesen elhalkult. Sok antimikribiális gént találtak a transzkripciós vizsgálatokkal. Tanúság: A bioinformatikus tudása a szűk keresztmetszet.

Levente Laczkó: Assessment of the accuracy of plasmid prediction tools using draft genome sequences

Rengeteg eszköz van, amivel el lehet különíteni a genomi és plazmid szekvenciákat. Az előadásban ezeket hasonlították össze. A Plasclass magas szenzitivitású, a mlplasmid viszont magas specificitást ért el. A mutációk nagyon befolyásolják a programok kimenetét, rosszabb eredményt produkálnak, de nem drasztikusan. Plasforest egész jó, rfplasmid, mlplasmid a sorrend. Harmadik generációs szekvenálás segíthet a jövőben, hogy pontosabb módszerek szülessenek.

Valter Péter Pfliegler: Phylogenomics of Saccharomyces yeasts infecting and colonizing humans

Az élesztő házisasított, keresztezett nagyon mixelt a szekvencia. Besznülöttekről izolált élesztő nagyon egyenes leszármazási vonalat mutat, de a kenyér élesztő nagyon változatos. Letöltöttek 10 ezer élesztőt az SRA-ból, voltak közöttük még ősi metagenomok is. Elég jó a lefedettsége ezeknek az ősi szekvenciáknak. Az élesztő mitokondrium máshogy fejlődött evolúciósan, mint a genom, ami azt jelzi, hogy sok horizontális hatás érte ezt a taxont.

Eszter Ari: Global map of evolutionary dependencies between antibiotic resistance and virulence genes in E. coli

Ugyan az volt, mint a Bioinformatika 2022 előadás.

Eszter Virág: Time-course gene expression analysis of the effect of SC-CO2 garlic extract encapsulated in nanoscale liposomes

Az előadásban azt mutatták be, hogyan vizsgálták a fokhagyma kivonatot, mint növényvédő szert. Alacsony hőmérsékleten vonják ki az anyagokat a fokhagymából. A vizsgált anyagok liposzómákban vannak. A liposzómákat TM elektronmikroszkóppal nézték és autómatikusan mérték a liposzóma méretet egy képfeldolgozó algoritmussal. Drónról permetezték a növényekre a fogkagyma kivonatot. A növényekre gyakorolt hatást infravörös kamerákkal, szintén drónokról nézték. A fotoszintetikus aktivitást mérték IR-ben. Nagyobb vegetációs indexet, több terményt kaptak, ha alkalmazták a fokhagyma kivonatot. Fitotronban is neveltek növényeket, azokat is sprézték a kísérleti növényvédő szerrel, majd NGS-alapú transzkripciós meghatározást végeztek. Differenciál expresszió meghatárizása után a reakcióutakat figyelték. Növényi patogén védelemmel kapcsolatos utak jöttek fel.

William Jayasekara Kothalawala: Transcriptomic and cell type enrichment analysis of colorectal cancer by combining multiple independent cohorts

Differenciál expressziót néztek normál és tumoros szövet között. A GEO-ból leszedték az expressziós adatokat, majd Mann-Whitney és Kruskal-Wallis tesztekkel kerestek olyan géneket, amlyek expressziója eltér. Ezek az előadó szerint kandidáns gének, amelyeket immunterápiában lehetne használni.

Eszter Kaszab: Genetic characterization of probiotic candidate microbial strains

Probiotikus törzseket kerestek tejtermékekben, fermentált anyagokban, stb., majd szekvenálták és jellemezték a törzseket különböző módszerekkel, pl. MALDI-TOF-al. Végigcsinálták a klasszikus de-novo munkafolyamatot (denovot, Busco, annotáció). Azt vették észre, hogy ay antimikrobiális gének jelenléte fontos, hogy a probiotikum fennmaradjon. Vegetariánusok probiotikum bevitelét lehetne céklából nyerni, amin van laktobacillus.

Gergely Nagy: Dissecting the cistromes determining bone marrow-derived macrophage identity

Az egér csontvelő eredetű makrofágjaiból van chip-seq, gro-seq, atac-seq, biszulfid szekvenálás. Ezen adatok alapján lehet jellemezni a cisztromokat. Klaszterezték az elemeket. Egy részük metilálható, míg más csoportok nem. Promótereket is klasztereztek, hogy feltárják, hogyan történik a gének szabályozása.

