A következő beszélgetés foszlányaiban több, különböző megbeszélésen hangzott el életem során:
- Ebben a publikációban nincs hipotézis.
- Mert ez egy leíró jellegű cikk.
- Ebben a publikációban random módszerek vannak egymás után.
- Mert ez egy leíró jellegű cikk.
- Ebből a publikációból semmi érdemlegeset nem lehet következtetésként levonni.
- Mert ez egy leíró jellegű cikk.
- Ennek a publikációnak nincs koherens váza.
- Mert ez egy leíró jellegű cikk.
- A publikáció olvasása közben többször elaludtam, mert a teljesen egyforma bekezdések összefolytak a szemem előtt.
- Mert ez egy leíró jellegű cikk - válaszolja egy képzeletbeli gyerek kórus.
Nem csoda, hogy az évek során, ha csak meghallom a "leíró jellegű cikk" kifejezést, azonnal egy elnagyolt, unalmas, érdektelen munka képe villan be.
Ha a való élet követne bizonyos kalandregényekbe illő dramaturgiát, akkor olyan szófordulatokkal élhetnék, hogy "de álmomban sem képzeltem, hogy ez a cikk is ilyen lesz". Esetleg: "de ez a cikk felfedte előttem a leíró jellegű alkotások szépségét".
Az igazság viszont legtöbbször mentes ezektől a remek kis fordulatoktól, ezért a most bemutatásra kerülő alkotás egy leíró jellegű cikk, annak minden jellemzőjével. Úgy is mondhatnám, ez a leíró jellegű cikkek archetípusa.
Ez szintén egy örökség projekt részeként indult. Akkor kaptam meg, amikor már szinte minden kész volt, pár apróságot leszámítva. Az alapfelállás egy bödön méz, ami nagyjából öt évet állt a szekrényben, mielőtt elkezdték volna vizsgálgatni, és amiben csodával határos módon találtak egy ismeretlen baktériumot. Mit csinál egy biológus, ha baktériumba nyúl? Nem, nem kezet mos. Szekvenál. Szerencsére, vagy nem, ebben a baciban volt egy rakás transzpozon, amit az egyik mikrobiológus elkezdett az inszerciós elemek manuális keresgetésével összepárosítani.
Mivel ezek a szerencsétlen inszerciós (IS) elemek nem átallottak génekbe beleugrani, amitől az annotáló programok rendre elhasaltak. Kutatónk ezért manuálisan írta be a géneket, jelezte az IS elemeket, majd az egészet átadta nekem, hogy töltsem fel a GenBankba.
Ez egy elég fájdalmas procedúra volt, mert az NCBI autómatikus annotálója felülbírálta az általam beírt annotációt, folyton kiabált, hogy "ennek a génnek nincs stop kodonja", vagy "ez a gén nem metioninnal kezdődik".
A problémák egy részét autómatikusan tudtam javítani, de így is maradt épp elég manuális szüttyögés. A sok vacak javítgatás után feltöltöttem a szekvenciákat. Azt hittem, most már vége, de nem. Jött a manuális kurátor, aki kereste a plazmid szekvenciákat, és nem értette, miért nincs meg a másik fele egyes géneknek.
Aki már levelezett az NCBI stábbal, az tudja, hogy ez úgy néz ki, hogy küldenek egy levelet, amire adnak egy hét válaszadási időt. Ha válaszoltunk nekik, akkor hónapokra eltűnnek, majd váratlanul egy újabb problémával keresnek meg, és az egész huza-vona kezdődik előről.
Természetesen itt is ez történt. A szekvencia feltöltés után a még pár ábrát kellett elkészíteni. A bírálat langyos volt, ahogy a Scientifi Reportsnál már megszokott. Talán ők is bealudtak néhány transzpozon után.
