Legfrissebb megjelent publikációnk igazi fejes ugrás az ismeretlenbe, mert a plazmidok és azok funkcionális elemeinek a keresése közben olyan módszerrel dolgoztunk, ami nem csak, hogy kiforratlan, de azon kívül, hogy "tök baró", nem is tudtunk semmit. Igen, a MinION szekvenálóról van szó.
Mint arról már beszámoltam, két csoport is csatlakozott a MinION Access Programhoz (MAP), aminek keretében kütyüket kaptunk. A csoport azt remélte, hogy egy transzpozon elemekkel átitatott megaplazmidot a hosszú readekkel megszekvenálnak és feljavítják az Illumina readekkel összerakott scaffoldokat.
Nem volt sok probléma, leszámítva a könyvtár előkészítési protokolt, a flowcell-t, a szekvenálót, a DNS-t, a basecall szoftvert, az Oxford Nanopore ügyfélszolgálatot és a tényt, hogy a munka kezdetén egyetlen olyan alkalmazás sem volt, amit MinION-ra terveztek volna. Ennek ellenére belevágtunk és a többi MAP taggal együtt próbáltuk használni a szerkezetet.
Tényleg élveztem a MinION-al való munkát, annak ellenére, hogy igazából egyetlen innovatív fejlesztéssel sem járultam hozzá a közösség munkájához, sőt az igazi szekvenálási sikereket is akkor érte el a csoport, miután eljöttem. (Nehogy messzemenő következtetéseket vonjon le bárki is!) Talán abban mérhető az én szerepem, hogy igyekeztem meggyőzni mindenkit, hogy ne lépjen ki a programból és a sorozatos kudarcok ellenére is fizessék ki az újabb flowcelleket.
De ezekből a kudarcokból tanultuk meg például, hogy a flowcellek nem tárolhatóak hónapokon át. Erről az igen fontos tényről például egyetlen blogbejegyzés vagy dokumentáció sem volt.
Ami viszont nagyon jó volt a projektben (a kütyüvel való játszadozás mellett), hogy bioinformatikusként úgy éreztem, a kutatás része vagyok, nem csupán egy gomba. Nem csak én adtam eredményeket nekik, ők is megosztották velem, amit találtak. Folyamatosan ment a kommunikáció, mindig tisztában voltam a projekt alakulásával.
Igyekeztünk meglovagolni a MinION hype-ot, amikor minden cikk magas impaktú lapban jelent meg, még akkor is, ha semmi értelmesről nem szólt, de sajnos a folyamatos kudarcok ezt nem tették lehetővé. De azért akkor is örülök neki, hogy van bizonyíték, hogy dolgoztam a szerkezettel.
