A második nap először a posztereket néztem át reggel. A poszter szekció is két részre volt osztva, ezért azokról egy külön részben fogok beszámolni. A mai nap nagy dilemmában voltam, mert több előadásra is szívesen mentem (lógtam) volna, amelyek egy időben voltak.
Scott Markel, Ruth Dunn: Analyzing next gen sequencing data with Pipeline Pilot
Ez egy viszonylag hosszabb előadás volt, ahol a Pipeline Pilot nevű keretrendszert mutatták be. A többi bioinformatikai keretrendszertől eltérően ez egy elosztott megközelítést használ, ahol a lokális adatok a feldolozási lépések során egy távoli szerverre kerülnek, majd a további elemzések ott folytatódnak, csökkentve a saját gép terheit. Azért kíváncsi lennék, hogy egy 300GB-os humán short read adat mennyi idő alatt mászik fel a szerverre és hogyan kezelik a feltöltés során fellépő hálózati problémákat. A bemutató során csak pici teszt adatokkal játszottak az előadók, ahol természetesen minden tökéletesen ment.
A másik nagyon szimpatikus megközelítés a munkafolyamatok összeállításának lehetősége. Gyakorlatilag képzeljünk el, hogy a különböző programok be és kimeneteit összekapcsoljuk egy grafikus felületen. Az előadás végén megkérdeztem, hogy segít-e a program a hibás adatok felderítésében, amire azt a választ kaptam, hogy igen. Erről azért a gyakorlatban is szívesen megbizonyosodnék, mert a Bioscope tapasztalatom kétkedésre int.
Az előadásnak volt egy másik érdekes eseménye is. Mellettem egy ember tollal, papírra jegyzetelt!
Susan Gottesman: RNA structure: Bacterial small RNAs in regulatory networks.
Részletes és mélyreható bemutatót láthattunk az E. coli rpoS gén kisRNS-en keresztül történő szabályozásáról. A kisRNS-ek különböző stresszhelyzetben aktíválódnak és bonyolult szabályozási folyamatokon keresztül aktiválják vagy represszálják a géneket. Egy kisRNS több gént is szabályozhat és több kisRNS szabályozhat egy gént.
Peter Rice: EMBOSS: New developments and extended data access
Az EMBOSS egy olyan programcsomag, ami sokszor kihúzott a bioinformatikai slamasztikából. Ennyit megérdemelnek, hogy megnézzem az előadásukat. Az új fejlesztés az adatbázisokhoz való kapcsolódás. Beépített adatbázisok is vannak. Van natív Windows-os verziója is, amit alig tesztelnek, úgyhogy el lehet felejteni a cygwin-t. Az új generációs szekvencia adatok támogatása későbbre tolódott. Szomorú hír, hogy az EMBOSS-nak otthont adó EBI ez év december végétől csak tárhely formájában támogatja a programot. Az előadó még nem tudja, mit fognak tenni.
Eric Tannier: Mapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem
Ősi genomokat próbálnak előállítani a mai leszármazottakból, a gének módosulásait figyelve. A probléma akkor van, amikor a két leszármazott más-más géneket tartalmaz. Nem tudni, hogy melyiket örökölte és melyik keletkezett újonan. Az előadó mátrixokat olvasott fel az előadás nagy részében, amitől nagyon unalmas volt.
Eija Korpelainen: Chipster 2.0: User-friendl NGS data analysis software with interactive genome browser
Egy újabb világmegváltó programcsomag. Elsősorban microarray adatok feldolgozására tervezték, de időközben kapott EMBOSS integrációt, és most a 2.0 verzióban újgenerációs adatokat is képes feldolgozni. Tartalmaz felhő alapú modult is, a Hadoop-BAM-ot, ami egy BAM fájlt darabol, hogy mapreduce-os környezetben fel lehessen dolgozni. Egy genom böngészőt is tartalmaz, ami kevés memória mellett is rendezi a BAM fájl rekordjait a könnyű megjelenítés végett. Az előadás külön érdekesssége volt, hogy a Windows-os laptop nem érte el a Wi-Fi hálózatot, ami miatt egy Machintosnak kellett megmentenie az előadást.
Paul Horton: Next-generation genome alignment with LAST
A Blast a múltté. Az adaptív seed technikának köszönhetően készítettek egy olyan lokális illesztőt, ami gyorsabb és érzékenyebb, minat a BLAST, miközben a repetitív szakaszokon jobban teljesít, mint a nagy előd. Másképp kezeli az indexet, mint a Blast. Egy suffix tömböt használ, ami kevesebb tárhelyet emészt fel, mint egy hash alapú index. Állítólag két gerinces genomot néhány óra alatt illeszt egy átlagos PC-n 2GB memóriával. Egy próbát megér: http://last.cbrc.jp/
Ma is álltam és vártam, hogy az embereknek elmondhassam cégem profilját. Senkivel nem kellett beszélnem. Arra a pár emberre, aki jött, lecsaptak a főnökök, én meg nem tiltakoztam. A munkatársaim pósztere mellett is ácsorogtam, mert ők nem akartak olyan sokat ácsorogni a saját pószterük mellett, úgyhogy megkaphatom a balek plecsnit. Annak ellenére, hogy a nevem nem szerepel rajta és a nullához közelítő mennyiséget dolgoztam vele, elég jól elmondtam annak a három embernek, akik odatévedtek. Ez igen rossz arány egy több ezres nemzetközi konferencián.
Vicces volt, ahogy a háromból kettő kínai kutató volt, akik minden kérdésre adott válaszomat hatalmas "hoo"-val kísértek. Mikor azt mondtam nekik, hogy a short readek referenciához illesztésére saját fejlesztésű programot használtunk, kitört belőlük egy "AHHHHH" mély torokhangon, mintha puszta kézzel vágtunk volna ki egy fát.
Este részt vehettem egy céges munka vacsorán is. A két cég főnökei jól elvoltak a repülőgépes, szállodás történetekkel. Hiába, egy kozmopolita életben ezek az események. Én egyfolytában arra gondoltam, mennyivel hasznosabban tölthetném ezt az időt.
