Nem kétséges, hogy azoka, akik tesztelési és elemzési célra újgenerációs szekvenálási adatokat akartak szerezni, először a SRA-t keresték fel. A pénzügyi problémák viszont utólérték ezt a szervezetet is, mint az ebből a blogból kiderül. Valószínű, hogy bezárják ezt az adatbázist.
Miért is jelent ez problémát? Először is, az újgenerációs szekvenálás hatalmas mennyiségű adatot termel. A marketing szövegeken túl ugyanis elég rossz minőségű szekvenciákat produkálnak ezek a készülékek (legalábbis a régi típusú Sanger szekvenáláshoz képest), amit úgy próbálnak orvosolni, hogy többször szekvenálnak meg valamit. Ezt hívják lefedettségnek. Egy 10-szeres lefedettségű emberi szekvencia elérheti a 30GB-ot is, tömörítve. Érthető módon senki nem szeret a munkaállomásán ekkora mennyiségű adatot tárolni. Ehhez még hozzájönnek az elemzések során kelektkezett állományok, és máris ott tartunk, hogy feléltük egy átlagos merevlemez kapacitását.
A másik probléma, hogy ezeknek az adatoknak elérhetőnek kell lennie mások számára is. Egyrészt, hogy ellenőrizhessék azokat, másrészt további vizsgálatokat végezhessenek. Ezért nem elég, ha ezek az adatok ott porosodnak bármilyen adathordozón, az interneten elérhetőeknek kell lenniük.
Ez a hely pedig sokáig az SRA volt. Rajta kívül van még az ENA, de engem személy szerint nem nyűgözött le a megtalálható adatok mennyiségével, bár akadnak érdekes szolgáltatásaik is.
Mit lehet tenni, hogy kiváltsuk az SRA-t? Két fő csapásirány lehetséges. Az egyik a centralizált adatbázis, a másik a decentralizált.
Centralizált megoldások
- Jön egy új szervezet, megszámlálhatatlan mennyiségű tárhellyel és egyszerűen átveszi az SRA helyét. Például a fent említett ENA
- Mindent felhő alapú gépekre helyezünk, például az Amazonra.
Decentralizált megoldások
- Biotorrent. Nem csak a legújabb Hollywoodi filmeket szerezhetnénk be a hírhedt fájlcserélő szolgáltatáson keresztül, hanem kedvenc szekvenciánkat is. Csak legyen, aki seedel. :-)
- dCache-szerű rendszer fejlesztése. A fizikusok is sok adatot termelnek, és ők ezzel oldották meg az adatelérést.
