Végre megjelent a Science Nature Genome Biology BMC Genomics cikk. Az egész úgy kezdődött, mint egy mese: Egy PhD hallgató töménytelen mennyiségű chip-seq illesztés nézegetése után furcsa anomáliára lett figyelmes: A CTCF kötőhelyek orientációja bizonyos szabályszerűséget mutat. Nem volt terabyte-os memória a gépében, nem használt agyonbonyolított matematikai modelleket, mégis valami olyasmit vett észre, ami a nagyok figyelmét elkerülte.
Többen is csatlakoztak a munkához, dolgozgattak és kezdett egyfajta kép kialakulni, amire eddig senki nem gondolt. De ha csak ennyi történt volna, a posztnak vége is lehetne. Magasabb szinten kisebb konfliktus kezdett kialakulni arról, hogyan is folytatódjon a munka. Egyik oldalon a még több kísérletet pártolták, míg a másik oldal elégségesnek érezte a bioinformatikai munkát a publikáláshoz. A pontos részletek nem voltak világosak előttem, mert mindez Debrecenben történt, de valahogy így képzelem el:
Amíg ment a civakodás, megjelent egy cikk, ami jó időre lehűtötte a kedélyeket. Ezt az időszakot a depresszió jellemezte.
Már nem emlékszem pontosan, mennyi idő telt el, de lassan kezdett feltámadni a remény, hogy bár sok mindent leírtak, talán még maradtak hiányzó részletek, amit érdemes lenne leközölni. Az önbizalom is visszatért, mert nem kevesebbet tűztek ki maguk elé, mint hogy a Nature-be közlik le az eredményeket.
Ami eddig történt, azt csak a kispadról követtem nyomon. Akkor kerültem játékba, amikor a volt főnököm megkért, írjak egy szimulációs progit, amivel azt néznék meg, hogy ha véletlenszerűen összekeverik a kötőhelyek sorrendjét, akkor is ugyan azt az eredményt kapjuk-e. A szerzők száma is emelkedett, mert ha a Nature-be közlünk valamit, nem árt, ha van valaki, aki már publikált oda és csinált már ilyen szimulációt.
A program maga nem volt egy nagy csoda, összekeverte az adatokat, majd megszámolta, hányszor jön ki a hipotézisnek megfelelő sorrend. C-ben írtam, így a Matlabhoz szokott emberek igencsak meglepődtek, amikor egy hónap helyett pár nap alatt lefutott. Ez persze lehetőséget teremtett rá, hogy a különféle - sokszor ad-hoc - ötleteket kipróbáljanak. Néha már nem is tudtam, kinek, mi a kívánsága, csak létrehoztam mindegyiknek egy branch-et és azon dolgoztam. GitHub elbírta.
A másik sarkallatos pont a modellt reprezentáló ábra volt. Itt is ment a vita, kinek melyik ábrázolás és színösszetétel tetszik.
A sok megfeszített munka után a kézirat eljutott a Nature-ig, ahonnan csont nélkül visszapattant. Ekkor kezdődött a görög mitológiát megszégyenítő huza-vona. Cikk bement valahova, majd visszajött, átdolgozták a szöveget, új kísérleteket elemeztek, az nem tetszett a rewiewernek, kivették az eredményeket, ismét beküldték. Komolyan nem tudnám felsorolni az összes állomást, de a kézirat valamelyik állapotában megjárta a Science-t, Genome Biology-t, végül a itt kötött ki. Ezt én újra a kispadról figyeltem, mert közben munkahelyet váltottam.
Végül Sziszüphosz köve felért a hegyre. Vicces, hogy mivel a szerzők között vagyok, a Sanger heti cikk ajánlójában, mint "Staff paper" szerepel, pedig minden, amit csináltam, Magyarországon történt.
