Megjelent egy újabb publikációnk. Csoda, hogy megjelent. Nem is tudom szavakba önteni, mennyi minden hátráltatta az adatgyűjtést, a vizsgálatokat és a megjelenést, ezért csak egy videóval összegezném a szenvedést, amit átéltünk:

Az egész egy nyúlbetegséggel indult, amiből GWAS-t akartunk csinálni. Az első probléma az volt, hogy nem lehetett pontosan megmondani, melyik állat beteg, mert a tünetek átfedtek egy csomó más betegséggel. Néha a boncolás után derült ki, hogy másban pusztult el az állat, és nem a vizsgálni kívánt betegségben. A nyilvántartás hibás volt, mert a nyúlketrecnél dolgozók nem vették komolyan az állatok jelölését. Olyan is volt, hogy a genom elemzése közben vettem észre, hogy apu nyuszi inkább anyu nyuszi, csak elírták az Excel táblában.

Apropó Excel tábla. A sok adatot mind egyetlen Excelbe vitték fel, ami végül akkorára duzzadt, hogy a legtöbb laptop memóriájában el sem fért. Vagy betöltötte egy részét, és nem tudta rendesen elmenteni, aminek az lett a vége, hogy az adatok egy része eltűnt.

Gyűjtöttünk genomokat, metagenomoka, RNASeq-et, mindent. Majd kiderült, hogy egy részét nem publikálhatjuk, mert valami különleges nyúlfajtából származnak, és a genom közzétételéhez a tenyésztő nem adta áldását. Később egyre inkább az volt az érzésünk, hogy az ipari partnert nem is érdekli az eredmény, ők inkább a termékenységhez köthető vizsgálatokat részesítik előnybe. Az, hogy néhány nyúl megdöglik egy betegségben, az nem számít (persze a pályázatból származó pénzre nem mondtak neme, de miután megkapták, látványosan lecsökkent a segítség, amit nyújtottak).

Az idő csak telt, és lassan kiderült, hogy az összegyűjtött adatokból nem lehet statisztiai módszerekkel meghatározni, hogy milyen genetikai elváltozásokkal asszociál a betegség, mert nincs elég minta.

Közben személyes problémák is felléptek. A megbeszélések személyeskedő hangvételre váltottak, ami szintén nem tett jót a további kooperációnak. A csoportunkból is mentek el a projekten dolgozó emberek, így egyre inkább úgy tűnt, hogy a több évnyi munka mind megy a kukába.

Egyetlen halvány reménysugárnak az tűnt, hogy elfelejtjük az egész betegséget, és azokból a szekvencia adatokból, amelyeket megoszthatunk a tudományos közösséggel, populációgenetikát csinálunk. Mivel a mintagyűjtésnél ez nem volt cél, a különböző nyúl fajták eltérő számban voltak reprezentálva, amit a bírálók teljesen jogosan szóvá is tettek, ezért további fajtákat szórtunk ki a vizsgálatból.

Végül a kézirat döcögősen, de megjelent. A csoportot elhagyó kollégák egy csomót szenvedtek, hogy az új munkahely elvárásai mellett ezzel a kézirattal is haladjanak. Valahogy megoldották. Valahogy sikerült. A pezsgőbontás mégis elmaradt, inkább olyan érzésem van, mintha levethetném a vizes göncöt egy esőbe fulladt kirándulás után. Senkinek nem kívánok ilyen projektet.