HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: @Travis.CG: Nohát, nem is tudtam, hogy ilyen van... bár ahogy elnézem ezek a komponensek fizetősek... (2018.11.01. 10:14) Rossz beidegződések a bionformatikában
  • Csenge Tarnói: Ez érdekes. Most csinálok egy meta-analízist, életemben először, úgyhogy az én tudásom is felszíne... (2018.10.01. 21:39) Ez már nekem sok
  • robertherczeg: Nekem a kedvenc az volt, hogy: "Inkább eleve Mann-Whitney és/vagy Wilcoxon tesztet használjunk, m... (2018.09.04. 07:47) Ezért utálom a Wilcoxon-tesztet
  • Travis.CG: ÉÉÉÉÉs megjelent! (2018.08.24. 23:31) Nehéz szülés 2
  • Szedlák Ádám: Hogy én mennyire köszönöm ezt a posztot, arra nincs szó. A kódoljon mindenki / legyen mindenki olc... (2018.06.25. 03:37) Legyen mindenki programozó

Ezt sem Wilcoxonnal számoltam...

2018.10.08. 00:01 Travis.CG

Remélem nem unjátok öntömjénező bejegyzéseimet, mert én nem. A következő poszt olvasásához a következő zenét ajánlom: Eredetileg a fenti címmel akartam egy levelet küldeni a volt főnökömnek legújabb cikkemről. Történt annak idején, hogy sokadszorra kifogásoltam, miért nem DESeq2-t használunk…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A tökéletes PhD hallgató

2018.09.19. 09:44 Travis.CG

Ismét hosszú várakozás előzte meg ennek a cikknek a megjelenését. Az egész úgy kezdődött, hogy még a Sangerben megkértek, hogy egy PhD hallgatónak segítsek az RNA-seq feldolgozásban. Természetesen a csoportomnak nyújtott támogatás mellett, amolyan extra munkaként. Mivel volt még szabad kapacitásom,…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Alázat

2018.04.09. 00:46 Travis.CG

Sokan bírálják a tudományos életet, hogy mennyire hatalmi elvű, mert minden a csoport vezetőknek van alárendelve. (A csoport vezetők meg a különböző bizottságoknak, akik a pénzt osztják a kutatásra.) De ennek van egy kevésbé értékelt pozitív hozadéka is, az alázat. Alázat alatt nem a minden ok…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Politikai döntés

2018.01.15. 23:23 Travis.CG

Egy újabb régi munkára került fel a pont. Megjelent a második genom szekvenálásból származó cikkem. A szarvassal már régóta foglalkoztak az intézetben. Mikor PhD hallgató voltam, már akkor is rengeteg előadást hallottam a vele folytatott munkákról. Ha jól emlékszem, 2014 körül jött el az idő, hogy…

1 komment

Címkék: publikáció

Nehéz szülés 2

2017.12.24. 23:15 Travis.CG

Ha ez volt a nehéz szülés, akkor a mostani a farfekvéses ikrek voltak. Ha létezik elátkozott projekt, akkor ez az volt. Természetesen ez a projekt is úgy indult, hogy "nagyon gyorsan kell az eredmény, mert a kínaiak megelőznek minket". Ha jól emlékszem, 2014 tavaszán kerestek meg minket. Kis RNS-t…

1 komment

Címkék: publikáció

Vissza a gyökerekhez

2017.10.15. 00:44 Travis.CG

Emlékszem, mikor először tanítottak nekem bioinformatikát, a feldolgozandó szekvenciák mérete kisebb volt, mint egy Wordben megírt kérvény. Akkoriban még olyan programok is voltak (igaz, egyre csökkenő relevanciával), amelyek a szekvenciák szerkesztését próbálták meg segíteni. Igen, egy…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Elfeledve

2017.09.27. 10:56 Travis.CG

Szabály: Soha ne nézd meg volt kollégáid publikációit, ha nem akarsz csalódni. Az egészről az MTMT adatbázis tehet, ami annyira szerencsétlen, hogy egy külön posztot érdemelne. Az történt ugyanis, hogy fel akartam vinni egy publikációt, de mivel cím alapján nem tudtam rákeresni, egy szerzőtársam…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A jutalom

2017.07.02. 21:24 Travis.CG

A kutatói munka nem olyasmi, mint a versenysport vagy a katonai szolgálat, ahol folyamatosan plecsnikkel adják az ember tudtára, hogy jó munkát végzett. Ez nem jelenti azt, hogy ne lenne szükség visszajelzésre. Van is visszajelzés. Minden publikáció egyfajta elismerés, hiszen más kutatók átnézik a…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A dolgok mélysége

2017.01.23. 01:36 Travis.CG

Kijött az idei első cikk! Az elemzés egyik lépéséről már készült egy korábbi poszt. A vizsgált régióra még a tesztelésre megkapott egyik MinION-t is ráengedtük, de nem volt elég nagy a lefedettség, hogy bármi érdemi eredményt kapjunk. Amilyen gyors volt a bioinformatikai elemzés, a kísérletes…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Kit vegyünk be a cikkbe?

