Az élet kódjai

A Mátrixban van egy jelenet, hogy Neo az utcát nézi, miután megvilágosodott: Valahogy én is így éreztem magam, miután rájöttem, hogy totál rosszul értelmeztem eddig a metagenomikai szekvenálásokat. Ugyanis valami miatt úgy gondoltam, hogy ez a fajta szekvenálás egy random mintavétel a…

Az emberi agy két dimezióval egész jól elboldogul. Három sem okoz túl nagy gondot. Adat elemzés közben viszont nem ritka, hogy sokkal magasabb dimenziószámmal kell dolgoznunk. Mivel az agyunkat nem tudjuk felfejleszteni a feladathoz, az adatokat butítjuk le olyan szintre, hogy mi is megértsük. Ennek…

Mivel R-ben tudok írni ciklusokat és ismerem a cor függvényt, félelmetes hatalomra tettem szert. Kegyetlen sok korrelációt tudok számolni igen rövid idő alatt. Ez a hatalom majdnem a Kruskal-Wallis tesztek hatalmával ér fel. Annyi korrelációt ki tudok számolni, hogy utána egy hónapig bogozzák az…

A rejtett Markov láncok nagyon hasonlóak a korábban bemutatott Markov láncokhoz, de van bennük egy csavar. Minden állapot bizonyos valószínűséggel emittál egy másik állapotot, amit látunk. Ezért az eredeti állapotot mi nem látjuk, tőlünk rejtve van, ezért hívják rejtett Markov láncoknak. Például,…

Szerepjátékos koromban a legnagyobb kihívást a jó karakter nevek kitalálása okozta. Rendszeresen valami nyögve nyelős, erőltetett nevet találtam ki, ami általános derültséget váltott ki a csapatban. Ha akkor ismertem volna a Markov láncokat, mindez nem jelentett volna problémát. A Markov láncok…

A kutatók is szoktak flamelni, jóllehet ők nem webes fórumok mögül puffogtatnak, hanem Nature cikkek hasábjain. Ahogy a Linux vs Windows vagy Konzol vs PC viták sem jutnak dűlőre, valószínűleg itt is sokára lesz konszenzus. De miről is van szó? Természetesen arról, hogy mellőzzük-e a p-értéket a…

A második Carpentries-t a Semmelweis Egyetemen szerveztük. Felszínesen én is résztvettem a szervezésben, de csak a weboldalt birizgáltam még a kezdetekben, és segítőként voltam jelen. Mivel az egyetem nem adott elég pénzt, kénytelenek voltunk egy szponzort is bevonni, ami az egyik régi melóhelyem…

Az adatok feldolgozásához rengeteg szoftver-környezet áll rendelkezésünkre. Ott van a veterránnak számító Matlab/Octave, újabban a számtalan kernellel futtatható Jupyter, a konzervatívabb beállítottságúaknak az RStudio., extravagánsaknak Julia. Sőt, állítólag van egy excel nevű is, de azt valami…

A fenti elnevezés gyakorlatilag a csúcsok azonosítása változó adatokon. Ezek az adatok változhatnak térben vagy időben. Jelen posztban csak a 2D csúcsok azonosítása a cél, de természetesen léteznek módszerek magasabb dimenziókra is. Aki egy kicsit is kutakodott a témában, bizonyára tapasztalta,…

Igazából több okom is van a teszt megvetésére. Először is, jelenleg mindenre ezt kell használnom, ha kell, ha nem. Hiába vannak jobb módszerek például a differenciál expresszió meghatározására, csakis Wilcoxon-tesztet lehet rá használni. Első ránézésre semmi gond nincs a próbával, hiszen nem…