Pontosan nem emlékszem, hol hallottam, hogy a cikkek leírják, amit két évvel ezelőtt tudtunk. A könyv leírja, amit 5-10 évvel ezelőtt tudtunk, az egyetemi oktatásban pedig megjelenik, amit 20 évvel ezelőtt tudtunk. Habár az itt leírt számok változhatnak, az tény, hogy az oktatott anyagban mindig van egy késleltetés.
Ez egyrészt szükségszerű, mert mint a koronavírus-járvány kapcsán is láttuk, minden információnak szüksége van egy kis pihentetésre, ami alatt vagy megcáfolják, vagy megerősítik azt. Másrészt óhatatlanul maradnak a tananyagban olyan részek, amelyeknek inkább történeti érdekessége van, mint aktualitása.
Apám is sokszor mesélte, hogy a főiskolán még mindig a logarléc használatát verték beléjük, pedig akkor már látszott, hogy az elektronikus számológépek sokkal pontosabban és gyorsabban kiszámolják ugyan azt. Ennek ellenére, amit ott megtanult anyagismeretben, azt mind a mai napig hasznosítja.
Ezzel szemben én, mikor végeztem az egyetemen, és elhelyezkedtem az első kutatóintézetben, mindenki a mikroRNS-ekről beszélt, amiről azt sem tudtam, hogy micsodák, mert a genetika oktatás még a junk DNA koncepciónál tartott. A PhD védésemen is szembesültem az információ elavulás mértékével, amikor megkérdezték, miért nem használtam Chip-seq eredményeket a hipotézis igazolására. Azt válaszoltam, mikor elkezdtem a PhD-t, azok a módszerek még nem léteztek. (Igen, kicsit hosszúra sikeredett az eljárás.)
De már a PhD-m alatt is voltak jelek, hogy nem mindig azt kell megtanulni, amit tanítani akarnak. Például a témavezetőm bioinformatika kapcsán a GCG programcsomagot tanította, pedig akkor már látszott, hogy a liszenszelés miatt nem sok jövője lesz. Akkor javasoltam neki, hogy mi is térjünk át az EMBOSS tanítására, mert a hazai kutatócsoportok mind ezt teszik.
Végül mégsem tértünk át, mert a témavezetőm szerint a GCG-ben a szekvencia beírásnál át lehet definiálni a billentyűket, tehát az ATGC nukleotidokat a QWER billetyűkkel lehet beírni. Ha pedig kapunk egy autoradiográfot, akkor ezzel a módszerrel nagyon gyorsan bepötyöghetjük a nukleotidokat. Természetesen, miután elég gyakorlatot szereztünk, hogy az autoragiográf megfelelő oszlopait agyban összepárosítsuk az egymás melletti billentyűkkel.
Csupán egyetlen gond volt ezzel a ragyogó módszerrel. Soha nem kaptunk autoradiográfot, mert a szekvenáló gépek akkor már floureszcens festéket használt jelölésre, és a szekvenáló cégek az eredményt elküldték e-mailen, tehát gépelni sem kellett.
Most újabb dilemma elé kerültem. Ismét oktatnom kellett, ezért a főnököm elküldte az előadás anyagát, hogy abból válasszuk ki a nekünk tetsző témakört, amit megtartunk. Megpróbáltam olyan fejjel végignézni a tematikát, hogy mi az az információ, ami az eddigi munkámhoz releváns. Akkor megláttam, hogy két teljes óra anyaga az EMBOSS-ról szólt. Arról a programcsomagról, amiért 20 évvel ezelőtt kardoskodtam, hogy oktatni kell, mert az a jövő.
Gondolkodtam, mikor is használtam utoljára. Már 5 éve. Tizenegy éve nem fejlesztik. A legtöbb rá mutató link döglött. Kérdeztem a munkatársaimat is, ők mikor használták, de nem emlékeztek rá. Úgy néz ki, kicsi az esélye, hogy a jövőben használni kell, ezért azt javasoltam, vegyük ki a tanagyagból.
De mi legyen helyette? Valami olyasminek kellene lennie, aminek biztos nagyobb lesz a jelentősége a jövőben, és nem árt hallani róla. Például a gépi tanulásról. Szerintem már túljutottunk a deep learning hype-on, és már kezdjük csak azokra a feladatokra használni, amire ténylegesen való. Az AlphaFold kapcsán pedig láthattuk, hogy komoly eszközök alapja lehet. (Persze a szakmai féltékenység oldalát sem szabad elhanyagolni. Láttam egy nálunk kevésbé felkészült csoport tematikáját, akik büszkén hírdetik a deep learninget a bioinformatika tárgyukban. Mire én: nehogy már ők oktassák, mi meg nem!)
Végül kiegyeztük a főnökömmel egy kompromisszumban. Az EMBOSS-os óra helyett legyen egy algortimusos óra, ahol érintjük a gépi tanulást is, az EMBOSS pedig be lesz sűrítve máshova. Ezután már tényleg nem volt más dolgom az előadásokkal, csak kitörölni azokat az örök becsű diákat, amelyek megörökítették a hallgatóknak, hogyan is nézett ki az EBI honlapja 2011-ben, 2014-ben és 2019-ben. Eltávolítani olyan hivatkozásokat, ahol például a program helyett már csak a fejlesztő nekrológja található. Kicserélni néhány diát, ahol a weboldal működését Netscape Navigatorral mutatják be. Sajnos ezzel annyi idő elment, hogy nem tudtam a Windows XP-s Blast futtatás lépéseit aktualizálni. Sebaj, jövőre is kell hagyni valami munkát.
