HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Bioinformatika a Magyar Tudomány Ünnepén

2018.11.26. 00:07 Travis.CG

A cím kicsit megtévesztő, mert a Magyar Tudomány Ünnepének előadás sorozatához semmi köze. Népszerűsítve is csak egy hibás PDF formájában volt, de legalább Elixir rendezvénynek számít. Győrffy Balázs: Genomikus adatok alkalmazása új biomarkerek felfedezésére és igazolására Az előadás a ROCPlot…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Rossz beidegződések a bionformatikában

2018.10.30. 23:10 Travis.CG

Úgy általában a kutatásról elmondható, hogy nem jellemzi egységes megoldási rendszer, még olyan alapvető problémákra sem, amire egy céges környezetben esetleg évek óta van bejáratott protokol. Ezért van az, hogy míg egy dolgozó egyik cégtől átmegy egy másikba, ismerős szoftverekkel, környezettel fog…

3 komment

Címkék: bioinformatika

eQTL analízis

2018.07.22. 20:00 Travis.CG

Manapság komolyabb publikációk nem elégszenek meg egyféle vizsgálati típussal, az összetett biológiai rendszerek feltérképezéséhez több szekvenálási módszer eredményét ötvözik. Ezek közül talán a legegyszerűbb az eQTL, ahol a mutációs és expressziós adatokat vetik…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (10. rész)

2018.06.19. 15:40 Travis.CG

Van egy régi vicc, amiben egy öreg bácsi afrikai szafari utat nyer. Mikor hazatér, barátai kérdik tőle, milyen volt az út.- Mit láttál?- Láttam tevét.- Az meg milyen?- Tudjátok, milyen a ló?- Tudjuk.- Ez pont olyan, csak van egy púp a hátán.- És még mit láttál?- Láttam zsiráfot.- Az meg milyen?-…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

RUFUS: az elfajzott PhD disszertáció

2018.06.06. 15:36 Travis.CG

A RUFUS eredetileg egy PhD disszertációnak indult, de csakhamar életcéllá vált. Egy korábbi hozzászólásomban megígértem, hogy kipróbálom, amit most be is tartok. A GitHubról letöltött legfrissebb verzióval próbálkoztam, ami valószínűleg több problémát okozott, mint hasznot, de a végére már csak…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

A referencia genom: jobb, ha van, de jobb, ha nincs

2018.05.27. 12:00 Travis.CG

A második generációs szekvenáló platformok read mérete kicsi. Önmagukban, az esetek döntő többségében, használhatatlanok. A szekvenálási módszerekre a referencia genom teszi fel a koronát. A vizsgálatok tehát annyira lesznek jók, amennyire a referencia genom. Egy picit nézzük…

2 komment

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (9. rész)

2018.03.11. 00:28 Travis.CG

A bioinformatikában vannak dolgok, amiket érdemes megcsinálni, mert jó eredményt adnak. Vannak dolgok, amiket érdemes megcsinálni, még akkor is, ha tudjuk, hogy az eredmény nem feltétlenül tükrözi a valóságot. Végezetül vannak dolgok, amiket meg lehet csinálni, de teljesen feleslegesek. Ma ez…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Táblázatok tárolása (és gyors betöltése)

2018.03.02. 13:13 Travis.CG

Arról, miként nézzen ki egy táblázat, már írtam korábban, hogy miként tároljuk azokat, még nem esett szó. Erre több módszer is létezik, ezekből szemezgetnék párat a teljesség igénye nélkül. A következő teszteket a GTEx RNA-seq táblázatával próbáltam ki, ami 1.7GB méretű. Ezt bárki letöltheti és…

6 komment

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (8.rész)

2018.01.28. 22:41 Travis.CG

Az RNA-seq adatokat nem csak expressziós változások meghatározására használhatjuk. A readek segítségével azt is megtudhatjuk, vannak-e mintáinkban fúziós transzkriptek. A fúziós transzkripteknek alapvetően két csoportja van. Az első, amikor az RNS polimeráz valami oknál fogva nem áll meg és két…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Időutazás

2018.01.18. 22:33 Travis.CG

Úgy adódott, hogy adatbázisokat kellett keresnem. A keresés közben rengeteg halott vagy zombi állapotban lévő oldallal találkoztam. Egyes esetekben viszont a régi oldalak éltek és valami megmagyarázhatatlan csoda folytán még működtek is! Túl sok értékük nincs, de mai szemmel nézve mosolyogtató látni…

Szólj hozzá!

Címkék: életmód bioinformatika

Bioinformatika 2017

2017.12.07. 22:38 Travis.CG

A Bioinformatika 2017 konferencia nem csak a Magyar Bioinformatikai Társaság konferenciája, hanem az Elixir első rendezvénye is volt. A csoportvezetők mellett a PhD hallgatók is előadhatták kutatási eredményeiket. A rendezvényről video felvétel is készült, ha lesz link, itt fogom közzétenni én is.…

1 komment

Címkék: bioinformatika

Használható táblázatok

2017.11.19. 01:11 Travis.CG

Most következő bejegyzésem nem kifejezetten bioinformatikai témájú, sokkal inkább abban próbál segíteni, hogyan készítsünk olyan táblázatokat, amelyeket egy bioinformatikus is tud használni. A cél, hogy ne abból álljon a közös munka, hogy készítünk egy táblázatot, majd továbbadva azt…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (7. rész)