Gyula Hoffka: Structural analysis of the binding of nirmatrelvir to the SARS-CoV-2 main protease

A nirmatrelvir egy Covid-2 ellenes kísérleti fázisban lévő gyógyszer, ami köti a vírus Mpro proteinjét az aktív helyére. Azt vizsgálták a különböző vírus törzsek mutációi okozhatnak-e rezisztenciát a gyógyszerre. Ezért térben modellezték a gyógyszert és a vírus fehérjét, próbáltak meghatározni olyan jövőbeli lehetséges mutációt is, ami rezisztens lenne a gyógyszerre.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Experience 2022

2022.11.30. 23:56 Travis.CG

Mint tudjátok, a parti nekem már korábban elkezdődik, amikor elkezdem készíteni a release-t. Most minden egy bejegyzéssel kezdődött, amiben Matthew Newcastle szomorúan vette tudomásul, hogy Experience-en nincs zene kompó. Gondoltam, csinálok demót a zenéjéhez.

Először nem fogott meg a zene. Egymás után többször is meghallgattam, de nem tudtam elképzelni, milyen demó illene hozzá.

Aztán lassan kezdtem ráérezni, de még mindig nem volt az igazi. Viszont legalább el tudtam kezdeni készíteni valamit. Fel tudtam osztani a demót részekre, ami valahogy illeszkedett a zene hangulatához is. Félreértés ne essék, a zene fényévekre van attól, amit én össze tudok eszkábálni, csupán nem volt meg az összhang köztem és a ritmus között.

De készültek részek, haladtam megfelelően, majd jött a valóság. Az oktatás kezdte egyre több időmet elvenni, közben az Experience-re való eljutás is egyre esélytelenebbnek tűnt. Próbáltam kibújni a családi kötelezettségek alól, amitől folyamatosan változott, hogy ott tudok-e lenni, vagy nem.

Végül úgy döntöttem, nem fejezem be a demót. Korábban az inkább beadás mellett szoktam dönteni, de most ezzel az elvvel ellentétesen döntöttem. Inkább több időt szánok rá, és elkészítem jobbra. Ha meg úgysem tudok ott lenni, akkor minek erőltessem?

Mikor ezt így eldöntöttem, jött a meglepetés, hogy minden családi összejövetelt töröltek, szabad leszek a hétvégén.

Úgyhogy elmentem.

Szerintem kevesebben voltunk, bár csak becsültem a látogatószámot. Mivel idén nem voltak nagyon kimagasló demók (amire a szervezők a felkonferálás során rendszeresen emlékeztettek is minket), az egésznek olyan hangulata volt, mint amikor mozi helyett leülünk a kanapéra a kereskedelmi TV B-szériás filmjeit nézni. Nézzük, nagyokat röhögünk, és inkább annak örülünk, hogy együtt nézzük, nem annak, amit nézünk.

Ami hiányzott, hogy idén nem kérték meg az alkotókat, hogy kommentálják a demóikat. Korábban azért volt egy-két belső infó is, de idén a kommentár kimerült abban, hogy "mit súgdostak a nézők hátul". Viccesnek vicces volt, de a másik megoldás nekem jobban bejön.

Volt szponzor is, akinek hála jutott mindenkinek egy ingyen ital. Neki rendesen bemutatkozott a magyar demoscene. Bármit mondott, mindig voltak vicces emberek, akik kiforgatták a szavait, elmés megjegyzéseket fűztek hozzá. Gondoltam is magamban, ez volt az utolsó ingyenpia Experience-n.

Természetesen voltak indulók is. Nem tudom, hogy a Lunaticats alkotását is ide vegyem-e. Leírom miért is. Szóval képzeljétek el, hogy valaki, aki életében nem látott még semmilyen hangszert, egy újjal zongorázik. Ez volt a demó zenéje. A vizuális orgia gyanánt meg jobbról, majd balról repülő kocka, gömb és henger szolgált.

Az első valódi induló egy PICO-8 mintakitöltő. Teljesen oké volt.

Kaszi újabb Spectrumos minta kitöltős demóval jött, ami már tudományos munka is egyben, legalábbis a végén megjelenő referencia szerint. Milyen király lenne, ha én is release-t csinálhatnék a publikációkból. (Vagy a publikációkból release-t) Két legyet üthetnék egy csapásra.