2016.12.30. 02:18 Travis.CG

Vége a hosszú, fáradságos munkának. Kész a kézirat is. A munkatársak, akik eddig együtt, vállvetve kutatták az ismeretlent, hirtelen ellenségekké vállnak és megkezdődik a harc, hogy milyen sorrendben legyenek a szerzők nevei feltűntetve. De előtte még felmerül a kérdés: egyáltalán kit vegyünk…

Szólj hozzá!

Címkék: filozofálás publikáció

Kruskal-Wallis kisiparos

2016.11.14. 20:11 Travis.CG

Miután kiderült, hogy némi R szkripteléssel klikkelések ezreit tudom megspórolni, újabb búzás megbizatást kaptam. Maga a számítás nem volt bonyolult, hamar megvoltam vele. Utána viszont hosszú ideig nem történt semmi olyan, amihez a segítségem kellett volna. A publikálás itt is nehezen ment. Talán…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Úttörő munka

2016.09.26. 01:11 Travis.CG

Legfrissebb megjelent publikációnk igazi fejes ugrás az ismeretlenbe, mert a plazmidok és azok funkcionális elemeinek a keresése közben olyan módszerrel dolgoztunk, ami nem csak, hogy kiforratlan, de azon kívül, hogy "tök baró", nem is tudtunk semmit. Igen, a MinION szekvenálóról van szó. Mint…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció nanopore

Nincs megállás

2016.08.25. 08:01 Travis.CG

Következő bejegyzés olvasása közben javaslom ennek a hallgatását. Végtelenítve, ha lehet. Szerencsés vagyok olyan szempontból, hogy mindig épp időben kapcsolódok bele egy-egy munkába. Ez volt a mangalica cikknél is és ez történt itt, a Sangerben is. A munka nehezét, vagyis az egerek felnevelését,…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Sziszüphosz-cikk

2016.08.22. 00:06 Travis.CG

Végre megjelent a Science Nature Genome Biology BMC Genomics cikk. Az egész úgy kezdődött, mint egy mese: Egy PhD hallgató töménytelen mennyiségű chip-seq illesztés nézegetése után furcsa anomáliára lett figyelmes: A CTCF kötőhelyek orientációja bizonyos szabályszerűséget mutat. Nem volt terabyte-os…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A tekintély elve

2016.08.07. 23:57 Travis.CG

Észre sem vettem, hogy még egy cikkem megjelent. Őszintén szólva teljesen megfeledkeztem erről a munkáról, csak a mindent behálózó internetnek köszönhető, hogy ez az apró sziporka feledésbe nem merült. Ez egy elég marginális projekt volt, régen is történt, ezért elképzelhető, hogy nem minden…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A bizalom drága kincs

2016.06.10. 07:55 Travis.CG

Jobb ha van, de ha nincs, akár egy cikk is születhet belőle. Pontosan ez történt ugyanis a legújabb publikációnknál. A búza mikroRNS szekvenáláshoz a könyvtár előkészítést egy PhD hallgatónak kellett volna csinálni, de az egyik szenior kutató úgy gondolta, bölcsebb, ha nem tesz fel mindent egy lapra…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Rémálmaim projektje

2016.01.11. 00:52 Travis.CG

Megszületett életem eddigi legkellemetlenebb, legzűrösebb, legutálatosabb, legmegalázóbb munkájából a cikk. Az egész 2012-ben kezdődött, amikor visszatértem az akadémiai szférába. Ez volt az első projekt, amibe bekapcsolódtam és itt szereztem meg a rutint a mikroRNS-ek elemzéséhez. Minden nagyon…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Segítségnyújtás

2015.07.21. 21:44 Travis.CG

Legújabb cikkünk  egy együttműködés keretében született. Megkerestek az állatorvosok, hogy segítsünk nekik egy Staphylococcus genom összeszerelésében és mutassuk meg nekik a felhasznált bioinformatikai módszereket is. A Mira-t hasznaltuk, de megpróbálkoztunk különböző scaffolderekkel is, hátha…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

Beindul a termelés

2015.03.19. 22:26 Travis.CG

Kezdenek beérni a munkák. Hosszú pangás után beindult az impakt faktor gyár. Eddig ezzel a cikkel volt a legkevesebb problémám. Ez annak is köszönhető, hogy az első revízió után kapcsolódtam be a munkába. A vizsgálatok során öt búzafajta kb. 20 metabolit szintjét mérték két évjáratban, három…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A cikk, ami majdnem nem készült el

2015.03.08. 23:09 Travis.CG

Sok tekintetben a kutatás egyfajta versenyfutáshoz hasonlít, ahol az első helyezetten kívül nincs díjazás. Szerencsére elég sok versenyszám van, de így is tetemes mennyiségű kutató áll rajthoz. Hogy tovább növeljem a képzavart, néha csak akkor látjuk a konkurenciát, amikor az már célba ért és minket…

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció