Korábban azt írtam, hogy csak egy bonyolult script segítségével tudtam több folyamatot egymás után futtatni. Ez a script folyamatosan cserélgette az .ini fájlokat.
Szerencsére van más módszer is, amivel parancssorban egy folyamatot tudunk összeállítani a Bioscope részére.
Létre kell hozni egy .plan kiterjesztésű állományt. Ez tartalmazza a folyamat egyes elemeit. Az elemek pedig a futtatni kívánt programok ini állományai. Tehát ha egy szekvenálás eredményét először illesztjük a referenciához, majd .bam állománnyá konvertáljuk, akkor a következő sorok szerepelhetnek a .plan állományban:
mapping.ini
matobam.ini
Létre kell hozni a két ini állományt, és a dokumentáció szerint kitölteni a paraméterekkel. Csakhogy, nincs lehetőség ciklusok és változók használatára. Tehát ha van nyolc szekvenálásunk, akkor nyolc ini fájlt kell létrehozni, még akkor is, ha csak egy sor eltérés van bennük.
Trükként lehet használni a global kulcsszót az ini fájlok elején. Ennek célja, hogy bizonyos változókat kiemeljen, amelyek több ini állományban is ugyan olyan értéket vesznek fel.
Amint készen van a .plan fájlunk, nem kell mást tenni, mint elindítani a bioscope-t:
bioscope.sh -l logfile sajat.plan
