Legújabb publikációnk elég érdekes volt. Vaddisznó béltraktusában kutakodtunk baktériumok után. Az én feladatom a 13 baktérium genom összerakása volt. Csak Illumina szekvenciák voltak, tehát semmi eget rengető módszert nem kellett használni. A legrosszabb összerakás is 60 kontig volt, de nem is volt cél, hogy teljesen meglegyen a referencia. Utána a genomban különböző gén családokat kellett keresnem, majd az azonosított géncsaládok filogenetikai elemzését végeztem.
Nem volt bonyolult, Viszonylag hamar végeztem vele, és a kézirat is sokkal hamarabb elkészült, mint a többi projektnél. Tulajdonképpen 1 év alatt megszületett.
Habár a módszerek, amiket használtam, pont ugyan azok voltak, mint a többi bacis cikkemben és elküldtem a teljes jegyzőkönyvemet is, többször is az jött vissza, hogy "nem tudják, mit csináltam". Például nagyon érdekelte őket, hogyan rajzoltam a törzsfát, ami igazából két sor R kód: Betöltöm a mátrixot, kiplottolom. A többszörös illesztés igényel jóval nagyobb odafigyelést a változatos paramétereséz miatt, de az persze senkit nem érdekelt.
De a fa kirajzolása az teljesen más volt. Még a kéziratba is betették a két sor R kódot, bár az R értékadó operátora átalakult nyíllá, hála a Word csodálatos képességeinek. Mikor megláttam a kéziratot, nem tudtam, hogy sírjak, vagy nevessek. Értem én, hogy a tudománynak átláthatónak kell lenni, de azt sem írták le, milyen márkájú pipettával mérték ki a vegyszereket. Szóval ezek ilyen felesleges részletek. Kértem, hogy vegyük ki őket.
A másik, amin ledöbbentem, egy heatmap volt. Én tényleg sok heatmappet láttam és generáltam, de ez volt az első, amit Word táblázatban készítettek el. Heatmap. Nem Excelben, hanem Wordben. Igazából most sem tudok túllépni rajta. Felajánlottam, hogy elkészítem R-ben, de nem kérték. Igazából egyetlen javaslatomra se érkezett válasz, mert annyira gyorsan kellett beküldeni a kéziratot, hogy még egyszer nem is küldték körbe a javításokkal. (Vagy csak én nem kaptam, mert látták, mennyit akadékoskodok.)
Egyetlen említésre érdemes dolog történt, az egyik bíráló teljesen kiakadt a Bacilus substilis-el kapcsolatos eredményektől. Hosszan ecsetelte a problémákat ezzel kapcsolatban. A probléma csak annyi, hogy az egész cikkben egyetlen B. substilis sem szerepelt. Sehol. Még az irodalom jegyzékben sem. Persze az editor sem vette észre, hogy egy Lactobacillus-os cikkben mit keresne Bacillus substilis.
Mikor erre felhívtuk a szerkesztők figyelmét, akkor már zöld utat kapott a cikk, és ment a kiadóhoz.