A Hardread is csinált valamit, ami annyival volt több, mint az utolsó helyezett, hogy volt egy minimalista zenéje.

Tifecotól megtudtuk, mit érez DemoJoe, ha felteszi a virtuális szemüveget. Teljesen oké volt ez is.

Gargaj demóba öntötte a munkahelyének megszűnését, amit nagyon szeretett. Ez legalább szívből jött.

Netro kicsit elkésett ezzel a demóval. Most akart igazságot szolgáltatni a Plútónak, amiért elvették a bolygó státuszát.

Érdekes volt, jól éreztem magam.

Szólj hozzá!

Címkék: demoscene

Drága kis tanítványok

2022.11.27. 18:51 Travis.CG

Az idei félévben valami miatt a hallgatók egyéb problémákkal is megkerestek, amelyek nem tartoznak a bioinformatika témakörébe. Ez egyrészt megtisztelő, mert azt jelenti, hogy bíznak bennem annyira, hogy elmondják ezeket a dolgokat, másrészt jó látni, mivel múlatják számítógépes idejüket.

Az egyik hallgató például üstökös adatokat elemez. Volt egy nagy táblázata millió egy paraméterrel és az volt a problémája, hogy ha feltűnik egy új objektum, akkor az egyik tetszőleges paramétert össze kellene hasonlítani a táblázat megfelelő oszlopával és kiválasztani azt a sort, ahol a legközelebbi érték van.

Pontosan nem értettem, mit is szeretne tőlem, mert folyamatosan arról beszélt, hogy erre programot kellene írni, de neki nincs ideje, hogy megtanuljon programozni. (Még az a rosszindulatú gondolat is megfordult a fejemben, hogy esetleg velem akarja megíratni.) Ezért inkább azt javasoltam, hogy Excelben (én is mire képes nem vagyok) vigyen fel egy új oszlopot, amiben vizsgálni kívánt oszlopból kivonja a keresett paramétert, majd a különbséget sorba rendezi. Ahol a legkisebb a különbség, az az adat van hozzá legközelebb. És nem kell a drága idejét programozás tanulásra fecsérelni.

Egy másik hallgató kérése viszont nagyon nagyon furcsa volt. Először azzal jött, hogy termesztett növények egymásra hatását akarja vizsgálni. Van egy táblázata, amiben minden oszlop egy növény. A sorok kertek. Ha az adott növény megtalálható a kertben, akkor 1-t kap, egyébként 0-t. Ezen kívül van egy függő változó, amit enzimnek nevezett (itt már gyanús kellett volna, hogy legyen, mert nem nevezte meg az enzimet), ez ha kimutatható, akkor 1-t kap, ha nem kimutatható, akkor 0-t. A feladat, hogy a növények összetételéből ki kell találni, van-e enzim vagy nincs.

Minden áron egy neurális hálót akart ráengedni. Azt javasoltam neki, hogy ez felesleges, a sima, egyszerű statisztikai módszerekkel is célt ér. Nem hatotta meg, továbbra is neurális hálót akart. Le is töltött valami kódot egy YouTube videó alapján, de az nem működött neki. Szerette volna, ha debuggolom.

Már a terem bezárásánál tartottunk, amikor megemlítette, hogy vannak versenyek, ahol szintén használhatná ezt a neurális hálót, és megnyerhetné azokat. Meg indulhatnánk együtt is egy ilyen versenyen. Azt hittem, valamelyik Kaggle megmérettetésre gondol, ezért nem is figyeltem annyira.

Említettem neki, hogy nagyon sok jó szakember rohangál odakint, akik jobban értenek az adatelemzéshez, mint én (de egy olyan diáknál mindenképp jobban, aki egy YouTube példakódot sem tud működésre bírni). Megemlítettem, hogy ezeknél a versenyeknél a pénzdíj igazából másodlagos, nem igazán fedezi a megoldások költségeit, az elsődleges cél a hírnév.

Továbbra is csak arról beszélt, hogy őt nem szokta eltántorítani, mások mit gondolnak, bele szokott vágni olyan dolgokba is, ami kevés sikerrel kecsegtet. Ez egyébként dícséretre méltó hozzáállás, de nem szabad eltávolodni a realitásoktól. Ha soha nem futottam 10km-t, akkor nem indulok a New York-i maratonon.