2017.10.27. 14:59 Travis.CG

Az RNA-seq analízis eddigi lépései elég mechanisztikusak voltak. Igazából némi számítógépes ismereten túl nem igényeltek komolyabb tudást. A most következő lépésekhez viszont szükség van a biológiai tanulmányokra és a kísérlet viszonylag alapos ismeretét. A génlista hasznos, de önmagában nem ad…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Azok a fránya paraméterek

2017.08.20. 23:23 Travis.CG

A paraméter miatt az alignment elveszett,Az alignment miatt az ismétlés elveszett,Az ismétlés miatt a kísérlet elveszett,A kísérlet miatt a cikk elveszett,A cikk miatt a kutatócsoport elveszett,Máskor gondosan válaszd meg a paramétered! Szerencsére a való életben nem ilyen sarkallatos a helyzet, de…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (6. rész)

2017.08.06. 06:43 Travis.CG

A normalizálás után el kell döntenünk, hogy a gének expressziós különbségei közül melyek szignifikánsak és melyek tulajdoníthatóak csupán a véletlen művének. Ebben segít a differenciál expresszió. Alapvetően kétféle modell létezik. Az egyik még a microarray időkből származik és lineáris regresszión…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Lehet, de minek: CNV targetált szekvenálásból

2017.06.11. 22:15 Travis.CG

A kópiaszám változások azonosítása teljes genom szekvenálásból nem különösebben bonyolult. Rengeteg eszközt találni rá és elég jól működik. Többségében a lefedettség változását veszik alapul. Targetált szekvenálásnál (ide értve mindent, ami nem teljes genom szekvenálás) viszont a lefedettsége…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (5. rész)

2017.05.15. 00:28 Travis.CG

Nincs két egyforma szekvenálás. A kapott read mennyiség futásról-futásra változik. Ha csupán összeszámoljuk a vizsgált egységre (génre, transzkriptre, exonra) eső readeket, nem tudjuk összehasonlítani az expressziót más szekvenálásokkal. Szükség van olyan eljárásokra, ahol a szekvenálásból eredő,…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Genome Informatics 2016

2017.03.13. 01:25 Travis.CG

Jessica Chang: Transforming gene discovery by radically open data sharing A humán gének 51%-áról nem tudni, milyen hatással van a fenotípusra. Az újgenerációs szekvenálásoknak és a bioinformatika fejlődésének hála a felfedezések száma ugrasszerűen megnőtt. A következő 15 évben valószínűleg megugrik…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika nanopore machine learning

Tévedni kutatói dolog

2017.03.06. 00:15 Travis.CG

A Sangerben általában hatékonyan mennek a dolgok. Természetesen itt sokan panaszkodnak, hogy a rendelési rendszer bonyolult, az állatházban fintorognak, ha egyedi kérés van, stb, de összességében szerintem tervszerűen haladnak. De nem hiba nélkül. Ha pedig hibáznak, akkor az nagyot szól.…

Szólj hozzá!

Címkék: életmód bioinformatika

Érdekes beszélgetés egy fizikussal

2017.02.20. 00:59 Travis.CG

Itt a Sangerben hihetetlen figurákkal lehet összefutni. Az egyikük Tony, aki az EBI-nál a szekvenciák tárolásával foglalkozott. Előtte 15 évig a CERN-ben volt, hogy a részecske ütköztető által generált töménytelen adat tárolását megoldja. Elég jó rálátása van mindkét tudományterületre, a jelen poszt…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (4.rész)

2017.01.16. 00:58 Travis.CG

Az illesztést követően meg kell határozni, hogy a vizsgált régiókra mennyi read esik. A vizsgált régió lehet gén, transzkript, de akár exon is. Annak ellenére, hogy ez első látásra egy egyszerű feladat, hamar érdekes kérdésekre kell választ adnunk. A régiók ugyanis átfedhetnek. Antiszensz…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Jegyzeteljünk

2016.12.19. 01:10 Travis.CG

Mikor elkezdtem a PhD-t, témavezetőm adott egy hatalmas füzetet és elmagyarázta, hogyan kell jegyzőkönyvet vezetni: minden nap új oldalt kezdeni, dátum a jobb felső sarokban, oldalszámozás a jobb alsóban és az előző munkafázis oldalszámát feltűntetni. Spirálfüzetet elfelejteni, mert abból csak…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (3.rész)

2016.11.27. 21:55 Travis.CG

Elérkeztünk az RNA-seq legvitatottabb lépéséhez, az illesztéshez. Bárkivel beszéltem eddig RNA-seq-ről, mindenkinek megvolt a jól bejáratott véleménye arról, hogy melyik szoftvert kell használni és ebben a kérdésben nem ismert irgalmat. De én elárulom a nagy titkot. Csak nektek, ingyen. De aztán ne…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika

Túlprogramozás

2016.11.07. 00:47 Travis.CG

Egyszer volt, hol nem volt, valahol a CRT monitorok idején, de még a tapicskolós mobiltelefonok megjelenése előtt, a Napster fénykorában, volt egy zenelejátszó program, a WinAmp. Manapság, amikor gigabájtos tárak csücsülnek a zsebünkben, megmosolyogtató, hogy számítógépen tároltuk a zenéket, sőt még…

1 komment

Címkék: filozofálás bioinformatika

Majdnem mindent az RNA-seq-ről (2.rész)

2016.11.04. 01:55 Travis.CG

A szekvenálás minőségének meghatározása szinte teljesen megegyezik a DNS szekvenálásnál alkalmazott módszerekkel. Ez nem is meglepő, hiszen miután a minta előkészítés során az RNS-t átírtuk DNS-é, a gép ugyan úgy hajtja végre a szekvenálást. A FastQC ugyan úgy használható. Az értékelés során…

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika