Az intézetünkből ketten is csatlakoztak a MinION teszt programhoz. A résztvevők mindegyike kapott egy MinION szekvenáló berendezést tesztelési célból. A kötelező tesztek lefuttatása után a készüléket arra használhatja az ember, amire akarja. Természetesen folyamatos visszajelzéseket és cikkeket várnak el cserébe.
Aki nem hallott a MinION-ról, annak röviden annyit kell tudnia, hogy ez egy USB-re köthető, egy pendrive-nél csak kicsivel nagyobb szekvenáló berendezés. Csak az érzékeltetés kedvéért: egy Illumina HiSeq 2500 akkora, mint egy hűtőszekrény.
Sajnos az IonTorrentnél láthattuk, hogy mire vezet, ha beindul a marketing gépezet és hangzatos szlogenekkel fedik el a hiányosságokat. Ezért a MinION esetében megpróbálok objektív képet festeni a készülékről és feltárni minden előnyét és hátrányát. Azt se felejtsük el, hogy ez még teszt fázisban van, nem termék. A hiányosságokat folyamatosan javítják.
A szerkezet késve érkezett, voltak gondok a számlázás körül, de végül megkaptuk. Az első kihívás a megfelelő számítógép konfiguráció előkerítése volt. A gyártó javaslata szerint egy Core i7-es processzorral, 8GB rammal, minimum 120GB SSD-vel, USB 3.0-val és 64 bites Windows 7-el felszerelt számítógép kell. Rövid időn belül kiderült, hogy ilyen gép nincs az egész intézetben. A helyzetet bonyolította, hogy a számítógép rendeléseket visszadobják a fejesek, mert miért lenne nekünk szükségünk arra. Megoldásként behoztam az otthoni gépemet, ami a processzort leszámítva megfelelt az előírásoknak.
A beüzemelés kisebb helyi látványosság lett. Mindenki ott nyüzsgött és tapizta a készüléket, mint majmok a monolitot. Természetesen én is.
Először a .NET keretrendszert kellett felrakni, mert a programok futásához kellett. Először egy tesztprogramot futtattunk, ahol megvizsgálták, hogy a hardver megfelel-e a minimum követelményeknek. Természetesen megfelelt, mert igaz, hogy AMD-m van, de nem a leglassabb. A tesztprogram már tartalmazott egy hibát, ezért az USB 3.0 meglétét nem tudta ellenőrizni.
Második lépésként az irányító programokat kellett telepíteni. A programcsomag tartalmazott egy Apache webszervert, Python értelmezőt, drivert és még a fene tudja hány komponenst. Telepítésük során a tűzfal majdnem meghalt, mert az összes alkalmazás át akart menni rajta. Ezt egyébként a dokumentáció is írta. A diagnosztikai üzenetek, logok és a szekvenáló egyéb paraméterei az interneten keresztül mennek vissza a gyártóhoz.
A telepítés után csatlakoztatni kellett a szekvenálót a számítógéphez és várni, hogy felismerje azt. Ez nem történt meg, helyette ismeretlen eszközként ott világított az eszközkezelőben Westbridge néven. Hirtelen mindenki tudta, mi ez az eszköz és honnan kell drivert szerezni hozzá, csak én nem, mert én bizony még nem hallottam róla. Az egyik ötlet az volt, hogy hoznak egy Machintos laptopot, és rádugják arra a MinION-t, mert az biztosan felismeri és a Macnek biztosan van drivere hozzá. A másik nagyszerű ötlet az volt, hogy ez biztos az alaplap része és ha telepítjük az alaplapi meghajtóprogramokat, akkor menni fog a MinION is.
Helyette megnéztük a gyártó fórumát (ami persze a nyilvánosság elől el van zárva) és kiderült, hogy a telepítő kicsomagolja a meghajtó programokat, csak valami rejtélyes oknál fogvan nem indítja el azt. Kézzel elindítva az eszközt felismerte az oprendszer. Még Mac sem kellett hozzá.
A második teszt egy olyan betét volt, ami nem tartalmaz minta befecskendező nyílást, de elektronikusan generál szignálokat, amintha szekvenálna a gép. Ezt gond nélkül lefuttattuk, majd jött a Metrichore.
Gyakorlatilag nem tudjuk, mi az a Metrichore. A gyártó annyit közölt, hogy mivel sokan kérdezik, hogy mi is ez, el fogják mondani. Annyit sikerült kihámozni, hogy ez egy program, ami a nyers szignál értékeket elküldi a felhőbe és nukleotidok térnek vissza. Tehát a teljes base calling Amazonos gépeket megy. Nem tudom, mennyire jó ötlet ez.
Az adatok gond nélkül eljutottak a felhőbe, de nem hullott vissza fasta fájlok, csak egy szép nagy exception. Írtunk nekik levelet a hibaüzenettel, amire annyit válaszoltak, hogy mások is tapasztaltak ilyen hibát és dolgoznak rajta.
Összességében elmondható, hogy az összes trendi technológiát bele akarták zsúfolni a termékükbe. Amazon AWS, Node.js, Python, stb. A rendszer még nyögve nyelős, mint minden prototípus. Kicsit sokat akartak markolni. A koncepció viszont jó. Végezetül egy kis videó:
MinION first test run from TravisCG on Vimeo.