A következő óra után kibújt a szög a zsákból. Akkor már arról beszélt, hogy benevezett egy versenybe, ahol különböző számítógépekkel kapcsolatos fordulók vannak. Vannak ügyességi számok, logikai számok. Egyedül kell részt venni rajtuk, még mobilt sem vihetnek be magukkal. A kérdéseim nyomán annyit tudtam meg, hogy ez valami titkos verseny, amire meghívással lehet bejutni, a nyertes meg pénzt kap.

Őszintén szólva, valami hiányzik még a történetből, de nem kaptam rájuk soha egyenes választ. Ami nem hagy nyugodni, hogy ha egy verseny meghívásos, akkor nem akarnak sok résztvevőt. Ha pedig pénzdíjas, akkor sok résztvevőt akarnak, akiket a pénzzel motiválnak. A titkos pénzdíjas verseny ellentmondásban van egymással. Rákérdeztem a demós ismerőseimnél is, de nem kaptam választ.

A konkrét versenyszám, ahol most elakadt, egy gömb kinyitása. Be kell menni egy terembe, leülni egy számítógép elé, amely kirajzol egy gömböt. A gömb 86 háromszögből áll. Ebből 6 soha nem változik, azok a referencia pontok, hogy lehessen látni, hogyan fogatja a gömböt. A start gomb megnyomása után 9 és 30 közötti számban háromszögek emelkednek ki. Ezek közül kell megtalálni 4-t, ami kinyitja a gömböt. Minden kör végén lehet blokkolni háromszögeket, amelyek azután nem fognak elmozdulni, mert a következő körben egy rejtett szabályszerűség miatt a csúcsok egy része visszasűlyed, újabbak pedig kiemelkednek.

A gömb egyes háromszögeit hallgatónk növények nevei után nevezte el és ezzel próbálta meg elrejteni előlem a tényt, hogy ez neki egy versenyre kell.

De itt még nincs vége. Azt mondta, ad 50 ezer forintot, ha ránézek a problémára, de ha megíron a neurális hálót is, és ezzel megnyeri a fordulót, akkor a nyeremény felét is odaadja. Eddig csak figyelmeztető üzemmódban csipogott a bullshit detektorom, de a pénz említésénél megszólaltak fejemben a riadó szirénák is.

Mondtam neki, hogy nincs szükségem a pénzére, de a táblázatot megnézem. A táblázat 81 oszlopos volt és több, mint 6000 soros. Mégis hogyan tudott összeállítani egy ekkora táblázatot, ha nem lehet elektronikus kütyüket bevinni? De erre a rejtélyre hamar fény derült.

Elkezdtem olyan szemmel nézni a táblázatot, mintha semmit nem tudnék róla. Megszámoltam a sorokat, oszlopokat. Megszámoltam hány 1-es van egy sorban. Itt jött az első meglepetés: mindig 20. Ez már ellentmondott a 9-30 tüskeszámnak. Csináltam egy egyszerű hierarchikus klaszterezést. Totál random minta jött ki. Főkomponens analízis: detto. Az adat teljesen random volt.

Azért kipróbáltam a YouTube példakódot, még akkor is, ha tudtam, hogy semmi értelme. A háló 63%-nál nem tudott jobb eredményt elérni. Nem is csoda, hiszen random adat volt.

Mikor leírtam a megfigyeléseimet, akkor azt mondta, hogy a táblázatot egy másik vesenyzőtől kapta. Gondolom a másik versenyző nem akart magának konkurenciát, ezért adott a hallgatómnak valami random adatot. Hiába, legjobb, ha mindent maga csinál az ember.

2 komment

Címkék: életmód

Bioinformatika konferencia 2022

2022.11.21. 12:23 Travis.CG

Eljött az első bioinformatikai konferencia is, amit élőben tartottak meg. Egy régi ismerőssel azon viccelődtünk, hogy annak idején a konferenciákon az ember kapott egy kis tatyót füzettel, tollal. Most meg láttam embereket, akik a délutáni szekció első szünetében reménykedve rázták meg az üdítős dobozokat, hátha van még benne innivaló. De aki ide jön, az a tudományra szomjazik, nem a baracklére.

Az idei konferencia is megtalálható YouTube-on, ezért csak röviden írok mindegyik előadásról. Egy-két személyes gondolatot hozzátéve.

