HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

Lassú víz

2017.12.14. 23:11 Travis.CG

A blogbejegyzés olvasása közben ezt a zenét javaslom:

Az egész úgy kezdődött, hogy kértem hozzáférést a magyar szuperszámítógépekhez. Először is, ki kellett tölteni egy webes űrlapot, ami elküld egy PDF-et, amit ki kell nyomtatni, tintával aláírni és elpostázni vagy elfaxolni a NIIF-hez. Már van ebben némi rutinom, nem számítottam rá, hogy bármi bonyodalom lesz.

Először is, az egész intézetben egy darab faxgép/fénymásoló/nyomtató volt, az sem működött. Nem kapott vonalat. Egy titkárnő próbált segíteni nekem, nem sok sikerrel. Már ki akarta rá tenni a táblát, hogy rossz, amikor rövid nézelődés után észrevettem, hogy nincs bedugva a telefon kábel. Biztos ti is láttátok a reklámot: ha ennél olcsóbban adnánk, neked kéne összerakni.

Az emailben, amiben megkaptam a PDF-et, a megadott szám nem válaszolt. Még egyszer elküldtem. Beírtam a 06-t elé, kihagytam a 06-t. Semmi reakció. Persze minden egyes próbálkozás 10 perces szünetekkel ment, mert az a nyomorult gép tárcsáz, újratárcsáz, közben érkezik negyven papír, amit a gazdasági hivatal nyomtat. Végül kiköpi a szerencsétlen a jelentést, amiben közli, hogy nem sikerült.

Aztán észrevettem, hogy a PDF-ben szereplő telefonszám és az emailben megadott szám eltér. Nosza, próbáljuk ki azt is! Természetesen 06-al, anélkül, stb. Erre elment!

Egy hét múlva sem érkezett válasz. Még annyi sem, hogy megkaptuk a tetves papírjaimat. Akkor írtam egy e-mailt. Két-három nap múlva válaszoltak is, hogy megkapták az faxot és ők úgy tudják, mindkét fax szám működik. Hahaha, rosszul tudjátok.

Megint eltelt egy hét és jelezték, hogy a témaszámot elfogadták. Nagyszerű, most jön a projekt igénylés! Ezt már elméletileg a HPC portálon lehet intézni, de a valóságban nem működik. A témaszám elfogadásáról kapott email még tartalmazott egy régi linket, amit évekkel ezelőtt használtunk a hozzáférés igényléshez. Azt is kitöltöttem, kinyomtattam, faxoltam. Mivel a faxszám megegyezett azzal, ami korábban nem működött, elküldtem oda is, a másikra is, ami működött, 06-al, anélkül.

Egy hét után ismét írtam. Leírtam, hogy nem megy a portál, elküldtem a faxokat, most mi van?

A hozzáférés igénylésnél kérték, hogy becsüljem meg, mennyi erőforrást akarok használni. A Sangerben használt erőforrás igényt jelöltem meg (10T tárhely, 80GB RAM, kb. egy hét futás idő 4 processzoron). Mint később végiggondoltam, kicsit alábecsültem a szükségleteimet. De még ez is kiverte a biztosítékot náluk. Az email után kb. egy órával már kaptam egy levelet, amiben az után érdeklődtek, miért kell nekem ennyi tárhely? A processzor idő nem sok, de ezzel a rengeteg memóriával együtt nagyon szokatlan.

Szépen leírtam nekik, hogy mi, bioinformatikusok perverz vonzalmat érzünk a tömörítetlen szöveges állományok iránt, ezért kell ez a sok hely. Az R meg memóriából él. Ismét eltelt egy hét. Újabb emailt küldtem. Azt írták, tényleg nem megy a portál, kijavítják és majd válaszolnak.

Mivel nem akartam, hogy túl rámenősnek tartsanak, vártam. Eltelt egy hónap, ismét megkérdeztem, mi a helyzet. Két emailt is kaptam, olyan sebtében összedobva, hogy először azt hittem, gugli fordítóval készítette egy nigériai diktátor, hogy kimentse vagyonát az én bankszámlám segítségével. Ekkor elkezdtek dolgozni. Másnap már láttam a projektemet a portálon.

