HTML

Az élet kódjai

Csináld maga. Senki nem csinálja meg helyetted.

Friss topikok

  • sdani: Sajnos nekem is hasonló érzéseim vannak az R kiszorulásával kapcsolatban. Remélem jobban fogja tar... (2024.04.29. 10:48) R meetup
  • sdani: Nagyon jók ezek a bejegyzések! Feszültséggel teli, fordulatos, mint egy jobb krimi. :D Abba ne hag... (2024.04.29. 10:35) Wgel CTF
  • sdani: @Travis.CG: Egy kis szerencse sosem árt. :D (2024.03.01. 13:19) A bioinformatika helyzete 2024-ben
  • Travis.CG: Szóval az akadémiai szféra mazochistává tett, amit a Pinephone-al élek ki? Hmm, érdekes összefüggé... (2023.10.05. 18:23) Új barátom az Informatikai titkárságról
  • Travis.CG: Túl nagy a hype körülötte, ezért túlzó elvárások vannak vele szembe. Ha a korábbi chatbotokhoz kép... (2023.02.28. 06:28) chatGPT, a bioinformatikus

MinION: Hekkelés

2014.05.11. 21:53 Travis.CG

Az első teszt futás felhő-alapú szekvencia meghatározása nem sikerült. A sablon szerű válaszok, amit a támogató csapat küldött azt akarta bemesélni nekünk, hogy bizonyára a könyvtárak jogosultságával lehetett a probléma. Igaz, hogy nem értek a Windowshoz, de azért ez elég furcsa válasz volt.

Megismételtük a teljes eljárást, kezdve a telepítéstől. Ügyeltünk a jogosultságokra, a lépések sorrendjére, de továbbra is hiba üzenetet kaptunk.

A fájlok tüzetes megfigyelésével viszont egy érdekes dologra lettem figyelmes. A készülék nem generál Fast5 fájlokat, azokat a telepítő varázsolja a megfelelő helyre. A Metrichore feltölti ezeket a fájlokat az Amazonra, majd ugyan olyan névvel letölt egy nagyobb fájlt.

A próbák során 20 teszt fájl van. A logok alapján 2-t feltölt és 4-t letölt. Azért tölt le kétszer annyit, mert minden egyes Fast5 fájlhoz tartozik egy log fájl is.

Egyre jobban elkezdte furdalni az oldalamat, hogy mi lehet ez a Fast5 fájl? Miféle formátum? Miként tudom használni? Először is megnéztem egy hex editorral, hátha a látok valami érdekeset. Az első négy bájton szerepelt a HDF, a fájl többi részén pedig TREE. Ebből arra következtettem, hogy ez egy általános konténer formátum, ami többféle adat tárolására is alkalmas. Nagyon emlékeztetett engem az avi-ra.

Ráakadtam egy oldalra, ami nem csak a formátumot magyarázta el, de kis segédprogramokat is mellékelt, amivel zökkenő mentesen átnézhettem valamennyi Fast5 fájlt.

A próba futások ennek ellenére problémások voltak, és a hiba üzenetet továbbra sem sikerült megszüntetni. Mivel négy fájl visszatért az Amazonról, az írási jogokkal nem lehetett gond. A kinti program is tette a dolgát valamennyire, egyedül a hálózattal lehetett még probléma.

Pár napra hazahoztam a gépet, hogy kipróbáljam az otthoni hálózaton is a rendszert. Természetesen ment minden, mint a karika csapás. Nincs más hátra, mint  a rendszergazdának látszó embereket kell megkérni, hogy oldják meg a problémát.

Szólj hozzá!

Címkék: bioinformatika nanopore

A bejegyzés trackback címe:

https://cybernetic.blog.hu/api/trackback/id/tr286153697

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Nincsenek hozzászólások.
süti beállítások módosítása