Időről-időre rám találnak furcsa figurák, akik a világot jóval egyszerűbben látják, mint én. Általában nem szeretem kiölni a naivitást ezekből az emberekből, mert szerintem a világot az mozgatja előre, hogy egyesek igenis fejjel mennek a falnak és nem hallgatnak a maradiak "úgysem sikerül" szlogenjére. Gyakorlatilag a kutatók is ezt csinálják. Ha tudnánk, mi lenne az eredménye a vizsgálatnak, nem csinálnánk meg.
Természetesen ennek a fajta fafejűségnek is vannak fokozatai. Nem mindegy, hogy Rambó támad rá a fél szovjet armadára, vagy Kenny Rogers.
Aki megkeresett, az finoman szólva is a második kategóriába tartozik. Egy végzettségét tekintve zoológus azt vette a fejébe, hogy lepke fajok genomját szereli össze. Tervét csupán az alábbi - szerinte elhanyagolható - dolgok nehezítették:
- Nem tudott semmit a második generációs szekvenálásokról
- Nem tudott semmit a de-novo összeszerelésről
- Nem volt állása
- Nem volt semmilyen számítógépes infrastruktúrája
- Nem tudott semmit a Linuxról
- Mindent ő akart csinálni
Elmondása szerint már több embert is megkeresett, de mindenki csak elhajtotta. (Pedig még azt is elkezdte ecsetelni, hogy szerinte hogyan kellene egy de-novo programnak működnie.) Én nem akartam kioktatni, hogy nem így kellene állást keresnie, sem arról, hogy az emberek fizetnek azért, hogy megtanuljanak valamit, nem pénzt kapnak érte. Inkább azt javasoltam neki, hogy önerőből tanuljon meg pár dolgot, és próbálkozzon utána, mert akkor az emberek látják, hogy van benne elszántság. Küldtem neki linkeket, ahol elkezdheti tanulni az alapokat.
Fél évvel később jelentkezett újra, ahol elmondta, hogy valamennyire megnézte az általam küldött linkeket és sikerült egy PhD helyet is találnia, ahol fizetnek neki, és megtanulhatja az alapokat. Azt gondoltam, örülni fog, de nem. Elkezdte ecsetelni, hogy ez neki miért nem jó.
- Nem fizetnek eleget
- Egy másik városba kellene mennie, amit nem akar
- Nem csinálhatja teljes időben a lepkéket, hanem azt a projektet kellene vinnie, amit ott mondanak neki
Ezért kitalálta, hogy én majd odautazok hozzá, megtanítom neki azt, amit a doktori iskolában megtanítanának neki, ő meg csinálná a lepkéket. Mivel a doktori iskola nem igazán akarta finanszírozni a lepkék DNS izolálását, szekvenálását, azt "magán adományokból" akarta megoldani. Végül megkérdezte, mennyire reális, hogy ő 3 hónap alatt 4 lepke genomot összerak.
Ez volt az a pillanat, amikor tényleg ideges lettem. Ahelyett, hogy örült volna, hogy a terve kezd megvalósulni, csak nyafogni tudott. Nem akartam azt írni, hogy semmi esélye a hülye tervének, mert letöröm pont azt a lelkesedést, ami előre viszi a világot, miközben azokat a maradi érveket szajkózom, amit én is utálok hallani.
Ezért inkább azt javasoltam neki, mérje fel ő maga, mire képes. Küldtem neki egy bakteriálist SRA linket, elküldtem a SPAdes elérhetőségét. Javasoltam neki, hogy szerelje össze ezt a baktérium fajt. Direkt olyat választottam, ahol a teljes genom is elérhető volt, hogy le tudja ellenőrizni, mennyire sikerült jól a munka. Szerintem ez elég egyszerű feladat, nálunk a mikrobiológián két óra alatt el tudtam magyarázni a működését egy kutatónak. (Igaz, ő annak idején DOS-ozott, ezért nem ijedt meg a Linux konzoltól, és a SPAdes fordítást én csináltam.)
Két hét múlva jelentkezett, hogy sikerült telepítenie a programot, de most nincs ideje ezzel foglalkozni, és lehet, hogy nincs is szüksége a lepkék teljes genomjára. Azóta nem hallottam róla.
A de-novo összeszerelés egy kicsit eltér a többi genomi munkától, mert szerintem ezzel lehet a legtöbbet szöszmötölni. Mi sem bizonyítja jobban, hogy a humán genomot, amit az egyik legnagyobb vívmánynak tekintenek, még mindig nem fejezték be. Még a baktériumoknál is boldogok vagyunk, ha száz alatti kontigszám jön ki.
De mégis, csak az érdekesség kedvéért: mi kell ahhoz, hogy egy kromoszómát (nem egy genomot) elejétől a végéig összerakjunk?
Ez volt a célja egy a kutató gárdának is, akik PacBio, Nanopore, 10X Genomics technológiával megszekvenálták az X kromoszómát (egy dihaploid sejtvonalból, hogy valamennyire megkönnyítsék a dolgukat). Mivel az első kettő szekvenálási módszer eredménye rendkívül zajos, igyekeztek ezeket a hibákat minél jobban kijavítani, hogy a lehető legjobb minőségű readeket kapják.
Ezután egy program segítségével összerakták a readeket, de a centromert és más alacsony komplexitású régiókat még így sem értek át. Optikai térképezéssel próbálták elhelyezni a nagyobb darabokat, de még utána is rengeteg manuális munka volt a kontigok elhelyezésével.
A centromernél például egy nukleotidnyi eltéréseket kerestek a hosszan ismétlődő szakaszokban, hogy horgonyként használják az összeszereléshez. Mondanom sem kell, hogy ez nem lett volna lehetséges, ha a korábbi hibaszűrési lépés nem elég hatékony.
Nem tudom, mennyi idő alatt rakták össze, de 52 szerző szerepel a cikkben. Ha feltételezzük, hogy a fele főnök, aki mást sem csinált, mint "motiválta" a beosztottakat, hogy gyorsabb munkára ösztökélje őket, akkor is 26 ember dolgozott rajta. Néhányan nagyágyúk a szakmában, nem most kezdték az összeszerelést.
Lehet nagyot álmodni. Kell is nagyot álmodni, de nem szabad elfelejteni, hogy ezért tenni is kell valamit. Az esetek döntő többségében nagyon sokat, hogy valósággá válljanak.
