HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

Vissza a gyökerekhez

2017.10.15. 00:44 Travis.CG

Emlékszem, mikor először tanítottak nekem bioinformatikát, a feldolgozandó szekvenciák mérete kisebb volt, mint egy Wordben megírt kérvény. Akkoriban még olyan programok is voltak (igaz, egyre csökkenő relevanciával), amelyek a szekvenciák szerkesztését próbálták meg segíteni. Igen, egy szövegszerkesztő programot kell elképzelni, amivel ATGC-t lehet beírni. Esetleg N-t.

Ebben az időben olyan programokat is használtam, amelyek különböző módon alakítgatták a szekvenciákat. Megfordították, fehérje szekvenciává alakították vagy több szekvenciában közös részeket kerestek. Ma már senki nem használ ilyesmit.

Még a Sangerben beszélgettem egy számítógépes biológussal. Olyan emberrel, aki formális képzésen sajátította el a szakmát, nem hobbiból ragadt rá valami, mint énrám. Semmit nem tudott a ClustalW-ről, Emboss programcsomagról és elmondása alapján soha nem futtatott Blastot. Az idősebbek ilyenkor azt a téves következtetést vonják le, hogy a mai fiatalok nem tudnak semmit. De igazából csak arról van szó, hogy a mi fejünk van tele idejétmúlt módszerekkel, amire a fiataloknak semmi szükségük.

De néha, ha a telihold földöntúli fénnyel világít és az árnyék világ határa eléri a mi világunkat, csak a régi tudás birtokosai vehetik fel a harcot a démonok ellen. Vagy amikor a földön kívüli inváziót csak egy múzeumból kölcsönvett csatahajóval lehet megállítani, amit szanatóriumból verbuvált legénység üzemeltet.

Pontosan ez történt ebben a cikkben. Mintha csak a kilencvenes éveket idéznénk. Összegyűjtöttük az elérhető búza szekvenciákat a GenBankből, ahol nem volt fehérje szekvencia, ott mi magunk fordítottuk le azokat. Az első szerző kézzel végignyálazta és kijavította a hibásan felvitt szekvencia leírásokat. Többszörös illesztéseket futtattunk, majd a közös részekből meghatároztuk azokat a szekvenciákat, amelyekre érdemes PCR-t tervezni.

Jópofa projekt volt, de nem valószínű, hogy az elkövetkező 10 évben újra szükségem lenne a módszerekben alkalmazott programokra.

Szólj hozzá!

Címkék: publikáció

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr4412945899

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.
süti beállítások módosítása