Öregedési folyamatok molekuláris mechanizmusainak elemzése értelmezhető gépi tanulással

Mert eddig értelmezhetetlen gépi tanulást használtak :-) Az öregedési folyamatok hátterét sokan kutatták már, és bizonyítottan epigenetikai jellemzői is vannak. Neurális hálót használtak, aminek a rejtett rétege a Reactome-nak feleltethető meg. Az itt található súlyokat nem változtatták a tanítás során. A Reactome miatt lehet tudni, melyik anyagcsere út aktiválódik.

A lineáris SVM-ek néhány szép alkalmazása gráfok és sorozatok elemzésében

Agygráfokra használtak lineáris SVM-t. A férfiak és nők agygráfjait hasonlították össze. Mivel lineáris az elválasztás, az elválasztó vonaltól távol eső agygráfok nagyon fontosak nemek között. Ezek jellemzően hormon receptorok.

Lesz-e az E. coliból szuperbaktérium?

A virulencia faktoroktól veszélyesebb lesz a vírus, míg a rezisztencia génektől nehezebb védekezni ellene. Kérdés, hogy örökölhet-e az E. coli mindkét géncsaládból úgy, hogy egy olyan törzs alakuljon ki, amitől mindannyian megdöglünk. Ezért 21 ezer genomot letöltöttek, törzsfákat építettek. Statisztikai tesztet is csináltak, ami csak egy régi Mac-es program formájában létezett. Az eredmények alapján a virulens törzsek inkább virulencia faktorokat gyűjtöttek, míg a rezisztensek inkább rezisztens géneket. Az eredmények alapján nem lesz szuperbaci.

Egy rács-alapú, malignus sejtek szimulációjára fejlesztett ágens alapú szoftver bemutatása

Több sejt szimulációs alkalmazás is létezik, de egyik sem tökéletes, ezért újabbat fejlesztettek, aminek majd webes felülete is lesz. Példákat láttunk a használatára. Bár a program egyszerűbb modell alapján dolgozik, eredményei pontosságban megegyezik a többivel.

Az autofágia indukciójában kulcsfontosságú mTORC1-ULK1-PP2A szabályozási háromszög működésének rendszerbiológiai vizsgálata

Az mTOR C1 AMPK szabályozási háromszöget vizsgálták rendszerbiológiai megközelítéssel. Differenciál egyenleteket alkottak, a paramétereket kísérletesen állították be. Tudták vizsgálni a szabályozás dinamikáját.

SARS-Cov-2 PCR primerek célrégióiban megjelenő mutációk vizsgálata

Mennyire pontos a PCR, ha a vírus genomja folyamatosan változik? A vizsgálat során 53 primer készletet vizsgáltak. A legtöbb PCR esetén 2-3% a tévedés aránya, csupán négy olyan primer volt, ahol a gond lehet a detektálás hatékonyságával.

A SARS-CoV-2 potenciális új variációi által okozott betegség lefolyás előrejelzése gépi tanulás segítségével mutációs adatok alapján

A mutációból a betegség lefolyására következtetnek. A programnak két módja van, vagy egy szekvenciát kell feltölteni, amiből többszörös illesztéssel meghatározzák a mutációkat, majd prediktálnak egy kimenetet, vagy közvetlenül a mutációkat lehet felvinni. Személy szerint nehezen értelmezhetőnek tartom, mit is takar a betegség lefolyása, ha nincs bemenet a páciensről. covidoutcome.bio-ml.com

A HLA-I és HLA-II variánsok közötti kölcsönhatás befolyásolja a tumorellenes immunválasz erősségét és időzítését melanómás betegeknél

A tumor immunterápia függ a páciens HLA típusától. A HLA-II típusok immunterápiára gyakorolt hatását nem vizsgálták. A vizsgálat során találtak olyan HLA I és II típusokat, amelyek megléte nagyban befolyásolja az immunterápia sikerét.

A TNMPlot bővítése: új analízisek lefuttatási lehetőségei és új grafikus megjelenítési formák bemutatása

A weboldal a tumor-normál és metasztatikus szövetek génexpresszióját hasonlítja össze. Most már több gént is tud egyszerre nézni és gén szignatúrákat is vizsgálhatunk.

Venezuelai ló-láz encephalitis vírus proteáz öninaktivált konformerének vizsgálata molekuladinamikai szimulációkkal

Embert és állatot is megfertőz. Van egy natív és egy inaktív konformációja, amit molekuladinamikai modellezéssel vizsgáltak. Megtalálták miért más a kettő.

