HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Az MTA Cloud felhasználási lehetőségei

2018.10.14. 21:40 Travis.CG

Alapvetően az MTA Cloudon igényelhető gépek kicsik. Nekem például az otthoni, 6 (vagy 7?) éves gépemet egyik instance sem képes megszorongatni. Még az előző munkahelyi ócskavas is lealázza őket memóriában. Na, de akkor mire lehet használni őket? A kérdés jogos, bemutatok pár felhasználási…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing

MTA gőzpamacs

2018.03.18. 00:14 Travis.CG

Azt hiszitek, hogy a magyar szuperszámítógépek helyzeténél nincs rosszabb? Akkor még semmit nem tudtok az MTA Cloud gőzpamacs helyzetéről. Miközben a NIIF-el hadakoztam, hogy hozzáférést szerezzek, vészmegoldásként regisztráltam az MTA párafelhőjébe. Már a kiírásból láttam, hogy ez édes kevés lesz,…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing

Nem a tiéd

2017.11.13. 00:21 Travis.CG

Technológiai trendek terén mindig is rosszul döntöttem, illetve van egyfajta vonzódásom a vesztes megoldások iránt. Például annak idején szívbaj nélkül vettem egy Efika 5200b-t, pedig mindenki mondta, hogy kevés a memória benne, vannak jobb alternatívák, ha MorphOS-t akarok használni. De a microA1-t…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás cloud computing

Klaszter adminisztráció

2017.01.29. 01:37 Travis.CG

A klaszter adminisztráció nem egyszerű feladat. Emlékszem, még az egyetem alatt az egyik tanár mesélte az új labor felállításáról, hogy a telepítést úgy oldották meg,  hogy egy gépre elvégezték, majd a dd paranccsal a többi gép merevlemezére másolták azt. Nyilván, ha egyforma gépeink vannak, azokat…

Szólj hozzá!

Címkék: rendszergazda cloud computing

Fájltalan, szervertelen...agyatlan?

2017.01.11. 01:07 Travis.CG

A cím kicsit félrevezető. A fájl nélküli (filess) nem azt jelenti, hogy nincsenek fájlok. A szerver nélküli (serverless) esetén se gondoljunk arra, hogy a szolgáltatások a semmin futnak. A két koncepció csupán annyit jelent, hogy a fájlok és szerverek, mint elsődleges célok megszűnnek és helyüket…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing

Intézeti felhőcske 2: Hadoop

2014.07.14. 08:00 Travis.CG

Több gépünk is van, ami nincs 100%-ban kihasználva, ezért úgy gondoltam, telepítek rájuk Hadoopot. Már csak a HDFS is megérné, hiszen a tárolt adatok így is több gépen vannak össze-vissza, gyakran aszerint, hogy éppen hol van hely. Ha emellett még MapReduce alkalmazásokat is…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika hadoop

Intézeti felhőcske

2013.10.22. 18:51 Travis.CG

Eddig elég sok negatív dolgot írtam a cégekről, pedig egy területen nagyon is az akadémiai szféra előtt járnak, ez pedig az információ rendszerezése. Gondolok itt arra, hogy a futó projektek hol tartanak, kinek, mi van vissza egy feladatból. Az újonan belépőknek dokumentációk…

4 komment

Címkék: cloud computing bioinformatika

BioIT World 3. rész

2012.10.18. 13:42 Travis.CG

Kicsit késve itt a harmadik nap összefoglalója: A harmadik nap a Tavaxy megismerésével kezdődött. Ha azt mondom, hogy ez is egy munkafolyamat tervező alkalmazás, az olvasónak talán beugranak ilyen nevek, mint Taverna, vagy Galaxy. Ez a két program előnyeit egyesítő harmadik program.…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

BioIT World 2. rész

2012.10.10. 23:32 Travis.CG

Még tegnap este megnéztem kedvenc marketingesünk laptopját, mert állítólag elromlott. Az elromlott azt szokta jelenteni, hogy nem azt csinálja, amit a tulaj szeretne, ezért erős fenntartásokkal fogadtam a tüneteket. Végül sikerült megállapítani, hogy tele van a merevlemez hibás…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

