Régen a bioinformatikai programok nagy részét kézzel fordítottam és természetesnek vettem, hogy meg kell küzdeni a forráskóddal. Amióta Ubuntut használok és a csomagkezelőből az általam használt programok nagy többsége elérhető, leszoktam a fordításokról.
A napokban viszont a cufflinks nevű program használata során a főnököm belefutott abba, hogy csak bizonyos számú bejegyzés fér el a SAM fejlécébe. Természetesen olyan referenciát használunk, ahol a kontigok száma ennél a limitnél magasabb. A forráskód birtokában nem olyan bonyolult ezt a limitet megemelni, de lefordítani annál inkább.
A cufflinks a boost API-ra épül, tehát evidens volt, hogy ezt is le kell fordítani. A samtools is alap, ha SAM fájlokat írunk. Ezen felül kell az Eigen API is. Ha ezek megvannak, akkor jön a konfigurálás. Kb. 1,5 óra alatt jöttem rá, hogy a következő kombinációval jutok a legmesszebb:
./configure --with-bam=samtools-dir --with-eigen=eigen-dir --enable-intel64 --with-boost=boost-dir --with-boost-libdir=/usr/local/lib
Bizony, külön kell megadni a boost könyvtárat és a boost library-t. Az eigen-dir esetén a névhez hozzáfűzi az include és lib könyvtárneveket, tehát ezeket ne adjuk meg.
Ezután már csak töménytelen mennyiségű linker hibát kapunk (pl:undefined reference to `boost::system::system_category() ). Egy csomó ideig kutattam a konfig állományokban, de végül győzött a lustaság. A konzol üzeneteit visszagörgettem a a g++-os részig, ahonnan a hibák elkezdtek gyűlni, ami nálam így nézett ki:
g++ -Wall -Wno-strict-aliasing -g -gdwarf-2 -Wunused -Wuninitialized -m64 -march=nocona -O3 -DNDEBUG -pthread -I/usr/local/boost/include -I/usr/local/include -I/home/travis/cufflinks-2.0.2/eigen-eigen-5097c01bcdc4/include -o cufflinks -L/usr/local/lib -L/usr/local/boost/lib cufflinks.o libcufflinks.a libgc.a -lboost_thread -lbam -lz
Beléptem az src könyvtárba, és bemásoltam a fenti sort, és hozzáadtam a következőt: -lboost_system. Ekkor lefordult. Ha a programcsomag részét képező többi alkalmazást is fordítani szeretnénk, akkor kézzel linkeljük a többi programot is.
A blogposzt nem tükrözi a heroikus küzdelmemet, ugyanis szerettem volna egy olyan könyvtárba telepíteni boost-ot, amire volt írási jogom. Ez sikerült is, de folyton összetűzésbe keveredtem a rendszerre telepített verzióval, és olyan hihetetlen üzeneteket kaptam, hogy csak néztem. Mikor ezt felismertem, már egyszerű volt a megoldás.