Vitális funkciók paraméterezése aktivitásmerő okoskarkötőkkel

Emerekre okoskarkötőt adtak, mértek egy csomó adatot, lépcsőztették őket, majd megmérték ugyan azokat a paramétereket. Az adatokat összegyűjtötték, majd az előadó felsorolta egy gépi tanulás könyv tartalomjegyzékét, hogy majd azokat akarják elvégezni.

A protein-arginin-metil-transzferáz-5 enzim foszforilációjának szerkezeti hatásai a H4 hisztonhoz való kötődésére

Felépítettek egy PRMT5-MEP50 + Hiszton H4 komplexet natív és foszforilált formában, és ezt molekuladinamikával vizsgálták.

GPCRdb, a G protein-kapcsolt receptorok információs adatbázisa

Az adatbázis már '93 óta létezik, folyamatosan fejlesztik. Most AlphaFold-al legeneráltak térszerkezeteket és azokat is belerakták. Ezen kívül egy ligand adatbázist is létrehoztak.

TmAlphaFold adatbázis: AlphaFold2 segítségével becsült transzmembrán fehérje szerkezetek membrán lokalizációja és értékelése

A folding kicsit más membrán fehérjéknél. Meghatározták hol lehet a membrán síkja, mi lehet a transzmembrán domain. Az eredményeiket egy adatbázisba gyűjtötték.

Membránfehérjék szerkezete az AlphaFold AI után

Az AlphaFold jól működik membránokra is, de az AlphaFold-multimer nem olyan jó. Az ABC transzportereken, mint példán keresztül bemutatták, hogy azért a kísérletes szerkezet meghatározást még használni kell.

Fehérjék kötőhelyeinek fragmens alapú azonosítása

A fragmensek kis 10-16 atomos poláros kis molekulák. Bármilyen fehérjén meg tudják keresni a kis molekula kötőhely helyét. Ez azért jó, mert ezzel a módszerrel bonyolult fehérjék kötődési mintázatát tudják vizsgálni.

Az immuneterápia hatékonyságának előrejelzése

A ROC görbe rajzoló alkalmazás megtalált egy cikkben leközölt gént, ami fontos az immunterápiában. Az előadó ezért úgy gondolja, hogy a többi gén, amit megtalált a program, az is biztos jó lehet az immunterápiában. A fals pozitív találatok fel sem merültek senkiben, még a felvetített kérdéses hatékonyságú AUC görbék láttán sem.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Ritka betegségek noire

2022.11.09. 13:56 Travis.CG

Még esett az eső, mikor megérkeztem az irodába. A nyomozó hellyel kínált, töltött egy whiskeyt először magának, aztán nekem. Ő maga rá is gyújtott. A füstfelhő mögül hosszan fürkészett, majd rám mordult.

- Meséljen az ügyről.

Igen, az ügy. Mintha csak tegnap lett volna. Magánnyomozóként rendszeresen kellett ügyeket megoldanom, és az évek múlásával egyre tapasztaltabb lettem. Differenciál expresszió? Rutin. Blastolás? Pizsamában is.

- Az egész úgy kezdődött - fogtam bele mondandómba - hogy megjelent Ő.

A nyomozó röfögés szerű nevetést hallatott.

- Kitalálom. A vonzó és intelligens PhD hallgató, akinek nem lehet nemet mondani.

Pókerarccal néztem a szemébe. Megvártam, míg kiélvezi pillanatnyi diadalát,

- Majdnem. Egy ötvenes, mocskos szájú csoportvezető. Klinikai mintákat voltak nála.

A nyomozó elkomorult. Egy hajtásra kiitta italát és újabbat töltött.

- Úgy érti emberi adatokkal kellett dolgozni?

Bólintottam.

- Nem volt magának túl nagy falat? A klinikai diagnosztika nem játék.

Ez igaz. A klinikai diagnosztika nem játék. A korábbi munkáknál nem volt baj, ha elvétettem a mutációkat. Alapkutatás, beleférnek az ilyenek. Ha valamit elszúrok, legfeljebb visszavonják a cikket. Vagy nem foglalkoznak vele. Ilyet is láttam már. De a diagnosztikában nincs helye a tévedéseknek. Ez teljesen új élmény volt nekem. Hogyan is mondhatnám el ennek a nyomozónak, mennyire más volt kórtörténetet olvasni. Mikor a sorokat böngészve azon gondolkodtam, mit érezhet az anonimizált kód rejtekében élő emberek.

