Bevallom, van valami hipnotikus a körbe rendezett genomi adatok látványában. A genomi átrendeződések kivételével nem hordoznak plusz információt, mégis, ha körbe rendezett kromoszómákat nézek, úgy érzem, sokkal tudományosabb munkát látok.
A program, amivel mindezt elő lehet állítani, a Circos. Ez a Perl nyelven írt program olyan naggyá nőtte ki magát, hogy a Nature talán nem is fogad el olyan cikket, amiben nem ezzel készültek az ábrák.
A program beolvas egy konfigurációs állományt és az ott található paraméterek alapján elkészíti az ábrát. Ha úgy döntünk, hogy magunk írjuk meg ezt az állományt, akkor nem árt, ha odatesszük magunk mellé a dokumentációt, mert szinte nincsenek benne alapértelmezett értékek. Ha egy tulajdonság csoportot létrehozunk, akkor az osszes paramétert be kell állítani, különben nem az jelenik meg, amit mi szeretnénk. Lássuk, hogyan is kezdjük.
A konfigurációs állományban alapvetően kulcs-érték párokat kell beállítani. Ha a tulajdonságokat több, azonos grafikai objektumon is be kell állítani, akkor XML szerű elválasztó tageket használunk.
Az első és legfontosabb paraméter a kariotípus (karyotype) beállítására szolgál. Mivel elsősorban genomi információk megjelentítésére szolgál, ez nem meglepő. Az, hogy mit tekinthetünk kariotípusnak, annál inkább. A programot ugyanis előszeretettel használják nem-genomi adatok megjelenítésére is. (Bizonyára másokat is hipnotizál, ha körbe rendezik adataikat)
A kariotípus egy szóközzel elválasztott táblázat. Első két oszlopa chr és '-'. Utána következik egy egyedi azonsító, majd a szöveg, ami megjelenik a képünkön. A kromoszóma méretét két koordinátával adhatjuk meg., végül egy szín azonosító.
A kariotípus megadása után következik az ideogram (<ideogram>) tulajdonságainak megadása. Ez kromoszómák megjelenítésének egyfajta globális beállítása. Megadhatjuk, mekkora kört képezzünk kromoszómáinkból, mekkora távolság legyen közöttük, legyenek-e kitöltve, stb.
A másik lényeges tulajdonságcsoport a kép (<image>). Itt a fájllal kapcsolatos tulajdonságokat állíthatjuk be. Például mekkora legyen a kész kép és mi legyen a fájl neve.
Sajnos a nagy számú paraméter miatt kezdeti lelkesedésünk a körbe rendezett kromoszómák iránt gyorsan lelankad. Ezt a program szerzője is felismerte, ezért a <<include >> paranccsal ajándékozott meg minket (valamint rengeteg konfigurációs állománnyal, hogy mégis legyen valami segítség, hamár alapértelmezett beállítások nincsenek.)
A színeket, betűtípusokat és egyéb apróságokat ezért egyszerűen csak beillesztjük. Ha a programot Ubuntu csomagkezelőjével telepítjük, az /etc/circos könyvtárban találjuk a segítséget.
Természetesen azok számára is van segítség, akik nem akarnak konfigurációs fájlokkal bajlódni. A program rengeteg szkripttel érkezik, amelyek gyorsan és fájdalommentesen készítik a köröket.