Csak bejelentkezni nem tudtam.

Újabb emailt írtam a problémáról. Bár korábban leírtam, milyen felhasználó nevet akarok, de ezt figyelmen kívül hagyták és generáltak nekem egyet. Ez a felhasználó nevem: oqqn0bf. Ha lenne benne nagy betű, még jelszó is lehetne. De ezen már nem bosszankodtam.

Jött ugyanis az újabb probléma. Nem kaptam processzor időt. Eredetileg a Debreceni gépre kértem hozzáférést, így itt akartam kipróbálni, mit tudok, de az I/O olyan lassú volt, mint egy szalagos egységnél. Kipróbáltam a Debrecen2-t, ami normális sebességgel működött. Ezért oda kértem a processzor időt.

A következő héten ismét kaptam egy levelet, hogy miért akarom én a Debrecen2-t használni, amikor az GPU-s programokra van, írjam le, milyen GPU-s programot akarok használni. Visszaírtam, hogy akkor adjanak a Debrecen1-re. Persze nem adtak. Akkor igényeltem arra a gépre is a portálon keresztül, és végre megkaptam.

Mintha nem is emberekkel kommunikálnék, hanem egy Johnny taxival. Persze futtatni továbbra sem tudok semmit, mert a lassú I/O okát nyomozzák és minden futó folyamatot felfüggesztettek.

5 komment

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr3713487173

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

ebarta · http://genomika.blog.hu/ 2017.12.15. 09:31:56

Én már vagy 10 éve küzdök velük. És csak annyit sikerült elérnem, hogy nekem ha kérek, akkor mindig adnak nagyobb kvótát. Voltam náluk, írtam kérelmeket, tartottam előadást a networkshop-on, de így is minden maradt a régiben. Nagyon szomorú, mert ugyanakkor látom hogy külföldön a genomikának mindenhol külön support-ja van a nagy HPC központokban.
Most hogy KIFÜ vagy mi lettek, még rosszabb a helyzet. Ezért próbálom erőltetni, hogy legyen egy ELIXIR-es genomika szerver. Na meg most már a Debreceni genomika szerver (ngsdeb) is elég izmos lesz a bővítés után, és egyáltalán nincs kihasználva (de fizetős, 100e forint / TByte).

robertherczeg 2017.12.15. 12:57:38

Én is hasonlóan jártam, de szerencsére, legalábbis eddig úgy tűnik, hogy nem kellett ennyit kört futni a használatához. Az én esetben az okozott egy kis gondot, hogy meghívtak egy projekthez és az a fránya regisztráció/meghívó elfogadása nem akart menni :/

De sikerült megoldani, már csak egy kis apró probléma van :)

Travis.CG 2017.12.15. 15:25:14

Igen, nekem is elmagyarázták, hogy anoním/privát ablakban kell megnyitni a linket a csatlakozáshoz, különben nem fog működni. Tehát 2017-ben ott tartunk, hogy nem tudjuk kezelni a cookie változókat.

Travis.CG 2017.12.15. 15:33:14

@ebarta: Nem biztos, hogy az a jó megoldás, hogy legyen még egy gép. Egyszerűen csak nem kellene csillió szolgáltatás (X.509 tanúsítványm ARC köztes réteg) a meglévő gépekre. Kevés legyen, de azok működjenek.

ebarta · http://genomika.blog.hu/ 2017.12.17. 10:37:43

@Travis.CG: Azért kellene dedikált gép, mert ezekben a NIIFI-s HPC-kben nincs diszk a node-okban (hiába kértem anno). A NUMA-s gép se a legideálisabb nagy memóriaigényű programok futtatására. A legjobb megoldás szerintem két fatnode (egy nagymemóriás és egy sokprocesszoros számítós) lenne belső SSD-s hardware raid-del, meg egy külső nagy tároló.
De teljesen egyetértek, az adminisztráció se jó és sajnálatos, hogy nem hajlandók figyelembe venni a genomika speciális igényeit.
süti beállítások módosítása