Még most is emlékszem, mikor az egyik leírásban azt olvastam, hogy a házaspár első gyermeke váratlanul meghalt egy ritka genetikai rendellenességben. Született egy másik gyermekük, aki egészséges volt, majd egy harmadik, aki az elején még egészségesnek tűnt, de idővel az első gyerek tüneteit kezdte mutatni. Nem tudtam a nevüket, nem tudtam a címüket. Mégis tudtam a legnagyobb félelmükről.

- Megbírkóztam vele. Egy csapat tagja voltam. Az eredményeimet többen is ellenőrizték.

- Maga pedig csak ült a számítógépe előtt, és próbált elbújni az azonosítók mögé, hogy ne viselje meg a páciensek szenvedése.

- Ismét téved. Folyamatosan tudatosítottam magamban, hogy valódi emberekkel van dolgom, még akkor is, ha csak azonosítókat látok. Nem akartam, hogy rutinná váljon a munka. Szerencsére a ritka betegség kutatás elég változatos, hogy ne váljon megszokottá. Igaz, csak mutációkat kell keresni, de a körülmények mindig mások.

- Gondolom, akkor ez az ügy is más volt, mint a korábbiak.

- Igen. Mivel ritka betegségekről van szó, soha nem lehetünk biztosak, hogy jó mutációt találtunk-e meg. Korábban, a rákkutatásnál, ha volt egy tippünk, elég volt pár egérben célzottan elrontani a kérdéses genomi pozíciót, és megtudtuk, hogy igazunk volt-e. Diagnosztikában nincs megerősítő kísérlet. Most viszont biztosak voltak a klinikusok, hogy a megtalált mutációk egyike sem lehet felelős a betegségért.

- Miből voltak olyan biztosak?

- Nem tudom, de nekik több információjuk van. Tudnak szöveti vizsgálatokat csinálni, FISH-t, stb.

- Mi történt ezután?

- A konzultációk közötti idők megnövekedtek. Tudtam, mit jelent ez: meg fog szakadni a munkakapcsolat.

- És megszakadt?

- Tudja, ez nem úgy szokott történni, hogy mindenki összegyűlik, elmondja a gondolatait és a végén felállunk egyértelmű válaszokkal, hanem egyszer csak nem jön több elemezni való minta. Ha kérdezünk valamit, halogatás a válasz. Itt is ez történt. Aztán egyszer csak jelentkezik egy másik bioinformatikus, hogy nem érti a jegyzőkönyvedet, vagy csak megkérdezi, milyen programot használjon ehhez vagy ahhoz az elemzéshez. Kérdések és válaszok mennek emailen, te pedig a végére rájössz, hogy azt elemzi újra, amit már megcsináltál.

Ismét felharsant a röfögés-szerű nevetés. Elfordítottam a fejem és az ablakon csordogáló esőcseppeket néztem.

- Gondolom jó dühös volt.

- Nem. Már többször megtörtént velem. Az ember egy idő után hozzászokik. Nem a munkakapcsolatot sajnáltam, hanem a témát. Ez volt az első alkalom, hogy úgy éreztem, amit csinálok, annak valódi, kézzel fogható haszna van.

- Igen. Az időnket el tudjuk tölteni, de tudunk-e valami hasznosat is csinálni? - felelte merengve. Ez volt az első alkalom, hogy a beszélgetés során némi rokonszenvet éreztem iránta. - De azért született valami publikáció is, nemdebár?

- Született - azzal az asztalára dobtam.

- Akkor meg mit szomorkodik? Minden rendben van. Úgyis csak ez számít, az impakt faktor.

- Ahogy mondja - mordultam rá. Nem fogja megérteni, akár hogy is próbálkozom. Vettem a kabátomat, a kalapomat, majd kiléptem az irodából. Már a folyosón voltam, mikor utánam kiáltott:

- Ki sem hagyták a publikációból, ez azért jelent valamit, nem?

Nem méltattam válaszra. Kiléptem az esőbe. Felhajtottam a galléromat, majd elindultam a kihalt utcán, hátha belebotlok egy újabb ügybe.