BioIT World 1. rész

2012.10.09. 21:35 Travis.CG

A vonat sebesen szeli át az országot, hogy elérjen Bécsbe, a BioIT World konferencia színhelyére. A cég, amelynek alkalmazásában állok, itt akarja népszerűsíteni legújabb termékét, nekem meg sikerült kiharcolnom, hogy eljöhessek én is. Az eljövetel egyik feltétele az volt, hogy…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

Bioconductor installálás felhőre

2012.08.10. 11:39 Travis.CG

A Bioconductor egy olyan R csomag gyűjtemény, ami statisztikai oldalról támogatja a bioinformatikai munkát. Validálásnál, az eredmények kiértékelésénél rengeteg olyan eszközt ad a kutatók kezébe, amely nélkül a munkájuk minősége nehezebben állapítható meg. Amikor…

Szólj hozzá!

Címkék: rendszergazda cloud computing bioinformatika

ISMB-ECCB 3. rész

2011.07.20. 09:26 Travis.CG

Daniel Blankenberg: NGS best practices through Galaxy: Cloudbased variant discovery with visual analyticsEbben az előadásban a Galaxy rendszert ismerhették meg a hallgatók. A program előnye, hogy ingyenes, felhő alapú megoldást nyújt (természetesen az Amazon használatáért fizetni kell).…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

ISMB-ECCB 1. rész

2011.07.17. 20:22 Travis.CG

A mai poszt egy bécsi bioinformatikai konferenciáról érkezik. A cég, ahol dolgozom kiállít és előadást tart, én személy szerint poszterrel is jelen vagyok. A bécsi konferencia központban van a rendezvény, ami egy hatalmas épület, felszerelve minden technikával, amivel egy…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

MPI klaszter és kémiai informatika

2011.06.13. 08:02 Travis.CG

Mivel soha életemben nem foglalkoztam kémiai informatikávalés soha nem installáltam több processzoros gépre semmit, ezértitt volt az ideje, hogy mind a kettőt kiadják nekem feladatnak.Az Amazon rendszerén van lehetőség egy 16 processzoros, processzoronként4 magos gép igénylésére.…

Szólj hozzá!

Címkék: rendszergazda cloud computing

A mérkőzés

2011.03.09. 10:20 Travis.CG

Jó estét, jó szurkolást. Mai félnehéz súlyú mérkőzésünkön két igazi nagyágyú méri össze tudását. A tét nem kevesebb, mint a CLCBio Genomics Workbench elindítása. A mérkőzés helyszínét az Amazon biztosítja. Az idő szokás szerint felhős.A kék sarokban a…

Szólj hozzá!

Címkék: biztonság cloud computing

EnsEMBL weboldal telepítés

2010.11.19. 13:19 Travis.CG

Az adatbázis telepítése viszonylag egyszerű volt, ráadásul a rutin is segített. Most viszont egy új kihívással állok szembe. A teljes weboldalt telepíteni akarom egy Amazonos gépre.Mindjárt az elején közlöm, hogy a dokumentáció nem sokat ér. Sok olyan lépés van, ami vagy…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

Amazon és a biztonság

2010.11.17. 15:20 Travis.CG

A korábban bemutatott EnsEMBL adatbázist akartam kiegészíteni a weboldallal. Ennek érdekében felállítottam egy webszervert. Nagyjából három óra elteltével a logfájlok tele voltak ilyen bejegyzésekkel:File does not exist: /usr/local/ensembl/htdocs/phpMyAdminMinden féle…

Szólj hozzá!

Címkék: biztonság cloud computing

EnsEMBL telepítés a felhőre

2010.10.20. 12:57 Travis.CG

Korábbi bejegyzésemben arról panaszkodtam, hogy az Amazon Cloudon csak az ember adatait tette fel az EnsEMBL, abból is egy régi verziót. Örömmel közölhetem, hogy ez nem igaz. A teljes adatbázis fent van MySQL és Fasta formátumban. Mostani írásomban arra akarok kitérni, hogyan lehet…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika

Felhő számítás

2010.09.30. 11:11 Travis.CG

A felhő alapú számítások (cloud computing) nagy népszerűségnek örvendenek manapság. Segítségükkel meg lehet határozni Isten számát, vagy a bioinformatika egyre növekvő tárhely éhségét,Az Amazon rendszerét használva viszont nem tapasztalom azokat az előnyöket, melyeket a…

Szólj hozzá!

Címkék: cloud computing bioinformatika