Elérkeztünk kedvenc programcsomagunkat bemutató sorozatunk záró részéhez. Azokból a programokból válogatok, amelyek valamilyen kapcsolatban vannak a grafikus megjelenítéssel.
Az Emboss egyik nagyszerű tulajdonsága, hogy a grafikus tartalmat megjelenítheti képernyőn, de elmentheti PostScript, PNG állományokba is, ami egy cikk esetén lehet hasznos. Csak mellékesen jegyzem meg, hogy a legtöbb klikkelős, grafikus program mellőzi teljesen ezt a lehetőséget, és a kutató kénytelen képernyőképeket készíteni és valamilyen grafikus programmal levágni a szükségtelen részeket. De lássuk inkább a programokat.
abiview: A Sanger szekvenálás eredménye sok esetben nem egy kész szekvencia, hanem egy intenzitás görbe, ami azt mondja meg nekünk, hogy az érzékelő milyen nukleotidot detektál az adott pozícióban. A program segítségével megjeleníthetjük ezt. A másik hasznos funkciója, hogy képes kiolvasni a szekvencia sorrendet és elmenteni fájlba.
prettyplot: Többszörös illesztést jeleníthetünk meg vele. Mint minden Emboss program, ez is hihetetlen mennyiségű fájlformátumot ismer. Sajnos az interaktivitás terén nem jeleskedik, ezért ne számítsunk rá, hogy oda-vissza ugrálunk a különböző pozíciók között.
plotcon: A prettyplothoz hasonlóan itt is a többszörös illesztéseket vehetjók górcső alá. A különbség, hogy a program megpróbálja a konzerválódott szakaszokat kiemelni. A konzervált szakaszok méretét a wordsize paraméterrel állíthatjuk be.
plotorf: A lehetséges nyitott leolvasási kereteket képes megjeleníteni. Érdemes még megemlíteni a showorf programot, mely a plotorf szöveg alapú testvére. A -start és -stop opciókkal a leolvasási keretet határoló kodonokat adhatjuk meg. Amennyiben nem akarjuk mind a hat leolvasási keretet megjeleníteni, parancssori kapcsolókkal korlátozhatjuk, mit jelenítsen meg a program.
dotmatcher: Két szekvencia illesztésének vizsgálatakor lehet hasznos, ha a hasonló szekvencia-részletek vizuálisan is megfigyelhetőek. A program az összehasonlítandó szekvenciákat a függőleges és vízszintes tengelyen reprezentálja, míg a hasonló szakaszokhoz egy pontot rajzol. Ha a két szekvencia megegyezik, egyetlen vonalat látunk, ami a bal alsó sarokból a jobb felsőbe tart.