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Galaxy - a bioinformatika jövője akar lenni, de nem az

2022.10.25. 08:03 Travis.CG

Kevés a nagy teljesítményű számítógép? Utálod a rendszeradminisztrációt? Gőzöd sincs, hogyan kell parancssorban dolgozni? Nem tudsz programozni? Bioinformatikát akarsz csinálni? Lehet, azt hiszed, ezek a feltételek kizárják egymást, de tévedsz! Ott a Galaxy! Még telepítened sem kell. Ha van akadémiai email címed, amivel bizonyíthatod, hogy csóró vagy, akkor regisztrálhatsz a usegalaxy.eu-ra. Kapsz 250GB tárhelyet, ami elég a legtöbb munkához. de ahhoz a három génhez, amivel foglalkozol, biztosan.

Az egész a felhőben fut, mégsem kell érte fizetni. Feltöltöd a cuccaidat, lefuttatod az elemzést, majd letöltöd az eredményeket. Mindenki ezt használja. Bármelyik kontinensen is vagy, van egy Galaxy csomópont a közeledben, hogy a számítógépkezelés nyűgét-baját levegye a válladról. Mint a mesében, nem igaz? És az örömöd addig is fog tartani, mint egy mese.

Kezdjük az elején. A kezdeményezés jó, hogy biztosítsunk egységes, határokon átívelő felületet a bioinformatikai munkának. Ez az új belépőket segíti, hiszen ha elakadnak, akkor könnyű a jó irányba navigálni őket. A Galaxy elméletileg erre született. Ott vannak az eszközök, vannak előre összeállított munkafolyamatok.

Sajnos a futó folyamatokról egyetlen visszajelzést sem kapunk. Miután elindítottunk, az fut. Ha megszakad a futás, azt nagyon nehéz nyomon követni. A képernyő jobb oldalán található History bonyolult számozással mutatja csak a részeredményeket, ráadásul egyes lépések rejtettek. Ha pedig bekapcsoljuk a rejtett lépések láthatóvá tételét, akkor a nem-rejtettek tűnnek el, tehát a teljes folyamatsort soha nem fogjuk látni.

Rengeteg tutorial van a Galaxy használatáról, és a munkafolyamatok is részletesen le vannak írva. Ez minden olyan program esetén nagyon fontos, ami széles felhasználói bázisra törekszik. Az egyetlen gond, hogy a munkafolyamatok és a belőlük készült dokumentációk nincsenek szinkronizálva. Én például napokat töltöttem azzal, hogy megpróbáljam kitalálni, egy munkafolyamat eredményei között miért nem találok egy fájlt, amit a dokumentáció szerint meg kellene találnom. Végül rájöttem: a munkafolyamat nem tartalmaz olyan kimenetet.

Aprópó munkafolyamatok. Elméletileg ezek azért vannak, hogy egy tevékenységet egységesített módon kezeljenek, hogy ne kelljen a rengeteg programmal és azok paraméterezésével bíbelődni. De erre képtelenek. Például nekem is javasolták, hogy a Galaxyban futtassam le a VGP munkafolyamatot. Nos, VGP pipeline nem létezik. Helyette van 3 különböző VGP pipeline. Egy, ha van Bionano adatunk, egy, ha nincs bionano adat és van egy scaffoldingra. De egy számomra érthetetlen oknál fogva, ebbe nem integráltak egy nagyon fontos kezdeti lépést, a Genoscope2-t. Enélkül pedig lehetetlen lefuttatni a többit.

Az alapértelmezett paraméterek rosszak. Például mondja el nekem valaki, egy dedikáltan gerinces genom-összeszerelőben, miért egy féreg génkészlete alapján mondja meg, hogy jó-e az összeszerelés? Persze, be lehet állítani akár emlőst is, de miért nem a gerinces az alapértelmezett, ha már gerincesre lett optimalizálva?

Ha elindítottunk egy munkafolyamatot, akkor semmi nem tárolja, hogy milyen paramétereket használtunk. Ez pedig a megismételhetőség egy elég komoly akadálya.

Nem akarom azt mondani, hogy a parancssor a jövő, mert nem igaz. A különböző low-code megoldások, mint amilyen a Snakemake is, nagyon népszerűek, és nyilván a kevesebb gépelés felé mutatnak a trendek. De a Galaxy jelen pillanatban még nem áll azon a szinten, hogy teljesen kiváltsa a csúnya fekete képernyő előtti matatást.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

süti beállítások módosítása