Kicsit megtévesztő a cím, mert a bioscope-ban található programok olyan verziójáról lesz benne szó, amit kiadtak GNU liszensz alatt. Már ez a kijelentés is sántít, mert a programok letöltéséhez regisztrálni kell, ami után megkapjuk a jogot, hogy letöltsük az ingyenes programokat. Stallman biztosan hőzöngene miatta.
Tehát a vizsgált programok a diBayes, a MaToGff és a mapreads. A mapreads az új generációs szekvenálások eredményét képes referencia genomhoz illeszteni. A diBayes ebből keresi meg az SNP-ket. Mivel a két program be- illetve kimeneti valami ok folytán nem kompatíbilis, ezért a MaToGff konvertáló segítségével fogom áthidalni ezt a problémát.
Először is meg kell jegyeznem, hogy jelenlegi formájában egyik program sem használható. A diBayes és a mapreads kódja hiányzó fejléc állományok miatt panaszkodik, a MaToGff indító szkriptjei rossz parancsértelmezőt akarnak betölteni. Nem komoly egyik sem, fél óra alatt sikeresen működésre bírtam őket, mert mint ahogy a jelmondatom is hírdeti: "Senki nem csinálja meg helyetted". Aki viszont nincs megáldva programozói vénával, inkább neki se álljon.
A mapreads kimenete inkább egy szűrőnek tekinthető, mint valódi térképező programnak. Gyakorlatilag leválogatja azokat a readeket, melyek megtalálhatóak a referencia szekvencián. Valami hozzávetőleges pozíciót is ad hozzá. Ha fel akarjuk használni ezeket az eredményeket, akkor a MaToGff segítségével át kell alakítanunk a formátumát. A keletkezett GFF validálását nem végeztem el, mert úgyis adtam tovább a diBayesnek, ami gond nélkül elfogadta. A diBayes elméletileg egy SAM formátumot ad eredményül, de az már ránézésre sem szabványos. Több kötelező mező is hiányzik belőle.
Összegzés: Ezeket a programokat senki ne használja. A SHRiMP és a Bowtie sokkal jobb eredményt ad, kevesebb járulékos munkával. Ha majd lehetőségem lesz kipróbálni a Bioscope-ot, akkor arról is írok. Ezekkel viszont semmit nem lehet kezdeni.
